Protein

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Genbank accession
YP_010097858.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein
RBP type
TF
Evidence GenBank
Probability 1,00
TF
Evidence Phold
Probability 1,00
TSP
Evidence DepoScope
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,82
Protein sequence
MPLSRLENFLKNVEGNILYVNPTDLDATDSIDNQGNSLTRPFKTIQRALLEAARFSYQIGLNNDKFNRTTILLYPGTHEIDNRPGYNVVQSGSNAIYRDRNGVEVSLNQLSSGSNYNIDDSANELFKYNSVEGGVIVPRGVSIVGLDLRKTNIRPKFVPDPTDDAILRSAIFRITGGCYFWQFTIFDGDSKGSVYKDYSNDRYTPSFSHHKLTVFEYADGVNGVGIGTSTTTSDLSMYYHKIQKAYGDSSGRAIVDFPANKDMQAKLPEYEIVGPVSALDVGITSIRAGSGSKTNTSTTITVDCDTPHNLVVDSEFRVSGVNTYPNIYNGNFVVTGVSSERIFTYRSSSPPTDGLPDLDGDEKVVADTDTVSGASPYIFNCSLRSVYGMCGMHADGSKATGFKSMVVAQYTGVGLQKDNNAFLFYNETNGQYDTNATVADSEKPLYLNSKAVYRPSYENYHVKCSNKSVIQIVSVFAIGYANHFLAESGGDQSITNSNSNFGAKSLIANGFQDEAFGRDNRGYVTHIVPPRRLSKAEKSVEWLTLNVGLTTNPVGVGTTQKIFIDEFTDPDVPPPVVIEGYRLGAKSAFSQDKLCTEPDLLNISIAGVGTFSAPIRMLNKDGTSGPSRTKEYNVGFVGAANSITTSVLTLQEDHELYAGESVRVISDDGSLPDGLESNTIYYAVTNDSTNETLNDDQIKLARTENEAILGGSGNFITINNDKGGRLRINSRVTDKQPGDYGHPVQYDTTNSNWYINSDIDPVTNRIYDALVTNGPAIGARTNKSFFKRKEDNRSINDKLYKLRYVLPKESQDARPPIPGFVIQDSSTVGVTTASDFTDNIPNATIQRNIRILKGLDRDSNSGVTTFVTEKPHNFEVGDTVNFLNIKSSGNTVGAANSGYNISRVVTGISSSKGFEVNFSNDPGSFINNISTRDDGLPTVSRKSAKETFTVYRVETLKAHEYNKQDGVYHLICIDSSIKPTVNEFGSFGYNQQIENLYPQFDADNFVMDPSQASSFAVNTPQGKVVTNDLRYSITKEFTNRYIRSNGIGIGITFAEGSTQGITTIYTDREHNLNSIISVGLGSTGLNYGAGVSTTLYNASLTYSGIETGKGATANIDIDANGGITAITIVDGGSAYGVGHTLNITGVETSASHVQGWVTVNKISNNIGDAIEIVGVGTSLARYVSGYNGIHTITAIRPQAIEYNNGFWPGYYDVNTVGLATGFMMYAGPVPDISNVVYDSSVGIVTVTTAGAHGLNVNNPFKIVGVAQTIFNTENIVRERVSTTKFNFKFNEDYDAATYTSGGSVLPVNYAARGGVTEAGSERLAQRHVPFRTGIQTAMSGSSLNATSTTLTLGDSSGFQKGDYVQIDGEIIRISSDFASNAATVLRGQLGSRSAAHDASSLVKKLRILATEKRRHSILRASGHTFEYLGYGPGNYSSGLPQKQDRILSREEQFLSQAQTPNGGAVVYTGMNDAGDFYIGNKVINAQDGTEATFNIPVPTVTGADQDGSGTGTRLDAIFDSVTVREGITVDGNNNSTTRFNGPVVTNEKLTNTSSDGIETVQISINGGLTENRTITYSPSKPTTSGTTGDIVFNSNPSFGQYIGWVYTQEAWKRFGLISTEVDETQLSLNTVGVGSTSASRIGAADGLDVRGTIIADAFVCAGVCTFSGNTTFASITFDEIAVSGVGTFQNRLNVTGNSNFVGVTTLRNVESLNVTGISTFGGNIGVTATVTATSFSGPLTGNVTGDVNGNVVGNLEGNADTATSATSATTATNANNINVDEKNDNVTYQVLFSDANGAGYQRPYIDTNNGHLTYNPSTHVLVAGTFDGNLQGNVTGNVTGNVTGNVVGDLEGTADNATNATNVNLRARNTTDATHYITFGTATTGNQRINTDSGLTYNPSTGRLTTTLVDGNLEGNADSADNVQVDHDTGNAWHRPCFVDDGSSSGSNLRIKTDSGSTIGINPNTNIIRATTFDGNLEGTADNATNINCVEDTSSTSAHNVVFVGSETGNQRPNTDRNFTYIPSSGRLFVEGRIGSTSDESVKENIETISDALEKVSKLRGVEYNRTDIEDTSREIGVIAQEVEKVVPEVVADNPNGLKSVSYGNIVGLLIEAIKDQQTQIQELKAKVDDLSK
Physico‐chemical
properties
protein length:2133 AA
molecular weight: 228662,81120 Da
isoelectric point:4,98077
aromaticity:0,08158
hydropathy:-0,34290

