Protein

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Genbank accession
AIX21626.1 [GenBank]
Protein name
collagen triple helix repeat protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,87
Protein sequence
MASIQFPANPKVGDTYYDVDTNITYTWEGEYWFATGPGTGIGATGATGAQGNQGSSGEKGEPGTRGIKGDTGSTGSTGPTGPGGFIGLTGATGPQGSPGGATGATGNIGPLGTTGATGPDGASGATGIQGPIGTPGGATGATGLAGPPGNVGATGPLGPNGTPGGATGPLGPVGSTGATGAGATGSDGATGSTGIQGLQGSPGGATGATGIDGLLGPIGATGTTGATGVDGPIGATGTTGATGETGDTGSTGAAGPTGIPGATGFTGPEGATGSKGDEGSTGSTGPQGSPGGATGATGVDGPVGSTGATAATGATGPDGPTGPAGPTGLLGATGATGDDGSTGATGATGFGATGADGATGSTGSTGPDGPLGSTGATGIAGGVSHVWSPDVSILTANNSFLFTHDVDEDIKILKISKFSSTFTNEEALLNSFAIGDSLRLTSGPATFQYTVRANGGLTVSSGVDVFMLLVSDGFLASGSGTLNGSTVVLQRPTSSTFATFNFGVSTINWPTTDGDVTIDYPFLVNNGPRYVAFNQKDLLGRDDEQFFFEPLVSTDLNSFQFQVKTTNFFKSEIEGGYYYSDIDAYVYLTDITELYSDPSNPVTSVGSPWNVQVVGIASAIPGVAGSPGGATGATGPAGPPSGATGATGDLGPIGPGGPTGPVGVNGSPGSPGGATGATGADGPEGATGSTGATGAFVTGSNLVAGIITATTFDGDATSSDKIKTNRSSSAAVNYLTFVSDDNTGGAVSETLKTNLNVSFIPSSGDFIASRITASNNFYLGGTEVNSSASELNVLVGVTDFLDEDNMASDSPTAIPSQQSVKRYVDANAFSGITTVSILVGAGSSDVYFASSIVPTTNESIDLGSIDYKFRDLYLSDTTIYTNTGELSVGLNTTAPTAKVVLGPALQTIVQQSTDFDDFKIRIAAQSWGG
Physico‐chemical
properties
protein length:929 AA
molecular weight: 89704,96670 Da
isoelectric point:4,05003
aromaticity:0,06781
hydropathy:-0,09656

