Protein

View in Explore
Genbank accession
CCI89145.1 [GenBank]
Protein name
phage tail fibers
RBP type
TF
Evidence GenBank
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,78
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MATLKQIQFKRSKVAGVNPTAAQLAEGELAINLKDRTLFTKDDLGNIISLGFAKGGDINGNVTQTGDYLQNGTYNLNGNQFVYAGKYIEFLPKTTGNGAWANQHSNKAPIFTDLSSTTSVSEYHPLIKQRYKDGTFSAGTLVNEGSFKFHYIDETGTSKYWTFNRNGNFQVDSGSLLVSNGYLVTQSNIETKAGSLIGPKVITKNINVSTKSWDTNIDTAYDLVSLPTWQYTPTETDLDTNGINYLRKFRGHVSSAIFHEVADARSGKPQNISYWTGRNAEVYQWSYTTDGRMSVANSIGIGLADVGDQGRYPLVSFGKGIAIGDNDTGIKWVRDGVIDLMANGISSATILNNGINSTKKLMVGYSRDSGSTWDFPNNNQAMFTARTDVDGNNNGDGQTHIGYSSNAKMYHYFRGTGRMSVNMGDGLLVKPGILDIKTGSNSLNLRADGTIASVQTLKLNNGLYFNGDGTNASLVFKAASGIDGTKQIMWEGGTRAGQNKSPVTVKAWGNSFNATGDKSRETIFEIGDGQGYHFYSQRAAPTNDETVGPVLMQVSGSLNAKGTLTATGNLYVGGLSTHEGAVTMNNGLNLTGGSSITGQVKIGGTGDALRIWNAEYGAIFRRSEDKLYIIPTPQNAGETGDISNLRPFYITLSNGKVVMGHDVDIGGGRFKVETSGTTSGQRITVNTASDAIRINAPTQESSNFVQGRKADVPKWYLGIGDGGNVVRMHSYTYSHGIALNSDTVDIAKPLRIGSTQIGTDGNITGGSGNFANLNTTINNLKTDIVSSYPIGAPIPWPTDTPPEGYAIMEGQTFDTGLYPKLAAVYPSGSLPDMRGQTIKGKPSGRAVLSTEADGVKSHSHSASASSTDLGTKTTSSFDYGSKTTSSFDYGTKTSNTTGNHNHTVSGNTSSAGAHQHARSGPQVHGGIPTSVFYDGYNSAGPNGNVKFTAIVSGATASSNMAKTSSDGAHTHSWSGTTSATGNHAHTVGIGAHTHSVGIGAHSHTVAIGSHGHTITVNATGNTENTVKNVAFNYIVRLA
Physico‐chemical
properties
protein length:1038 AA
molecular weight: 110013,14190 Da
isoelectric point:8,55188
aromaticity:0,08285
hydropathy:-0,41098

