Protein

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Genbank accession
AVH85809.1 [GenBank]
Protein name
hypothetical protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,63
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,93
Protein sequence
MIKFHDPAGTPHFGQATITRTTSVNGGLSLTGEVFAGDDVLNGLDYGWWLNFDKEKYVITYKKLSDDTNTVVFDAVHQFFWDFAKVALHAQYTGSHEYTFYLGQLFDKSGYTYKNDVTVPAFEKENWGYKNKLDLFNDIIDQAGVEFEVHNETVHIAKQIGSDLTSFARKGINLSNLTEEMKISDFATYAKGYGAFKDTEDQSKGRLEVEYRSELAKQFGDLEMDPIVDERYTIADNLIAALKKQVDATYTVSMTMNIYDLENAGYPNYEAPKVGDWILAIDEALNFKRKIRIIQLEEQFDVTGKRIGYTATCGDLSIVDQYTHLQSSLDSKVQRIQESVDNALSSANGKSTNYYGEKEPTSANEGDLWFDQSDSDPDKWSIKQWVNGRWEQITLNPGEVDAKVNAAKQEAETAVENAKSASDKADQLAAKYDDTNALANQAPDQAIDAQNSAAGLIDDVNKASQNADDAKSIANSVNSKYTTLTDGSTMTIAELENGLAAKLTKDDLSGYATETWTQNQIKVTADGINSTLSSVKTTVDGQTTSLNDLKADSSGFKAQFVTVNDTLGKQTKDIGTLQATNKSLVASFDSLNASNAVNEHNISQLQVTANSFSSTLATVQQQVTDSAVGVNLLRNARTLDGWKVWAGAGAGKGFNIEDKFSDSGQYRMAHIFNNVDGQNSDGPYWPGVNLFLNAGQVYTISIWAHSLGTSEQPVSWKLWLNWDKDHTYQGVNITNTTAPDWTHYSATFTATVGGQVNNVRIVPYFGTGSAANVGGSVYLLKPKLERGSRATDFSVNPADNATVDAVSSISQTVDAIQTTVRGKVDNDVYQSKVTQLSNQITSVVGQVNTLGQRNLVANSRFQYDKFDGSTWTSDIASNWYSSDMTWSWWNGYQGICCNIPIANPVNTNQWNSIVSKKIYVPDPASVYSASAIFNVDTVGNRTQLVLDWYDQSMKRIGYATKGVTVFHTQTLVKIENQTPPTGTAYVAIHVDVNGGGHLAVIAPMLVNAASVGSYVPDNASWTEFQQTASDINLKVSKDGVVNAVNISPEGIQIYGNKLHITAATYIDNAVIKDAMIANLNANKLTAGSINAANINVYNINGANIVANSITANQLKAGSLLIALNSTMQTMRIGTDGLYTTDNKGDGVGHIHTNSVVGHPDVYGLNFDLDATGDYMGWGAKNRGDPNGTYAIKLGWYRSDTANTIGNIKGFVFSDQVTLNGGIQVSGAYQNLGFGTSTFNNNTHYPYFGSTGMKAGLAYGSTDTYLISDGKYADMTKVIFALQGIGDAYIPVKLSDGKITSYVKVNFQH
Physico‐chemical
properties
protein length:1308 AA
molecular weight: 142534,01100 Da
isoelectric point:4,97434
aromaticity:0,09862
hydropathy:-0,35948

Domains

Domains [InterPro]
DC_1353
STR
2–677
DC_1353 IPR003305 DC_1258
G3DSA:3.55.50.40
STR
77–161
G3DSA:3.55.50.40 Coil DC_1892 IPR012892
IPR010572
ENZ
105–299
IPR010572 G3DSA:2.60.120.260
IPR008979
STR
629–769
IPR008979
AVH85809.1
1 1308
Architecture
STR
STR 2-1266 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Lactobacillus phage PM411
[NCBI] 		2079298 No lineage information
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AVH85809.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
MG788324 [NCBI]