Domains

Domains [InterPro]
DC_2298
STR
1–99
DC_2298 DC_1431 IPR008160 DC_0456
IPR050938
Unmapped
42–381
IPR050938
IPR008160
STR
42–99
IPR008160 DC_1431 DC_1173
IPR008160
STR
231–289
IPR008160
AIX21626.1
1 929
Architecture
STR
STR
STR 1-99 | STR 161-926 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage ACG-2014f
[NCBI] 		1493511 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Atlauavirus > Atlauavirus tusconc8
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AIX21626.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
KJ019059 [NCBI]
CDS location
range 13505 -> 16294
strand +
CDS
ATGGCAAGCATTCAATTCCCAGCAAATCCGAAAGTTGGTGATACTTACTACGACGTAGATACAAATATAACTTACACCTGGGAGGGTGAATACTGGTTTGCAACAGGACCAGGCACAGGTATTGGTGCCACTGGAGCAACTGGAGCACAAGGAAATCAAGGTTCTAGTGGTGAAAAGGGTGAGCCAGGAACTCGCGGAATTAAAGGAGATACTGGATCTACTGGTTCTACCGGTCCCACAGGTCCTGGTGGTTTTATTGGATTAACAGGTGCAACTGGTCCTCAAGGTTCTCCCGGTGGTGCTACCGGTGCTACAGGTAATATTGGTCCTTTAGGAACTACTGGTGCAACTGGTCCTGATGGTGCTAGTGGTGCTACAGGTATTCAGGGTCCTATTGGTACTCCAGGTGGTGCAACTGGCGCTACTGGTTTAGCTGGTCCTCCAGGAAATGTTGGTGCTACTGGTCCTCTCGGTCCTAATGGTACTCCAGGTGGTGCTACTGGTCCTCTTGGTCCTGTTGGTTCTACTGGAGCCACTGGTGCTGGTGCTACTGGCTCTGATGGTGCTACTGGTTCTACAGGTATTCAGGGACTACAAGGTTCCCCAGGTGGTGCAACTGGTGCTACTGGTATTGATGGTTTACTAGGTCCTATTGGTGCCACAGGTACTACAGGAGCTACCGGTGTTGATGGTCCTATTGGTGCCACAGGTACTACAGGTGCCACAGGTGAGACAGGTGATACAGGTTCAACCGGTGCTGCTGGTCCTACCGGTATTCCTGGAGCCACTGGATTTACTGGTCCCGAAGGTGCTACGGGTTCCAAAGGTGATGAAGGTTCTACAGGTAGTACAGGTCCTCAAGGTTCTCCAGGTGGTGCCACTGGTGCTACTGGTGTTGATGGTCCTGTAGGTTCTACAGGTGCCACAGCTGCTACTGGTGCAACTGGTCCTGACGGTCCTACTGGTCCCGCAGGTCCTACAGGTTTATTAGGTGCCACTGGTGCTACTGGTGATGATGGTTCTACCGGAGCCACTGGTGCTACTGGTTTTGGTGCTACTGGTGCTGATGGTGCTACTGGTTCTACAGGTTCTACAGGTCCTGATGGTCCTCTTGGTTCTACTGGTGCCACTGGTATTGCAGGTGGTGTGAGTCATGTATGGTCACCAGATGTTTCTATCCTAACTGCCAACAACTCTTTCCTATTCACCCATGATGTAGACGAAGATATTAAGATCCTAAAGATCTCCAAGTTTAGTTCAACATTCACCAATGAGGAGGCACTACTTAATAGTTTTGCAATCGGTGATTCACTTAGACTAACATCAGGTCCAGCAACATTCCAATATACTGTTAGAGCCAATGGTGGACTCACAGTATCATCTGGTGTTGACGTGTTTATGTTACTCGTCAGTGATGGTTTCTTAGCATCTGGTAGTGGAACACTCAATGGTTCAACAGTTGTTCTTCAACGTCCCACATCATCCACCTTCGCTACATTTAACTTCGGTGTATCCACTATCAACTGGCCTACTACTGATGGTGATGTAACTATTGACTATCCATTCCTAGTAAACAATGGTCCTAGGTATGTTGCATTCAATCAGAAGGATCTACTAGGTAGGGATGATGAGCAGTTCTTCTTTGAACCTTTAGTATCTACAGACCTAAACTCATTCCAGTTCCAGGTTAAGACTACTAACTTCTTCAAATCAGAAATTGAAGGTGGTTACTACTATAGTGATATTGATGCCTATGTGTATCTAACTGATATCACCGAACTATATTCAGATCCAAGTAATCCAGTAACCAGTGTGGGTTCACCTTGGAATGTTCAGGTTGTAGGTATTGCCTCCGCCATTCCTGGTGTTGCTGGTTCTCCAGGTGGTGCAACCGGTGCTACTGGTCCTGCAGGTCCTCCAAGTGGTGCAACTGGTGCTACAGGTGATCTTGGTCCTATTGGTCCCGGTGGTCCTACTGGTCCCGTTGGTGTTAACGGATCCCCAGGTTCACCCGGTGGTGCCACTGGTGCCACTGGTGCTGATGGTCCTGAAGGTGCTACTGGTTCTACAGGTGCAACAGGTGCATTCGTCACTGGTAGTAATCTTGTAGCTGGTATTATCACAGCCACCACATTCGATGGTGATGCTACATCATCTGATAAGATTAAGACTAATCGGTCCAGCAGTGCGGCTGTTAACTATCTAACTTTCGTTTCTGATGATAACACTGGTGGTGCCGTTAGTGAAACCCTCAAGACAAACTTGAATGTAAGTTTCATTCCTTCTTCTGGTGATTTTATCGCTAGTAGGATTACAGCAAGTAACAACTTCTACCTGGGTGGTACTGAGGTCAATTCTTCAGCATCTGAACTAAATGTGTTGGTTGGTGTTACTGACTTCTTAGATGAAGATAATATGGCATCCGATAGTCCTACGGCTATCCCATCACAACAATCAGTTAAGAGGTATGTTGACGCTAACGCTTTCTCTGGTATTACTACAGTTAGTATCCTAGTGGGCGCTGGTTCTAGTGATGTATACTTCGCAAGTTCTATTGTTCCAACTACTAATGAGTCTATTGATTTAGGTAGTATTGACTATAAGTTCAGAGACCTCTACCTATCAGACACAACCATATATACTAACACTGGTGAACTTAGTGTAGGTTTGAATACCACAGCACCAACCGCAAAGGTTGTTCTTGGTCCAGCACTACAAACAATTGTTCAACAGTCCACTGATTTTGATGACTTTAAGATCAGAATCGCAGCACAAAGTTGGGGTGGCTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
d0c6881b6390dc93749ce715869524dc3bbaa897c6ec41b0e706cad73a8654fb
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,4712
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Ecological redundancy of diverse viral populations within a natural community Gregory,A.C., LaButti,K., Copeland,A., Woyke,T. and Sullivan,M.B. 2015-03-20 — GenBank