Protein

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Genbank accession
YAW78894.1 [GenBank]
Protein name
alginic acid biosynthetic process protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,96
Protein sequence
MSSKFNSIDVYNKAKSGESHSGSYLVDTPYGTRNLDQRYANTGYATGIDSITIFDGGSNYSVGDIVTIDGGTTPAYIKITKVNSGIVEGYDFHEDANTHGMTEGLNRGSGYNPSVAPVDTTAVTGNGIGLQVLINSLNESVDIAPNAENIYLGRNDQYVSGDYVTTADNLTGVIPDSVHGNKTSPDLHAVATPTSAGFMSAQDKENLDSMTTDDPAVRESRILKAGDGLQFSEGNFPDPLNPKEADLSADVKIDIISGRGLVSEASNVKIDDAIVMSVDMTSELKDGINIIFNSESGSSSGTGTISGIPDIEVSDPDGSQVANKNYVDLLRNYLNGEGLTLGLSSLNLDLTSATPLVIDTNQQLDFQINNVPDGTEVAFNNTILIDQDGTLGKVTRDNFFRGITGDGLNDLSGSDVKLSIKINPNKGLSVDSDGLKIDYNNLGTGTYNTSHKIMMYDGDQDEIYSVNAGEIIALTGAPGYGLVGGRTVGTNTYIDVRPEPQGGLAINDQSAIGGVLMHSDNMITINALDGESYITVFESSQPDRPKKITKNDFLGSLSSVLKLRGTWTPEATNPPSVGPVVGDNENDELFSGMPPMTSQGDRTPDGYLYICSATGDVDLAGTGTPQSYFSGDQIIWITIYDETADLWNDTSNYVIGDKRNVGDITYTCIQDHDSSVIDTKPGEGVDWHSYWKINGQWNVIAASGTGIQEFVAANGTKRYGPSLVATAGDYTDAMITNTSPVSGATVFDALSNVVSLIGDQEVDGIKHFLRHIETPSTATQNDHVLNLKTGNNLYIAKNGGTAFGRLVLRDGANMFETNGANGIPLRLYRNSGTNSVGMGFVISGGGPTRYFGMDNNGDLKFHTTTSLDAGETILHTGNSNNINSEWNSSKLTTRAIELNDSDTNTYNKLDISYIEPISGFNGTLQLKPLTVPGSGTSEFITVFANNTSTGSTKHNVSIQGKLYTEDIVDLKSRMVIRSSATDLGGNPQIFHDGRGTVNDVLTMRAMRESASSTVAWEKYRNGEIQYSTGSTPGGTNTIVINPASGAIAANRLYPSSIANSGYFFSDVAGRTAFTGGDFYIQESTPITRIFSPDIRLGAPTGGNISISAGTAIRGSGYTLETSKLTMSSTTGQTRRSELNHANLNYSDTSASNASGIQYVSRSDGSVICGFGSHWNGTDDTITTAFGVGEGNAWYNGGLFKVTKEGDIYTGRNTITKRVRLLEPRIETDQPYVGFFTTTGLAKSGCMGSLTVSNDYSNTSDTPAYGIYSAGNIRTSQHVYTTNSGVLQGSWNHNNQGFIDIQNTSTTWAYNVWSLNGGAGARMQVLGGSNASTASARLILNNEKNYNFTTNYLTTPGYISMNAGHLYIPDGAVNGNYGSLSINGHKGGYAGIHFDSASRTFMVGTSVQGIHTGSSWQWYFNNGVLTEGYVPYSRVTGAPTTMTPTAHTHSGHDVKVLGNYLVVNSNGIVAASNDSQRQAGMYGIYDSSKIGHIWSMGGAYKITANGSNFGNIYGFAYKFVSNTTGGTMADGHQAVWCQNGTPYCALGNNIWTSGNITAYSDIRVKTDIKIIDNPIERVKQLNGYTFNRTDIEDIPRQTGVIAQEVLNVLPEAVTGGPTENDPDNHYSVAYGNMVGLLIEVDKAQQETIEELQNENKELKDKLEEQEKRLSKLEELISKLM
Physico‐chemical
properties
protein length:1679 AA
molecular weight: 179638,66080 Da
