Protein

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Genbank accession
ADO97241.1 [GenBank]
Protein name
YadA domain-containing structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MANRIQLRRGGAQEWANSNPTLAQGELGIELDTGRFKIGDGVTAWNTLRYERPVESVTNTANTLVQRDADGNFAAGTVTATLIGNASTAARLASARQIQLAQDITASGVFDGSANLTLNAELGLISTLPHYDGTNTATGTYTKVVVDAKGRITNASFPSTLADYNLNGTVEGQSAQPYDLDLVAIAGLTTTGIIARTSGGAVSTRTITGTAGRIAINNGNGVSGNPTIDLITTTISAGDYNTESLTSVAGSQTVNATKFSVDAYGRFTSAATVPIATAVEGTTALAYDAGTAYSRYAIITNASKVYQALESISAGAGAPTHSSGDTGGWRYLAAEGTEQKGLASFAQEDFDVSAAGHVTIAAAGVDNTQLQNNKIIFTDGNTVENFELDNELTTATGNTGFNYLNFVKVNDTSGNLLFGANNTGDSGAGEIDVNVRSYFSDPDITLDGAASQTLDKSGDGNLTFSLTQNSASARNLSITSTNAGSGTSTVTISAEDVVDIDASAATGKVHIEDLRIQDNYLASTGQLNLDPGDDRAATGLVRIFGNLQIDGTTTTVNSTELSVDDVTILLGGDTAPGSDDNLDRGVEFRYYDTQARLGFYGWDTNYTDLAGHEGGYTFLHAATNSSEVFTGTASGITAGNLKLTTGTASSSNTTGDLVVAGGAGITGAVNIGGNTDIDGTFRANSTSRFDDNIVLQGASKTLQLNNGSGTTKIELQSTTGNASFGGVVDVTGNFNVNTDKFNVVAASGNTSVDGTLTVAGNSEFNGTVDVDANFAVRSGTTDKFTVASSSGNTVIEGTLNGKGAADFDSTLNVDGNTTLGGTVTVTGNSEFNGTVDVDANFAVRSGTTDKFTVASASGNTVISGTLGVTGATTLTGALDLNNAADISGLVHLESTDVPNILSGAPHTIQNNDYGALRVDGGGYFANDVLFNGDLYLNGEFLQQDDATENFGTRNYLAVRYKIRAGTSAAYTPNYSTHGQSNLRVYGGAGIRTTLHIGGTDSGEGLFVGKETSSDTVKFSVLGATGNTSTEGTLNVEGEVTIQDSVIINAANEIFSIRNGSAVEKFGVDTDNGNTNIIGTLTVGDATQINDTFGVSGVTTLTANSQQTLTGSYAADGAFRLTGGAGIGKNLAVSGDARIYGATELTGALDLNNSADISGALVTHDNVTITADNKEFAIQNGSAVDKFTVDTDNGNTDIRGTLDVGGDVTAESNLTVTGNLTVNGTTTTVNSTVTTLDDPIITVGGDTAPSSSDGKDRGVEFRYYDGSAKIGFFGFDRSAQQFAFLTSATNNSEVLTGTDGALRAGSLNLTGSGTGLDVDNNANIDGTLTVDGQFTSNVADGVAPFVITSTTKVNNLNVDRLDNMTTASANTASTVVNRDSSGNFAAGTITAALTGNASTATTLETARTITVDGVVDGSVSFNGSADVTISTTFNDADITALAAMTGTGFVTRTADNTYARRSVTATASSGITITNGDGVSGDMVINVASASTNASNNLVIRDASGNFAAGTITAALTGNVTGQVSDISNHDTDALTEGSTNLYYTDERVDDRVNALIVAGTGITKAYNDAAGTYTLTVTQADIDTDNVTEGSTNLFTTAARTRTHFTYGTGIELSGAGALSVTQADINTDNITEGSTNVFYTNARFDTQLATKDTGDLAEGTNLYYTDARADARIAAADTDDLSEGSANLYYTDARADARVAAATGANLDLSSKSTSDLSEGTNQYYTEARVQAKLDNAFAQLQAMLNNLATTTTLTLNLSGDPTPGAVVTTGVSNGGGGGFTAGTAVATSGGTGSGLTVDTTVVGGVITAAAVNAGGSDYLITDTVTITNPNAGKVLTLNLASLAGGSNYVTGTALATTGGSGSASLTVDITAVAGAITNVTINDGGTGYVAGETITIVQATGADGSNPGTGGTIDISTVATNATLTLTDITTMEVGATVTGATSGTTGVITALGTNQITVDNVDGFFKSGEVVSANDVTTLTISSFS
Physico‐chemical