Domains

Domains [InterPro]
DC_0538
STR
1–1036
DC_0538
G3DSA:6.20.80.10
STR
689–748
G3DSA:6.20.80.10 SSF88874 SSF88874
IPR048388
ATT
691–765
IPR048388 IPR037053
IPR051934
Unmapped
741–1038
IPR051934
IPR011083
ATT
791–838
IPR011083
CCI89145.1
1 1038
Architecture
STR
ATT
STR
ATT
STR
STR 1-690 | ATT 691-765 | STR 766-785 | ATT 786-839 | STR 840-1037 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Yersinia phage phiD1
[NCBI] 		1206560 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Tevenvirinae > Tequatrovirus
Host Yersinia pestis
[NCBI] 		632 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
CCI89145.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
HE956711.1 [NCBI]
CDS location
range 154423 -> 157539
strand +
CDS
ATGGCTACATTAAAACAGATACAATTTAAAAGAAGCAAAGTAGCAGGAGTTAATCCTACTGCAGCACAATTAGCCGAAGGCGAATTAGCGATAAACTTAAAAGATCGAACTCTTTTTACCAAAGATGACCTCGGTAATATTATTAGCCTAGGCTTTGCTAAGGGCGGGGATATTAACGGTAATGTAACTCAAACTGGTGATTATTTACAAAACGGCACGTATAATCTCAATGGAAATCAGTTTGTTTATGCAGGAAAATACATTGAATTTTTACCTAAAACCACTGGAAATGGCGCTTGGGCTAACCAACATTCGAATAAAGCCCCTATCTTTACAGATTTAAGTTCAACTACTTCTGTTTCAGAATACCATCCACTGATTAAACAACGCTATAAAGATGGAACTTTTTCTGCTGGTACATTAGTAAACGAAGGTAGTTTTAAATTCCATTATATTGATGAAACCGGGACTTCAAAATACTGGACTTTTAATCGAAACGGTAATTTTCAAGTTGATTCCGGAAGTTTATTAGTATCTAATGGATATTTAGTTACTCAAAGTAATATTGAAACTAAAGCTGGTTCTTTAATTGGCCCTAAAGTTATTACCAAAAATATCAATGTGAGCACTAAATCTTGGGACACTAATATTGATACTGCATATGATTTAGTTTCATTACCGACTTGGCAGTATACTCCAACCGAAACGGATTTGGATACTAATGGTATAAACTACCTTCGTAAATTCCGCGGACATGTTTCTTCTGCTATTTTCCATGAAGTTGCTGATGCTCGTTCAGGTAAACCACAGAATATTTCGTATTGGACGGGACGTAATGCCGAAGTTTATCAATGGTCTTATACCACAGATGGGCGTATGTCTGTTGCTAATTCGATAGGTATAGGTCTTGCTGATGTTGGTGACCAAGGACGTTATCCATTGGTTTCGTTTGGTAAAGGTATTGCCATTGGTGATAACGATACAGGTATTAAATGGGTTCGCGACGGCGTTATCGATTTAATGGCCAACGGTATTTCTTCGGCTACCATTTTGAACAATGGTATTAACAGCACCAAGAAATTGATGGTTGGTTATAGCCGAGATTCAGGTTCTACTTGGGATTTCCCAAATAATAACCAAGCAATGTTTACTGCGCGTACCGATGTTGATGGTAATAATAACGGCGATGGACAGACTCATATCGGATATAGCAGCAATGCTAAGATGTATCACTATTTCCGTGGTACAGGTCGTATGTCCGTTAATATGGGCGATGGACTTCTTGTTAAGCCCGGCATTTTAGATATTAAAACCGGTTCAAATTCGCTAAATTTGCGTGCTGATGGTACCATCGCTTCTGTTCAAACGTTAAAACTTAATAACGGATTATATTTTAATGGTGATGGAACTAATGCTTCTCTAGTTTTTAAAGCAGCTTCAGGTATTGATGGCACTAAGCAAATAATGTGGGAAGGCGGTACTCGTGCAGGTCAAAACAAAAGCCCTGTTACAGTTAAAGCATGGGGTAATTCATTTAATGCCACCGGTGATAAATCTCGTGAAACCATTTTTGAAATTGGCGACGGCCAAGGGTATCATTTTTACTCTCAACGTGCCGCGCCTACAAATGATGAAACTGTTGGCCCTGTATTAATGCAAGTTTCAGGTTCTTTAAATGCAAAAGGAACATTGACCGCCACTGGCAACCTTTATGTGGGAGGATTGAGTACCCATGAAGGTGCTGTGACCATGAATAATGGTCTTAATTTAACTGGTGGTTCTTCTATTACCGGCCAAGTTAAAATCGGCGGAACAGGAGATGCATTGAGAATTTGGAACGCTGAATACGGTGCTATTTTCCGTCGTTCTGAAGATAAGCTTTATATTATTCCAACTCCGCAGAATGCTGGTGAAACAGGCGATATTTCTAATTTACGTCCGTTCTATATTACATTAAGTAATGGTAAAGTCGTCATGGGTCATGATGTTGATATCGGTGGCGGTAGATTTAAAGTAGAAACTAGTGGAACAACATCAGGGCAACGTATTACAGTTAATACTGCCTCCGATGCTATTMGAATAAATGCCCCAACACAAGAATCTTCTAACTTCGTCCAAGGACGTAAAGCAGATGTTCCGAAATGGTATTTAGGTATTGGCGATGGCGGTAATGTCGTTCGTATGCACAGTTACACATACTCCCATGGTATTGCATTAAACTCTGATACGGTTGATATAGCTAAACCTCTTAGAATAGGTTCAACCCAGATTGGTACTGATGGTAATATCACCGGTGGTTCTGGTAATTTTGCTAACTTGAATACCACAATAAATAACCTTAAGACGGATATTGTCTCGAGTTACCCAATTGGTGCTCCGATTCCTTGGCCTACTGATACACCTCCTGAAGGTTATGCCATAATGGAAGGTCAAACATTTGATACTGGCTTGTATCCTAAGTTAGCTGCGGTGTATCCTTCCGGCTCTCTGCCTGATATGCGTGGTCAAACTATCAAGGGTAAACCATCCGGGCGTGCTGTATTAAGTACAGAAGCAGACGGTGTTAAGTCACATAGCCATAGTGCAAGTGCATCAAGCACAGATTTGGGTACTAAGACCACTTCTAGTTTTGATTACGGTAGCAAAACGACTTCAAGCTTTGATTATGGTACTAAGACTAGTAATACCACTGGCAACCATAACCATACAGTGAGTGGTAATACTAGTTCCGCTGGTGCGCACCAACACGCGCGTTCAGGTCCTCAGGTACACGGCGGCATACCCACTAGCGTATTCTATGATGGATACAATAGTGCTGGTCCAAACGGCAACGTTAAATTCACTGCAATCGTGAGCGGTGCTACTGCATCGTCGAATATGGCCAAAACTTCTTCAGACGGTGCCCACACCCATAGTTGGTCAGGAACTACTAGCGCTACGGGTAACCATGCTCATACTGTGGGTATTGGTGCTCATACCCATTCGGTAGGTATTGGTGCTCATTCTCATACTGTTGCAATTGGTTCCCATGGACATACAATAACTGTAAATGCCACAGGAAATACAGAAAACACTGTTAAAAACGTTGCTTTTAACTATATCGTTCGTTTAGCATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
ce99d96c4139026dfdd14b4e8e227c85f486df56f87e3e60d14877934d4969e3
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5345
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Genomic characterization of five bacteriophages specific for Yersinia species Skurnik,M., Nawaz,A., Happonen,L., Butcher,S. and Mattinen,L. 2012 — GenBank