Domains

Domains [InterPro]
DC_0066
STR
1–2131
DC_0066
Coil
Unmapped
686–706
Coil IPR030392
IPR030392
CHP
2038–2091
IPR030392 Coil
YP_010097858.1
1 2133
Architecture
STR
STR 1-2131 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Tail Spike Domain Segmentation

Tail Spike Domain Segmentation

This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.

Domain Layout
N-terminal
Central
C-terminal
YP_010097858.1
1 2133
Domain Start End Length (AA) Confidence
N-terminal 1 89 89 0,7862
Central domain 90 307 219 0,9027
C-terminal 308 2133 1825 0,1500
Legend: N-terminal Central domain C-terminal
3D Structure with Domain Coloring

The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).

Domain Coloring
N-terminal
1-89
Central
90-307
C-terminal
308-2133

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus virus S-PRM1
[NCBI] 		2100130 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Makelovirus > Makelovirus prm1
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_010097858.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_055761.1 [NCBI]
CDS location
range 113393 -> 119794
strand +
CDS
ATGCCTTTAAGTAGACTAGAGAATTTCCTAAAGAACGTTGAAGGTAACATTCTTTATGTAAACCCAACTGATCTTGATGCTACTGATAGTATCGACAATCAGGGTAACTCCTTAACGAGGCCTTTCAAGACAATTCAGAGGGCACTCTTAGAAGCTGCCAGATTCTCATATCAGATCGGTCTTAATAACGATAAATTCAACAGAACCACCATTCTGTTGTATCCTGGAACGCACGAAATTGATAACAGACCTGGATATAACGTAGTACAGTCTGGGTCCAATGCGATTTATCGCGACAGAAATGGAGTTGAGGTAAGTTTAAACCAGTTAAGTTCGGGTAGTAACTATAACATTGATGATTCTGCAAACGAACTGTTTAAGTATAACTCTGTAGAAGGTGGGGTTATTGTGCCCCGTGGTGTCTCTATTGTTGGTTTGGATCTGCGTAAGACCAACATTAGACCAAAGTTTGTTCCTGATCCAACAGATGATGCGATCTTGAGATCGGCTATCTTCCGTATTACTGGTGGATGCTATTTCTGGCAGTTCACTATTTTTGATGGTGATTCAAAGGGTTCTGTTTATAAAGACTATTCAAACGATAGATATACTCCAAGTTTCTCACACCACAAACTGACTGTATTTGAATATGCGGATGGTGTAAATGGTGTTGGTATTGGTACATCTACCACTACCAGTGATCTTTCGATGTATTATCATAAGATCCAAAAAGCTTATGGTGATAGTTCGGGTCGTGCAATTGTAGACTTCCCAGCTAATAAAGATATGCAGGCTAAACTGCCTGAATATGAGATTGTTGGACCTGTTTCTGCACTTGATGTAGGTATCACAAGTATTCGTGCTGGTTCTGGTTCTAAGACAAATACTTCTACAACAATTACGGTTGACTGTGACACTCCACACAATCTAGTTGTTGATAGTGAATTTAGAGTATCTGGTGTTAATACATATCCGAATATTTACAATGGTAACTTTGTTGTAACTGGTGTATCTTCAGAAAGAATCTTCACATATCGATCAAGTTCTCCACCTACAGATGGATTACCAGATCTTGATGGTGACGAAAAAGTTGTTGCAGATACAGATACTGTATCTGGTGCATCACCATATATCTTTAACTGTTCTTTGAGATCTGTTTATGGTATGTGTGGTATGCACGCTGATGGATCTAAAGCCACAGGCTTTAAGTCCATGGTTGTTGCTCAATATACTGGTGTTGGTCTGCAGAAAGATAATAATGCATTCCTCTTCTATAATGAAACAAATGGTCAATATGATACTAATGCCACAGTTGCTGATAGTGAAAAACCACTTTACTTAAACAGTAAGGCTGTTTACAGACCATCTTACGAAAATTATCACGTCAAGTGTTCTAACAAGTCTGTTATTCAGATCGTATCTGTGTTCGCTATCGGTTATGCGAACCACTTCCTTGCAGAATCTGGTGGTGACCAATCAATCACCAACTCCAACTCTAACTTTGGTGCAAAATCTCTAATTGCAAATGGATTCCAAGATGAGGCATTTGGCAGAGATAATAGAGGATATGTAACACACATTGTTCCTCCCCGTAGATTAAGTAAGGCTGAAAAATCAGTAGAGTGGTTGACTCTGAATGTTGGTCTTACCACAAATCCTGTTGGTGTTGGAACCACTCAGAAAATTTTCATCGACGAATTTACTGATCCAGATGTTCCACCCCCAGTTGTTATTGAGGGTTATAGACTTGGTGCAAAATCGGCATTTAGTCAAGATAAACTCTGCACAGAACCAGATCTTCTTAACATCTCTATTGCTGGTGTAGGAACATTCTCTGCTCCAATTAGAATGTTGAATAAAGATGGTACAAGTGGACCATCGAGGACAAAAGAATATAATGTTGGATTTGTTGGTGCAGCTAATAGTATTACGACGAGTGTTCTGACACTTCAAGAGGATCATGAATTATATGCTGGTGAAAGTGTTCGTGTAATCTCTGATGATGGCTCTCTGCCTGATGGTCTTGAAAGCAATACCATTTATTATGCAGTTACAAATGATTCTACTAATGAAACTCTGAACGACGATCAGATCAAACTTGCAAGAACAGAAAACGAAGCTATTCTTGGTGGATCTGGTAACTTTATTACTATTAACAATGATAAGGGTGGTAGACTCAGAATTAACTCTAGAGTTACAGACAAACAACCTGGAGATTATGGACATCCAGTTCAATACGATACTACCAATTCCAATTGGTATATAAACAGTGACATTGATCCAGTTACAAACAGAATTTATGATGCCCTGGTAACAAATGGCCCTGCTATTGGTGCGAGAACTAACAAGTCGTTCTTCAAGAGAAAAGAAGATAATAGATCGATCAATGATAAACTCTATAAACTTCGTTATGTGCTTCCTAAAGAATCACAAGATGCACGTCCACCTATTCCTGGATTTGTAATTCAAGATTCTAGTACTGTTGGTGTAACAACTGCAAGTGATTTCACTGACAATATTCCAAATGCGACGATTCAGAGAAATATTCGTATTCTTAAAGGTCTGGATCGCGATTCAAATAGTGGTGTCACAACTTTTGTCACTGAGAAACCTCATAACTTTGAAGTTGGAGATACTGTTAACTTCCTGAACATCAAGAGTTCTGGTAACACAGTTGGTGCAGCTAACAGTGGATATAACATTTCCAGAGTTGTTACTGGAATCAGTAGCTCCAAAGGATTTGAGGTTAATTTCTCCAATGATCCTGGAAGTTTCATCAATAATATTTCCACAAGGGATGACGGTCTTCCTACAGTATCCAGAAAGTCGGCTAAAGAAACTTTCACAGTATACCGTGTCGAAACTCTGAAAGCTCATGAGTACAACAAACAAGATGGTGTTTATCATCTGATTTGTATTGACAGTAGTATCAAACCAACTGTCAACGAATTTGGATCTTTCGGTTATAACCAACAGATTGAGAACCTGTATCCTCAATTTGATGCTGATAACTTCGTCATGGATCCATCTCAGGCATCCAGTTTTGCTGTCAACACACCACAAGGTAAGGTTGTAACAAACGATCTTCGTTACAGTATCACAAAAGAATTTACCAACAGATACATTAGAAGTAATGGTATCGGTATTGGAATTACTTTTGCAGAAGGATCTACACAAGGTATCACCACGATTTATACAGATCGCGAACACAACCTGAACAGCATTATATCTGTCGGTTTGGGTTCTACTGGTCTGAATTATGGTGCAGGTGTCTCCACGACCCTCTATAACGCCTCTCTGACCTATTCTGGCATCGAGACTGGTAAGGGTGCAACAGCTAACATTGACATTGATGCAAACGGTGGTATCACTGCTATCACGATCGTTGATGGTGGTTCTGCATATGGAGTTGGTCACACACTGAATATCACAGGTGTAGAAACTTCTGCAAGTCACGTTCAAGGTTGGGTCACAGTTAATAAGATCTCCAACAACATTGGTGATGCAATTGAAATCGTTGGTGTTGGTACTTCTCTTGCACGTTATGTCAGTGGATACAATGGAATCCATACAATTACTGCAATCAGACCACAAGCAATCGAATACAACAATGGATTCTGGCCTGGTTATTATGATGTGAATACAGTTGGTCTTGCAACTGGATTCATGATGTATGCTGGTCCTGTACCAGACATTTCTAATGTTGTCTATGACAGTTCGGTTGGTATTGTCACTGTTACAACTGCTGGAGCTCATGGACTCAACGTTAACAATCCATTCAAGATTGTTGGTGTCGCACAGACTATCTTTAATACCGAAAATATTGTTAGAGAAAGAGTCAGTACGACTAAATTCAACTTCAAGTTCAATGAAGATTATGATGCTGCAACATATACATCTGGTGGTTCTGTCTTACCTGTTAACTATGCAGCTCGTGGTGGAGTAACAGAGGCTGGTAGTGAGAGACTTGCACAAAGACATGTTCCTTTCAGAACTGGTATTCAGACAGCAATGTCTGGTTCCAGTCTGAATGCTACCTCTACGACTCTCACTCTTGGTGATAGTTCTGGATTCCAGAAAGGTGATTATGTACAGATTGATGGTGAAATCATTCGTATCTCCTCTGACTTTGCTTCTAATGCAGCTACAGTTCTGAGAGGTCAACTTGGTTCTCGTTCTGCTGCTCATGATGCAAGTTCTCTGGTCAAGAAACTTCGCATTCTTGCAACTGAAAAGAGAAGACACTCTATCCTTCGTGCATCTGGTCACACATTTGAATATCTTGGTTATGGTCCTGGTAACTATTCCAGTGGTCTTCCTCAGAAACAGGATAGAATTCTTTCTAGAGAAGAACAGTTCCTGAGTCAGGCACAAACACCTAATGGTGGTGCAGTTGTCTACACTGGTATGAACGATGCTGGTGACTTCTATATTGGTAATAAAGTCATCAATGCACAAGATGGCACTGAAGCCACTTTCAACATTCCTGTTCCGACTGTAACTGGTGCTGACCAAGATGGATCTGGAACTGGTACAAGACTTGATGCTATCTTTGATTCGGTAACGGTTAGAGAGGGTATTACAGTTGATGGTAACAATAACAGTACCACCAGATTTAATGGTCCAGTTGTTACGAATGAAAAACTGACTAACACCAGTTCTGATGGTATTGAAACAGTTCAGATTTCTATCAACGGTGGTCTTACCGAAAATAGAACCATCACATATTCTCCTTCCAAACCAACTACATCTGGAACAACGGGTGACATTGTTTTCAACTCTAACCCAAGTTTCGGACAATATATTGGTTGGGTTTATACTCAAGAAGCTTGGAAGAGATTTGGCCTTATTTCTACAGAAGTTGATGAGACACAACTCAGTCTTAATACTGTTGGTGTTGGATCTACAAGTGCATCTAGAATTGGTGCAGCAGACGGTTTAGATGTTCGCGGTACAATTATTGCTGACGCATTTGTTTGTGCTGGTGTTTGTACATTCTCTGGTAATACCACATTTGCATCGATCACATTCGATGAGATTGCTGTAAGTGGTGTTGGAACTTTCCAAAATAGGCTTAATGTTACTGGAAACTCCAACTTTGTTGGTGTAACAACTTTGAGAAATGTTGAGTCACTCAATGTTACTGGTATTTCTACATTCGGTGGTAACATTGGTGTAACTGCTACTGTAACAGCCACTTCTTTTAGTGGACCTTTGACAGGAAATGTCACTGGTGATGTTAATGGTAATGTCGTTGGTAACCTTGAAGGTAATGCCGATACTGCTACTAGTGCTACTAGTGCAACCACTGCAACTAATGCTAATAATATCAACGTTGATGAAAAGAACGACAATGTAACCTATCAAGTTCTCTTTAGTGACGCCAATGGTGCTGGATATCAGAGACCATACATTGATACTAATAATGGACACTTAACGTATAATCCAAGTACCCATGTCTTAGTGGCGGGTACATTTGATGGTAATCTTCAAGGTAATGTCACTGGTAATGTTACTGGTAATGTTACTGGTAATGTCGTTGGTGACCTTGAAGGTACTGCTGACAATGCTACCAATGCTACCAATGTAAATCTTCGTGCAAGAAATACCACTGATGCTACCCATTACATCACGTTTGGTACTGCTACAACTGGTAACCAGAGAATTAATACTGACAGTGGATTAACATATAATCCTTCTACGGGTAGACTAACAACAACACTTGTTGATGGTAACCTTGAAGGTAATGCTGATAGTGCTGATAATGTACAAGTAGATCATGATACTGGAAACGCTTGGCATCGTCCTTGTTTTGTCGATGATGGCTCGTCTAGTGGTTCTAATTTACGCATCAAAACTGACAGTGGTAGTACTATTGGTATAAATCCGAACACTAACATAATTCGTGCAACTACATTTGATGGTAATCTTGAAGGCACTGCCGATAATGCAACAAATATTAACTGTGTAGAGGATACATCTTCTACTAGTGCTCATAATGTTGTTTTTGTTGGATCCGAAACAGGTAACCAAAGACCTAATACTGATAGAAACTTTACCTATATTCCTAGTAGTGGTAGGTTATTTGTAGAAGGACGAATTGGATCAACTTCTGATGAAAGTGTCAAAGAAAACATCGAGACAATTTCTGATGCTTTAGAAAAAGTTTCTAAACTTCGTGGAGTTGAATATAATCGTACTGATATAGAAGACACATCTCGTGAAATCGGTGTGATTGCTCAAGAGGTGGAAAAAGTGGTTCCTGAAGTTGTTGCAGACAATCCTAATGGTTTGAAGTCAGTTTCTTATGGTAACATTGTCGGTCTTTTGATCGAGGCTATTAAAGATCAACAAACTCAGATTCAGGAACTGAAGGCTAAGGTTGACGACCTATCTAAATAG

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
1efa10a581fd08aa818feee41af4065a0c9d1e957731cd0e58d6b60824f27831
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,7580
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Complete genome sequence of the cyanophage S-PRM1 isolated from Singapore coastal waters Chenard,C., Kolundzija,S. and Lauro,F.M. 2017-12 — GenBank