properties
protein length:1988 AA
molecular weight: 201929,22160 Da
isoelectric point:4,15706
aromaticity:0,05936
hydropathy:-0,10845

Domains

Domains [InterPro]
SSF69349
STR
4–242
SSF69349 DC_1607 DC_0029 DC_0029 DC_0029
IPR041352
ATT
5–43
IPR041352 DC_1607 DC_0029
ADO97241.1
1 1988
Architecture
ATT
STR
STR
RBD
STR
RBD
ATT 4-43 | STR 44-242 | STR 328-795 | RBD 880-1090 | STR 1091-1553 | RBD 1601-1988
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-SM1
[NCBI] 		444859 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Thetisvirus > Thetisvirus ssm1
Host Synechococcus sp. WH 6501
[NCBI] 		166310 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
ADO97241.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
GU071094 [NCBI]
CDS location
range 89065 -> 95031
strand +
CDS
ATGGCAAATAGAATTCAATTAAGACGAGGTGGCGCTCAGGAATGGGCGAACTCTAATCCTACGCTTGCACAGGGCGAATTAGGTATCGAACTTGACACGGGTCGTTTCAAGATCGGAGATGGTGTTACGGCGTGGAATACGCTTAGATATGAACGACCCGTTGAGTCTGTAACTAATACGGCTAATACTCTTGTTCAAAGAGATGCTGATGGTAACTTTGCTGCTGGCACAGTTACAGCAACGCTGATTGGTAATGCTTCAACCGCAGCTCGTCTCGCATCTGCTAGACAGATTCAGTTAGCACAAGATATTACTGCTTCTGGTGTTTTTGATGGTTCTGCAAACCTGACTCTTAATGCAGAACTCGGTCTGATTTCAACTCTTCCTCATTATGATGGAACTAACACTGCAACTGGCACATATACAAAAGTTGTAGTTGATGCCAAAGGTAGAATCACTAATGCTTCTTTCCCTTCTACCCTTGCAGATTATAATCTTAATGGCACAGTAGAAGGTCAATCTGCACAACCATATGACCTTGATTTGGTCGCTATTGCTGGTCTTACTACCACTGGAATCATTGCTAGAACTAGTGGTGGTGCAGTCTCAACTAGAACTATTACAGGAACTGCTGGTAGAATTGCTATCAATAATGGTAATGGTGTTTCTGGTAACCCGACCATTGATCTGATCACAACAACTATTTCAGCAGGTGACTATAATACTGAATCCCTGACATCTGTAGCTGGTTCTCAGACAGTTAATGCTACAAAATTCTCTGTTGACGCCTATGGTCGTTTTACAAGTGCTGCAACTGTGCCTATCGCTACAGCAGTTGAAGGCACAACTGCCCTAGCTTATGATGCAGGGACTGCTTATAGTAGATATGCAATTATTACAAATGCATCGAAGGTTTACCAAGCACTTGAATCAATTAGTGCTGGTGCTGGTGCTCCTACTCATTCCAGTGGTGATACTGGAGGATGGCGCTACCTCGCGGCTGAAGGCACGGAACAGAAGGGACTGGCTAGTTTTGCACAAGAGGATTTCGATGTCTCCGCAGCGGGTCATGTAACTATTGCTGCAGCAGGTGTTGATAATACTCAACTTCAGAACAATAAAATCATCTTTACTGATGGTAATACAGTAGAGAACTTTGAACTTGATAATGAACTTACAACCGCTACAGGAAACACTGGTTTTAATTACCTCAACTTTGTTAAGGTTAATGATACAAGTGGTAACTTACTGTTTGGCGCTAATAATACAGGGGACAGTGGCGCTGGTGAGATTGATGTCAACGTCCGTTCCTATTTTTCTGATCCTGATATTACTCTTGATGGAGCAGCTTCTCAGACATTGGATAAGTCTGGGGATGGTAACCTTACCTTCTCTCTGACACAAAACTCTGCATCTGCTAGAAACCTCAGCATCACCTCTACAAATGCTGGTTCTGGCACAAGCACAGTTACGATTAGTGCAGAAGATGTTGTTGATATTGATGCTTCTGCTGCAACTGGCAAGGTTCATATCGAAGATTTGAGAATTCAAGATAACTATCTTGCTTCTACTGGTCAATTGAATCTTGACCCTGGCGATGACCGTGCTGCTACTGGGTTGGTTCGTATCTTTGGTAACCTTCAGATTGATGGCACAACTACTACAGTTAATTCAACTGAACTGAGTGTTGATGATGTTACTATCCTTCTCGGTGGTGATACTGCTCCTGGATCTGATGACAACCTTGACCGTGGTGTTGAGTTCCGCTACTACGATACCCAAGCACGTTTAGGTTTCTATGGTTGGGATACTAACTACACTGATTTGGCTGGTCATGAAGGTGGTTATACTTTCCTTCATGCTGCTACAAATTCTTCCGAAGTCTTTACTGGCACTGCTTCTGGTATTACTGCTGGTAACCTTAAGTTAACAACTGGCACTGCTTCGTCTTCCAACACAACTGGTGACTTGGTAGTTGCTGGTGGCGCTGGTATTACTGGCGCAGTTAATATTGGTGGTAATACTGACATTGATGGCACTTTCCGTGCTAATAGCACTTCTCGCTTTGATGACAATATTGTTCTTCAAGGTGCATCTAAGACTCTGCAACTGAACAATGGTTCTGGAACAACCAAGATTGAACTTCAGTCAACCACAGGTAATGCATCATTTGGTGGTGTAGTTGATGTAACTGGTAACTTTAACGTCAACACCGATAAGTTCAACGTTGTTGCTGCTTCTGGTAATACATCTGTCGATGGAACTTTAACTGTTGCTGGAAACTCTGAGTTCAATGGCACTGTTGATGTCGATGCAAACTTCGCAGTTAGAAGTGGAACTACCGACAAGTTTACTGTTGCTTCTTCCTCTGGTAACACTGTAATTGAAGGCACATTAAATGGTAAGGGTGCAGCAGACTTTGATAGCACTCTGAATGTTGACGGTAACACTACTCTGGGTGGCACTGTTACAGTAACTGGTAACTCCGAGTTTAACGGCACTGTTGATGTTGATGCCAACTTTGCAGTTAGAAGTGGCACTACGGATAAGTTTACCGTTGCTTCTGCATCTGGTAATACTGTTATTTCTGGAACTCTGGGTGTAACTGGTGCAACTACTCTTACAGGCGCTCTTGACCTTAATAATGCTGCAGATATTTCTGGATTGGTTCATCTAGAATCCACTGATGTTCCAAATATTCTTTCTGGTGCTCCTCATACCATTCAAAATAATGACTATGGCGCATTGAGAGTTGATGGTGGTGGATACTTTGCTAATGATGTTCTTTTCAACGGCGATCTCTATCTGAATGGAGAGTTCTTACAGCAAGACGACGCAACTGAGAACTTCGGCACTAGAAACTATCTGGCAGTTCGATATAAGATTCGTGCTGGCACATCTGCTGCATATACTCCCAATTATTCAACTCACGGACAATCCAACCTAAGAGTTTATGGTGGTGCTGGTATTAGAACAACCCTTCATATCGGTGGCACCGATTCTGGAGAGGGTCTATTCGTTGGTAAAGAAACCAGCAGTGATACTGTTAAGTTCTCTGTTCTGGGTGCAACTGGTAATACTTCTACAGAAGGAACACTGAATGTTGAGGGTGAAGTTACTATTCAAGACAGTGTAATTATCAACGCTGCTAATGAAATCTTCTCGATTAGAAATGGTTCTGCTGTTGAGAAGTTTGGTGTTGATACTGATAACGGTAATACAAATATCATCGGCACACTGACCGTTGGTGATGCAACTCAGATCAACGACACATTCGGTGTATCTGGTGTCACAACTCTGACTGCAAACTCACAGCAAACTCTGACTGGTTCTTATGCTGCTGATGGTGCATTCCGTCTGACAGGTGGTGCTGGTATTGGTAAGAACCTTGCTGTTAGTGGTGATGCAAGAATCTATGGTGCTACAGAACTGACTGGTGCTTTAGACCTTAACAACTCTGCAGACATCTCTGGTGCTCTGGTAACCCATGATAATGTTACTATCACTGCAGATAATAAAGAGTTTGCAATTCAGAATGGTTCTGCAGTAGATAAATTTACTGTTGATACTGATAATGGCAACACTGATATTCGTGGAACCCTGGATGTTGGTGGAGATGTAACTGCTGAATCCAATCTTACTGTTACTGGAAATCTTACCGTTAATGGCACAACCACTACTGTTAATTCTACGGTCACAACTCTCGATGACCCTATTATTACTGTGGGTGGTGACACAGCACCAAGCTCTAGCGACGGTAAGGACCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTACGACGGCTCTGCGAAAATTGGTTTCTTCGGATTCGATAGATCCGCACAACAATTCGCATTCCTGACAAGTGCAACAAACAACTCTGAAGTTCTTACTGGCACAGACGGCGCTCTTCGTGCTGGTTCTCTTAATCTTACTGGGTCTGGCACGGGTCTTGATGTTGATAACAATGCCAACATTGATGGCACCCTGACTGTTGATGGTCAATTTACTTCTAATGTTGCTGATGGAGTTGCTCCATTCGTCATCACATCTACAACTAAAGTTAATAATCTGAACGTTGACCGTTTAGATAATATGACAACTGCAAGTGCAAACACTGCATCTACAGTTGTTAATCGTGACTCCTCTGGTAACTTCGCTGCTGGAACTATTACCGCTGCTCTGACAGGTAATGCTTCTACAGCGACAACTCTGGAGACTGCAAGAACGATTACCGTTGATGGTGTTGTTGATGGTTCCGTTTCGTTCAACGGTTCTGCAGATGTAACGATCAGCACAACCTTCAACGATGCAGACATCACTGCACTCGCTGCAATGACGGGCACTGGTTTTGTTACTAGAACTGCTGATAACACCTATGCACGACGCTCTGTAACCGCTACAGCATCCTCTGGTATCACGATCACCAATGGTGATGGTGTTTCAGGCGATATGGTCATTAACGTTGCTTCTGCAAGCACTAATGCATCAAATAACCTGGTTATTCGTGATGCTTCTGGTAACTTTGCTGCTGGCACAATTACTGCAGCACTGACTGGTAATGTTACTGGTCAAGTATCTGACATTAGCAATCATGATACAGATGCGCTTACAGAGGGCAGCACTAATCTGTATTATACCGATGAGCGTGTTGATGATAGAGTTAATGCTCTTATCGTTGCAGGCACTGGTATTACCAAGGCGTATAACGACGCAGCAGGCACCTATACGCTCACTGTAACGCAAGCAGACATCGATACCGATAATGTAACGGAAGGTTCGACAAACCTCTTTACAACCGCTGCTAGGACCCGCACACACTTCACATATGGCACTGGTATTGAATTGTCTGGTGCAGGCGCTCTGAGCGTCACACAGGCAGATATCAATACAGATAACATCACTGAAGGCAGCACAAACGTCTTCTATACGAATGCACGTTTTGATACTCAACTTGCAACCAAGGATACTGGTGATCTGGCAGAAGGCACTAATCTGTATTACACAGA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Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
fdb46904208d8de5ddb26c948e0b1f6a719dfd33be7ec0fede89640b2bba0f98
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5059
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Cyanophage 6501-1 Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Erlich,R., Young,S.K., Koehrsen,M., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Borenstein,D., Chen,Z., Engels,R., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heiman,D., Hepburn,T., Howarth,C., Jen,D., Larson,L., Lewis,B., Mehta,T., Park,D., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., Walk,T., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C., Galagan,J. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank