Protein

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Genbank accession
YP_009210004.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein proximal subunit
RBP type
TF
Evidence UniProt/TrEMBL
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,64
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,95
Protein sequence
MADILKPAFRATSGLDAAGEKVINVAKADYSVLSDGVNVDFFIEENTIQQYDATRGYKKDFAVIYDNRIWVSQREIAEPAGSFVQQYWTATRTDPKWETVASPTRQLNSGEFIAVDSAASFTTFTLPPNPTDGDTIVIKDIGGNTGYNEIKVQSSNVPGQGNQKIVRFGNQYSEVLITKPFSYNMLIFSNRLWQFWEAGNEERGIRIEPSSGKYRAQAADFIMRRYTTAEKITFVLPKYANQGDIVKSVDIDGLGPLYHLDVETFDESSSLGKQGQHSMEFRTTGDGFFVYNATEKLWVTWDGDNKTRLRVIRDSVKLLPNESIIVFGNDNSTPQTINIDLPTGVRSGDVVKIALNYLRKAQTVNIKATALDKIASSVQLLQFPKRSEYPPDTEWVLVDSLTFNGNISYTPVIELSYLEDTVRNINYWVVAQNVPTVERVDSKDDLTRARLGVIALANQAQANVDHENNPEKELAITPQTLANRVATESRRGIARIANTAQVNQDTTFAFQDDIIVSPKKLNERTATETRRGLAEIATQQETDAGIDDTTIITPRKLQARQGSESLSGIVKYVPTVGTTPAASRITVGTNIYNKNTTTLVISPKALDQYKADQNNQGAVYLATQSEVNAGATNTGFSNSAVTPETLGARRATDSNHGLIEIATQVETNAGTDYTRAVTPKTLNDRKATESLSGIAEIATQSEFDTGTDDTRIATPLKIKTRLNNTARTSVIAASGLVETGTLWDHYTLNILEANETQRGTARLATQLEVNTGTDDKTIVTPLKLMSKKATEGTEGIVRIATRAETIAGTSSVLAVSPVSLKWIAQSEPTWAATTTTRGFVKMSEGAITFVGNATAGSTQALDLYEKNSYAISPYELNKTLGNFLPRLAKAADSDKLDNLDSTQFIRRDIDQIVEGTLTLRKNIRVDGQLATGGTGEFGGSLAANSTFTIRNTGASTRLIFEKGPQTGNNPFQTMNIRVWGNQFAGGSDTSRSTIFEVGDETSNHFYSQRNKDGNIAFSINGTVMSINVNASGLLNVNGVATFGRSVTANGEFISKSANAFRAINGDYGFFIRNDAATTYFMLTNSGDQTGGFNGLRPLAINNASGLVTIGESLIIAKGATINAGGLTVNSRIRSQGTKPADLYSRKPNADNTGFWSVEVNDSATYNQFPGYFKMVEKTNEVTGLPYLERGEEVKSPGTLTQFGNTLNSLYQDWITYPNTTTASTTRWTRTWQQNKNAWSGFVQVFDGGNPPQPSDIGALPADNASMSNLTIRDWLRIGNVRIVPDPVTKSVKFEWIDTP
Physico‐chemical
properties
protein length:1299 AA
molecular weight: 141899,35420 Da
isoelectric point:5,51932
aromaticity:0,08237
hydropathy:-0,38699

Domains

Domains [InterPro]
DC_1986
ATT
12–126
DC_1986 DC_1209 IPR048391
IPR048390
ATT
987–1100
IPR048390
DC_1209
STR
1006–1279
DC_1209
YP_009210004.1
1 1299
Architecture
ATT
STR
ATT
STR
ATT
STR
ATT 12-126 | STR 349-986 | ATT 987-1100 | STR 1101-1146 | ATT 1147-1245 | STR 1246-1279 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Escherichia phage vB_EcoM_VR25
[NCBI] 		1567028 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Tevenvirinae > Gaprivervirus