isoelectric point:4,76432
aromaticity:0,08100
hydropathy:-0,36647

Domains

Domains [InterPro]
DC_2181
ATT
531–1005
DC_2181 DC_1985
IPR030392
CHP
1559–1613
IPR030392 Coil
IPR030392
CHP
1559–1654
IPR030392
YAW78894.1
1 1679
Architecture
ATT
RBD
ATT 531-1005 | RBD 1428-1679
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Shewanella phage SA-M
[NCBI] 		3417976 Viruses > unclassified bacterial viruses >
Host Shewanella algae
[NCBI] 		38313 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Alteromonadales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YAW78894.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
PQ510825 [NCBI]
CDS location
range 199297 -> 204336
strand +
CDS
ATGTCATCTAAGTTTAATAGTATTGACGTTTATAATAAGGCCAAAAGTGGTGAAAGCCATTCAGGATCTTATCTGGTTGATACCCCGTATGGAACAAGAAATCTTGACCAGAGATACGCTAATACAGGGTATGCTACTGGTATTGATTCAATAACGATATTCGATGGTGGTTCAAACTACTCAGTTGGGGATATCGTTACCATAGACGGTGGTACAACACCAGCATATATAAAAATTACCAAAGTAAATTCTGGTATAGTAGAAGGTTATGATTTCCACGAGGACGCAAATACCCATGGAATGACAGAAGGATTAAATCGTGGATCTGGTTACAATCCTAGTGTTGCGCCAGTTGATACAACTGCCGTCACTGGTAATGGTATAGGGTTACAGGTATTAATTAACTCTCTGAATGAGAGTGTCGATATAGCACCTAATGCTGAAAATATATATCTAGGAAGAAATGACCAGTATGTGAGTGGTGATTATGTAACCACTGCTGATAACCTTACTGGTGTTATCCCCGACTCAGTGCATGGAAATAAAACATCACCAGATCTTCACGCTGTTGCTACTCCAACTAGTGCTGGATTTATGTCGGCACAAGATAAGGAAAATCTGGATAGTATGACCACAGACGATCCTGCTGTCAGAGAATCCAGAATATTAAAAGCAGGTGATGGTCTTCAATTTTCAGAGGGTAATTTTCCTGATCCATTAAATCCAAAAGAAGCTGACTTATCAGCAGATGTTAAAATTGACATAATATCTGGTCGTGGTTTGGTTTCAGAGGCATCTAATGTAAAGATAGATGACGCTATCGTTATGTCCGTTGATATGACTTCGGAACTAAAAGACGGTATTAATATCATCTTCAATAGCGAATCGGGTAGTTCTTCAGGTACAGGTACAATATCAGGTATCCCAGATATAGAAGTATCTGACCCAGATGGTTCTCAGGTAGCAAACAAGAATTATGTTGATTTGCTTAGAAATTACCTTAACGGTGAAGGTCTTACTTTAGGATTATCTTCTCTTAACTTGGATCTGACTTCAGCTACCCCTTTGGTAATTGATACAAACCAACAACTTGATTTCCAAATCAATAACGTTCCAGATGGAACAGAAGTAGCGTTTAATAATACCATATTAATAGATCAAGACGGCACATTAGGTAAAGTAACCAGAGACAATTTCTTCAGGGGTATAACTGGTGACGGTCTTAATGACTTGTCTGGTTCTGATGTTAAGCTTTCTATAAAGATAAACCCAAACAAAGGTTTGTCTGTGGATTCTGACGGCCTGAAAATAGACTATAACAATCTAGGGACAGGAACTTATAATACATCACATAAGATAATGATGTATGATGGGGATCAAGATGAAATATATTCAGTGAATGCTGGTGAAATTATCGCTTTAACTGGTGCTCCTGGGTATGGTCTGGTTGGTGGCAGAACAGTTGGCACTAATACATATATAGATGTTAGACCAGAACCACAAGGCGGTTTAGCGATTAATGACCAATCAGCTATTGGTGGTGTATTGATGCACAGCGATAACATGATCACCATTAATGCCCTAGATGGTGAAAGTTATATAACTGTATTTGAAAGCTCACAACCAGATAGGCCAAAGAAAATAACCAAAAATGATTTCTTGGGATCGCTTTCTTCTGTTCTAAAATTAAGAGGTACATGGACACCAGAAGCTACAAATCCACCTTCTGTTGGACCAGTAGTTGGTGATAATGAGAACGACGAATTGTTTTCTGGTATGCCTCCTATGACATCTCAGGGTGATAGAACCCCAGATGGATATCTTTACATATGTTCTGCTACTGGTGATGTTGACCTTGCTGGTACTGGAACACCACAATCATATTTTTCTGGTGATCAGATAATATGGATTACTATATACGATGAAACAGCAGATCTTTGGAATGATACCTCAAACTACGTTATTGGTGATAAAAGAAATGTGGGTGATATAACCTATACTTGTATACAAGATCATGATTCTAGTGTTATTGATACCAAACCTGGTGAAGGAGTTGATTGGCATTCATATTGGAAAATAAACGGTCAATGGAATGTTATTGCTGCTTCTGGTACTGGGATCCAAGAATTCGTTGCCGCTAATGGCACAAAAAGATATGGACCATCATTAGTAGCAACAGCAGGTGACTATACTGATGCCATGATAACAAATACTAGTCCTGTATCTGGTGCTACTGTTTTTGATGCTCTTAGTAATGTTGTTTCTTTGATTGGTGATCAGGAAGTTGACGGAATTAAACACTTTTTACGCCATATAGAAACACCGTCTACTGCTACCCAAAATGATCATGTTCTTAACCTTAAAACAGGAAACAATTTGTATATTGCCAAAAACGGAGGTACTGCTTTTGGGAGATTAGTCCTAAGAGATGGTGCCAATATGTTTGAAACAAATGGTGCTAATGGAATTCCTCTGAGACTTTATAGAAACTCTGGAACAAATAGTGTTGGTATGGGATTTGTTATTTCAGGTGGTGGTCCAACTAGATATTTTGGTATGGATAATAATGGTGATTTAAAATTCCATACAACCACAAGTCTAGATGCTGGTGAAACAATTCTACATACTGGAAATTCAAATAATATAAACAGCGAATGGAACTCTTCTAAATTAACAACAAGAGCTATTGAATTAAATGATAGCGATACAAATACCTATAATAAACTTGATATATCATATATTGAACCTATATCTGGGTTTAACGGAACATTACAATTAAAACCTCTGACCGTTCCAGGCTCTGGAACTTCAGAGTTCATAACGGTGTTTGCTAATAATACCTCTACTGGTTCAACAAAACATAATGTTTCTATTCAGGGAAAATTATACACCGAAGATATAGTTGATCTCAAATCAAGAATGGTTATAAGATCAAGTGCAACTGATCTGGGTGGAAACCCACAGATATTCCATGATGGTAGAGGAACGGTAAATGATGTTTTAACCATGAGGGCAATGCGTGAATCAGCAAGCTCCACTGTTGCGTGGGAAAAATATCGTAATGGTGAAATCCAGTATAGTACAGGTTCAACACCTGGTGGTACTAATACTATAGTTATTAATCCAGCTTCTGGAGCAATAGCTGCAAATAGGTTATATCCTAGCTCTATTGCTAATAGTGGATATTTCTTCTCAGATGTTGCTGGTAGAACCGCATTTACTGGGGGAGATTTCTATATACAAGAGTCTACTCCAATTACTAGAATTTTCTCACCTGATATCAGATTAGGAGCACCTACTGGTGGTAATATTAGTATTTCTGCTGGCACAGCTATTCGTGGTTCTGGATATACTCTAGAAACCAGTAAATTAACAATGTCTAGTACAACTGGGCAAACCAGAAGATCAGAACTTAATCATGCCAATTTGAATTATTCGGATACGTCTGCTTCTAACGCTTCTGGTATTCAATATGTATCTAGGAGTGATGGTTCGGTTATTTGTGGTTTTGGTTCTCATTGGAATGGAACAGATGACACTATAACAACTGCTTTTGGTGTAGGTGAAGGAAATGCTTGGTATAATGGTGGTTTATTTAAAGTAACAAAAGAAGGTGATATTTACACAGGAAGGAACACAATCACAAAACGTGTTAGGTTATTGGAGCCACGGATAGAAACAGATCAACCTTATGTGGGATTCTTCACCACAACAGGATTAGCAAAATCTGGTTGTATGGGTTCCCTAACAGTATCGAATGATTATTCCAACACATCTGATACTCCAGCTTATGGGATATATTCAGCAGGAAATATCAGAACATCACAACACGTATATACAACTAACTCAGGTGTATTACAGGGTTCATGGAATCATAATAATCAGGGATTTATTGATATCCAAAATACCTCAACAACATGGGCATACAACGTGTGGTCATTAAATGGCGGCGCGGGTGCCAGAATGCAGGTATTGGGTGGTTCCAATGCGTCTACTGCGTCAGCTAGATTGATACTCAATAATGAAAAAAATTATAATTTCACCACAAATTATTTGACAACCCCAGGTTATATTTCAATGAATGCTGGACACTTGTATATCCCAGATGGTGCGGTAAATGGTAATTATGGGTCGCTATCAATAAATGGACACAAAGGAGGTTATGCTGGTATACATTTTGATTCCGCCTCCAGAACATTTATGGTTGGAACTAGTGTTCAGGGGATTCATACTGGTTCATCATGGCAATGGTATTTCAATAATGGTGTGCTAACAGAGGGATATGTACCATACTCTAGGGTAACTGGTGCCCCAACAACTATGACGCCAACAGCACATACTCATTCTGGTCATGATGTTAAGGTATTGGGTAATTATCTTGTGGTTAATTCAAATGGAATCGTAGCCGCAAGTAATGACAGTCAGAGGCAAGCTGGTATGTATGGTATATATGATTCTTCTAAAATAGGCCATATATGGAGTATGGGAGGTGCTTATAAAATAACAGCAAACGGTAGTAATTTCGGTAATATATATGGATTCGCATACAAATTCGTAAGTAATACTACTGGTGGCACAATGGCTGACGGGCACCAAGCAGTTTGGTGTCAAAACGGTACTCCATATTGTGCGCTAGGTAATAATATATGGACCTCGGGTAACATTACTGCCTACTCTGATATAAGGGTAAAAACTGATATAAAAATCATTGACAACCCTATTGAAAGAGTAAAACAGCTTAATGGTTACACATTCAATAGAACAGACATAGAAGATATCCCACGTCAAACTGGTGTCATCGCACAAGAAGTTCTAAATGTTCTACCAGAAGCCGTAACTGGTGGTCCAACTGAAAATGACCCAGATAACCATTATTCTGTAGCATACGGTAATATGGTTGGTTTGTTGATTGAGGTTGACAAAGCCCAGCAAGAAACTATAGAAGAACTACAAAATGAAAACAAGGAACTAAAAGATAAACTCGAAGAACAAGAAAAGAGGTTATCTAAATTAGAAGAACTTATCAGTAAATTAATGTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
a80361b45d9baba3eef59f411b190414b93f9936075b1ed23e945da3065925ad
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,3961
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50