CDS location
range 42740 -> 46666
strand +
CDS
TTGATTAAATTTCATGATCCGGCTGGGACGCCCCATTTCGGCCAAGCTACCATTACAAGAACTACTAGCGTTAATGGCGGACTGTCACTGACTGGTGAAGTGTTTGCTGGTGATGACGTATTGAACGGTTTAGACTACGGCTGGTGGTTAAACTTCGATAAAGAAAAGTACGTCATTACGTATAAGAAGCTGAGTGATGATACCAATACCGTTGTCTTTGATGCGGTACACCAGTTCTTTTGGGACTTTGCCAAAGTAGCATTGCACGCACAATACACGGGTAGTCATGAGTATACATTCTATCTGGGACAACTCTTTGATAAATCCGGGTATACCTACAAGAATGACGTTACCGTACCAGCATTTGAAAAAGAAAATTGGGGTTATAAAAATAAGTTAGATTTATTTAACGACATTATTGATCAGGCTGGCGTTGAATTTGAAGTGCACAATGAGACGGTTCACATTGCTAAACAGATTGGTAGTGACCTGACCAGTTTTGCCCGTAAAGGGATTAACCTTAGTAATCTCACGGAAGAAATGAAAATATCCGATTTTGCGACGTATGCTAAGGGCTATGGTGCTTTCAAAGATACTGAAGACCAAAGTAAGGGTCGATTAGAAGTTGAGTATCGCAGTGAGTTAGCCAAGCAGTTTGGCGACTTAGAAATGGACCCGATTGTCGATGAACGATACACAATTGCAGATAACTTGATTGCCGCCTTAAAAAAGCAGGTTGATGCGACCTATACCGTGTCAATGACTATGAACATCTATGACTTAGAGAACGCTGGTTATCCTAATTATGAAGCACCTAAAGTCGGGGACTGGATTCTAGCGATTGATGAAGCATTAAATTTCAAGCGTAAGATTCGCATTATTCAGCTTGAAGAACAGTTTGACGTGACCGGTAAGCGTATCGGGTATACGGCCACTTGTGGTGATTTGAGTATTGTGGATCAGTACACACATCTACAAAGTAGTTTGGATAGCAAGGTGCAACGTATTCAAGAAAGTGTTGATAATGCACTTAGCAGCGCTAACGGCAAGAGTACAAACTACTATGGTGAAAAAGAACCCACGAGCGCCAATGAAGGTGACTTATGGTTTGACCAAAGTGATAGTGATCCAGACAAGTGGTCTATCAAACAATGGGTCAACGGGCGTTGGGAGCAGATTACTTTGAACCCTGGCGAGGTAGACGCCAAAGTTAACGCTGCTAAGCAAGAGGCTGAAACTGCGGTTGAAAATGCTAAAAGTGCATCAGATAAAGCTGACCAGCTTGCAGCCAAGTACGATGATACAAATGCATTAGCTAATCAAGCACCGGATCAAGCTATTGATGCACAAAATTCAGCCGCTGGGTTGATTGACGATGTTAACAAGGCCTCTCAAAATGCCGACGATGCAAAGAGCATTGCTAATTCAGTTAATTCTAAGTACACAACATTAACCGATGGTTCTACTATGACGATTGCTGAATTGGAAAATGGACTAGCTGCTAAGTTGACTAAAGATGACCTAAGCGGATACGCCACTGAGACCTGGACACAGAATCAGATTAAGGTTACCGCTGATGGAATTAACTCAACATTATCTAGTGTTAAAACTACGGTTGATGGACAGACGACAAGTCTTAATGATTTGAAAGCTGATTCCAGTGGGTTTAAAGCTCAATTTGTTACCGTCAATGATACTTTGGGTAAGCAAACTAAGGACATTGGAACCCTGCAGGCAACGAACAAGTCTTTAGTTGCTAGCTTTGATTCTTTAAATGCTTCCAATGCTGTTAATGAACATAATATTAGTCAGTTGCAAGTAACAGCCAACTCGTTTAGCAGCACTTTAGCAACTGTTCAACAGCAGGTTACTGATAGTGCAGTGGGCGTTAATCTACTACGTAACGCACGTACTTTAGACGGTTGGAAAGTTTGGGCTGGAGCTGGAGCTGGAAAAGGTTTCAATATTGAGGATAAATTTTCAGATAGTGGCCAGTATAGAATGGCTCATATTTTTAATAATGTTGATGGTCAAAATTCTGACGGTCCTTATTGGCCTGGCGTAAATCTATTTCTAAATGCTGGACAAGTTTACACGATTAGTATATGGGCTCATAGTCTAGGCACCTCTGAACAGCCTGTTTCCTGGAAATTGTGGCTTAATTGGGATAAGGACCATACGTATCAAGGTGTAAACATAACTAACACGACAGCCCCTGATTGGACGCACTACTCAGCTACTTTTACGGCAACCGTCGGGGGACAAGTCAATAATGTCCGAATAGTTCCGTATTTCGGAACTGGATCTGCGGCTAACGTCGGCGGGTCTGTTTATTTGCTAAAGCCTAAACTAGAACGAGGAAGTAGAGCTACTGACTTTTCAGTAAATCCTGCTGACAATGCGACGGTTGATGCTGTTTCTAGTATTTCGCAAACTGTGGACGCCATTCAAACAACTGTTCGTGGAAAGGTTGATAATGACGTGTACCAGTCCAAGGTAACCCAATTGAGTAATCAGATAACTTCTGTCGTAGGACAAGTTAATACTCTTGGGCAGCGTAATCTGGTTGCTAACTCACGATTCCAGTACGACAAATTCGATGGCTCAACATGGACCTCTGATATAGCTTCTAATTGGTATTCGTCAGATATGACCTGGTCCTGGTGGAACGGATACCAAGGGATATGTTGTAATATTCCAATAGCCAATCCAGTTAATACCAACCAATGGAATTCTATAGTTTCAAAGAAGATCTATGTTCCAGATCCTGCTTCTGTGTATTCAGCCAGTGCGATATTCAATGTTGATACAGTTGGGAACCGTACTCAGTTGGTGCTGGACTGGTATGATCAATCAATGAAGCGAATTGGATACGCCACTAAAGGAGTAACTGTCTTCCATACGCAAACATTGGTTAAGATAGAGAACCAAACTCCACCAACTGGAACAGCTTACGTTGCTATTCACGTTGACGTTAATGGTGGTGGTCACTTAGCAGTGATAGCACCCATGCTTGTTAACGCAGCTAGTGTTGGTTCGTATGTTCCTGATAATGCTAGTTGGACGGAGTTTCAACAAACTGCGTCAGATATCAATCTTAAGGTTTCCAAAGATGGTGTTGTAAATGCAGTTAACATCTCGCCTGAAGGAATCCAGATATACGGTAACAAACTGCATATAACGGCTGCTACCTATATTGATAATGCAGTCATTAAGGACGCCATGATTGCCAACCTAAATGCTAATAAGTTAACAGCTGGATCAATTAATGCGGCTAATATCAATGTGTATAACATTAATGGCGCAAATATTGTCGCCAATTCGATAACTGCTAACCAGCTTAAAGCCGGGTCTCTATTAATTGCATTAAACTCCACTATGCAAACTATGAGGATTGGCACCGATGGTTTATACACTACTGATAATAAAGGCGACGGGGTTGGCCATATTCATACCAACTCAGTCGTTGGGCATCCGGATGTCTATGGCCTAAACTTTGACCTTGATGCTACCGGGGACTATATGGGTTGGGGAGCTAAGAACCGTGGAGATCCTAATGGAACCTATGCCATCAAACTAGGCTGGTATCGTTCAGATACGGCTAATACCATTGGTAATATTAAAGGATTCGTATTCTCAGACCAAGTAACCTTAAACGGCGGTATTCAAGTTTCCGGAGCATATCAGAATCTAGGCTTCGGTACAAGTACGTTTAACAACAATACCCATTACCCTTACTTTGGGTCAACTGGCATGAAGGCTGGATTAGCCTATGGCTCGACGGATACCTATCTGATTTCAGATGGTAAGTATGCTGATATGACTAAGGTTATATTTGCTTTACAAGGTATCGGTGATGCTTATATTCCCGTTAAGCTTAGTGACGGAAAGATAACTAGTTATGTTAAAGTCAATTTCCAACATTAG

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
9592254fe52a17d1b5933700faf857805e4fc785c2d3731df965533e713a2532
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,7257
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Monitoring viable cells of the biological control agent Lactobacillus plantarum PM411 in aerial plant surfaces by means of a strain-specific viability quantitative PCR method Daranas,N., Bonaterra,A., Frances,J., Cabrefiga,J., Montesinos,E. and Badosa,E. 2018 29523544 GenBank