Host Escherichia coli
[NCBI] 		562 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_009210004.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_028925 [NCBI]
CDS location
range 151116 -> 155015
strand +
CDS
ATGGCCGATATTTTAAAACCAGCATTCAGAGCAACATCCGGTCTCGATGCTGCTGGTGAGAAAGTCATTAATGTCGCGAAAGCTGATTACTCAGTTTTGTCAGACGGCGTGAACGTAGACTTCTTTATAGAAGAAAACACAATTCAACAATATGATGCAACACGCGGATATAAGAAAGATTTTGCAGTTATCTATGATAACCGTATTTGGGTTTCCCAACGCGAAATCGCAGAACCAGCTGGCTCATTTGTTCAGCAATATTGGACTGCAACCCGTACTGACCCGAAATGGGAAACTGTTGCATCACCGACTCGTCAGCTTAATTCCGGGGAATTTATCGCGGTCGACTCAGCTGCAAGCTTTACCACATTTACATTGCCTCCGAACCCGACTGATGGTGATACCATCGTTATTAAAGATATCGGCGGCAATACCGGTTATAATGAAATCAAAGTTCAATCGAGCAATGTGCCTGGTCAAGGTAACCAAAAAATTGTTCGTTTTGGTAATCAGTATTCAGAAGTTTTAATTACCAAACCGTTCTCTTATAACATGCTTATTTTCTCCAACCGTTTATGGCAGTTCTGGGAAGCAGGTAACGAAGAACGTGGAATAAGAATTGAACCAAGCTCTGGTAAATATCGTGCTCAGGCTGCAGACTTTATTATGCGCCGTTACACGACTGCAGAAAAAATTACATTTGTTCTTCCTAAGTATGCTAACCAAGGTGATATTGTCAAATCAGTAGACATAGATGGATTAGGGCCATTATATCACCTGGATGTTGAAACGTTTGACGAGTCAAGCTCTCTGGGTAAACAGGGTCAGCACAGTATGGAATTCCGTACAACTGGTGATGGCTTCTTCGTTTATAATGCCACTGAAAAACTGTGGGTGACTTGGGATGGTGATAACAAAACTCGCCTGCGTGTAATCCGTGACAGTGTGAAATTGCTGCCAAACGAAAGCATTATCGTATTTGGTAATGATAACAGCACTCCACAGACAATTAACATCGACCTTCCAACGGGTGTTCGTTCTGGGGACGTAGTTAAGATTGCTCTGAACTATCTTCGCAAGGCACAGACTGTTAATATTAAGGCCACCGCGCTTGATAAAATCGCGTCTTCTGTTCAGCTGCTTCAGTTCCCGAAACGTTCGGAATATCCACCTGACACTGAATGGGTATTGGTTGACTCTTTGACTTTCAACGGTAACATAAGTTATACTCCGGTTATCGAATTAAGTTATCTTGAAGATACAGTTAGGAACATTAACTATTGGGTTGTTGCGCAAAACGTTCCGACTGTCGAGCGTGTTGACTCTAAAGACGATTTGACCCGTGCTCGTCTGGGTGTTATTGCACTGGCTAACCAGGCACAAGCAAACGTTGACCATGAAAATAACCCTGAAAAAGAATTAGCAATTACCCCGCAAACTTTAGCTAACCGTGTGGCTACTGAATCACGCCGCGGTATTGCACGAATCGCTAACACAGCACAGGTTAACCAGGATACGACTTTTGCTTTCCAGGATGATATTATCGTTTCTCCGAAAAAGTTAAACGAACGTACAGCTACAGAAACAAGACGTGGACTCGCAGAAATCGCCACACAGCAAGAAACTGATGCAGGTATAGATGATACCACAATCATCACTCCACGCAAGCTACAAGCTCGTCAGGGCTCTGAAAGCTTATCTGGTATTGTCAAGTATGTGCCGACTGTTGGAACTACTCCAGCCGCAAGTCGTATTACCGTTGGGACCAACATTTATAATAAGAACACAACTACTTTAGTTATTTCTCCTAAAGCTTTAGACCAATATAAAGCTGACCAGAATAACCAAGGTGCTGTATATCTAGCAACTCAGTCAGAAGTTAACGCAGGGGCAACAAATACAGGATTCAGTAACTCGGCCGTGACTCCTGAAACATTAGGTGCCCGCAGAGCAACAGATTCAAACCACGGTTTAATCGAGATTGCAACTCAGGTTGAAACTAATGCCGGTACTGATTATACCAGAGCTGTTACTCCTAAAACGTTGAATGACCGTAAAGCAACAGAATCATTATCCGGCATAGCCGAGATTGCTACGCAATCAGAATTTGATACTGGCACTGATGATACTCGTATTGCAACGCCATTAAAAATTAAAACTAGACTTAATAATACTGCTCGTACTTCTGTTATTGCTGCAAGTGGTTTAGTAGAAACAGGGACGCTCTGGGACCATTATACGCTGAATATTCTTGAAGCAAATGAGACTCAACGTGGCACCGCAAGACTGGCTACTCAGCTTGAAGTTAATACTGGTACTGACGATAAAACAATCGTTACTCCGCTTAAGTTGATGTCGAAAAAAGCTACAGAAGGCACCGAAGGTATTGTTCGCATCGCAACTCGTGCCGAAACCATCGCAGGAACAAGTTCTGTTCTGGCTGTTTCTCCTGTTAGTCTGAAATGGATTGCACAGTCCGAACCAACATGGGCGGCAACCACGACGACCCGCGGCTTTGTTAAGATGTCTGAAGGCGCAATTACTTTTGTCGGTAATGCAACCGCAGGTTCTACTCAGGCCCTTGACCTGTACGAGAAAAATAGCTATGCTATCTCTCCGTATGAGTTAAACAAAACCCTTGGTAACTTCCTGCCACGTCTGGCTAAAGCAGCGGACTCGGATAAACTGGACAACCTGGATAGCACGCAGTTTATTCGTCGTGATATCGACCAAATCGTTGAAGGTACATTAACCCTTAGAAAGAACATAAGAGTTGATGGTCAACTGGCAACCGGCGGTACTGGTGAATTTGGTGGCTCATTAGCTGCTAACTCAACATTTACTATCCGTAACACAGGTGCTTCAACTCGTTTGATATTTGAAAAAGGACCACAAACTGGAAATAACCCGTTTCAAACCATGAATATCCGAGTATGGGGTAACCAATTCGCTGGTGGTTCTGATACAAGTCGTTCTACGATATTTGAAGTTGGCGATGAAACATCCAACCACTTTTATTCGCAACGTAATAAAGACGGTAATATAGCGTTTAGCATTAATGGTACTGTAATGTCAATAAATGTTAATGCTTCCGGTTTGTTGAATGTGAATGGCGTTGCAACATTCGGTCGTTCAGTTACTGCTAACGGTGAATTCATTAGCAAGTCTGCAAATGCTTTTAGAGCAATTAATGGTGATTACGGATTCTTTATTCGCAATGATGCTGCTACCACCTATTTTATGTTAACTAATTCAGGTGACCAGACTGGTGGATTTAATGGATTACGGCCTTTAGCTATTAATAATGCCTCCGGTTTAGTAACTATTGGCGAAAGTTTGATTATTGCTAAAGGTGCAACGATTAATGCTGGCGGTTTAACAGTTAACTCGAGAATTCGTTCACAAGGTACTAAACCCGCTGACCTTTATTCGAGAAAACCTAATGCAGATAATACAGGCTTCTGGTCTGTTGAAGTTAATGACTCTGCTACATATAATCAGTTCCCGGGTTATTTCAAAATGGTTGAAAAGACCAACGAAGTAACTGGTCTGCCTTATTTGGAGCGTGGTGAAGAAGTTAAATCACCGGGTACATTAACTCAGTTTGGTAACACACTGAATTCACTCTATCAAGACTGGATTACTTATCCGAATACGACCACAGCAAGCACCACTCGCTGGACTCGTACATGGCAGCAGAACAAAAACGCATGGTCTGGTTTTGTTCAGGTATTTGATGGCGGTAACCCACCACAGCCTTCAGATATCGGTGCATTGCCTGCTGATAACGCTTCGATGAGCAACCTGACTATCAGAGATTGGTTAAGAATCGGTAACGTACGTATTGTTCCGGACCCAGTAACTAAATCCGTTAAATTCGAATGGATTGATACACCATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
43633873f7e2e2062752567022fdd07ff2ae8bf2a51b8f5ffae72b14edff4b1e
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5491
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
VR bacteriophages - a small but diverse group of low-temperature viruses Kaliniene,L., Meskys,R., Simoliunas,E., Zajanckauskaite,A. and Truncaite,L. 2015-03-10 — GenBank