Protein

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Genbank accession
AMO43342.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,93
Protein sequence
MPAVNVAKSDTFEIQRQKINTIGSQIFSISAGGSDLSTGILKLGDGTKDAPSLAFTNDASLGFFKSNLGELAFVSTSKKVFGFDSSSQVAFQDFIVRKKSLETTGISISNTGAGYDEGTYTGVTFIGGTGSNGVVTIVVTGFVGTVTTEGDNYNPGAYNGVILEGGTGSGATFSFNVNATLGSITDGGSSLSPGIYANVPLTNVSSSGSGAEATVTVTGTTDLTIGITTSGSGLSDETYTDIPLLNTPDQTFVVTSIANPGTPPPDNVFSIDGTQQATLSVVEGRTYWFNTSDSSVETHPLGFRDSDENELPSTYFSVTQYGAAGNAGSFTQLVIKPGATNVVTGLTYYCASHAGMGGTINLTSVGGATNYGTDGLATVVVATNAVSTVTVTTGGSGYQQGDSLTFAGIQLGGDGAVLSGGVALTVSAATYNGVVTDVTVTDNGTGYEDGDVLTASTASIGGTGSSFQYTLSQDSGAISGVAISAYGSGYTSGDVLTLPGSLTASTTVALVDDEPVITVSNLASSGIQVGYTITGATGIPNGAVIQGVDTDTNTIAIDVDTTGTGTSNATYTPPWGAQTGATEFQYTIGNIGPVNSVTITDGGAGYDVSDVLTVSPSELSASINYAVTVGLVQTLTFSGTVADSAISVGDNLKVPDGAVTSVTPAGNAGTPDGSYTAIAATGGSGSGATFDVTRDGLGAIDSVTASDGGGGLGYTSGNTLTLAGALVGGADITLTVDEVTVSTLLPVYKVASTGGNIDSVTILAGGLAAAAVLQKDGTNNTYTVATATADSNGFFLNGDFTPEFTIYEGNAYVFDYTSIVEEYDFALSESPDGSNTTVTGITSVATLGSTTLTVSSTAGIIPGMGVSVTAGDGAFPIGTIVESINGSDITVSANPSLGGAVTLTFTGSSFLEGVTTVNGILTLNVNANTPDLYYFSPLNPGFGGNALLTFDANNPRVFGDGAEFTVTSVLTQDLIKGEVASGNLLAESATITTNLNAVNLAASESVTALTATLTTLNATNIQGSIISLSSSQTNINSIFNFGNGQLTIESATGDFTTAGELKTSGQLNVNDSLLVNSNVISAAAGLDIEFAPPVNQVAKVDASTAFGIASGSESDKPVTSYNGYIRFNTDSNQYEGYSESNSSWSSLGGVRDLDGNTTILAEETVGADDNTLWFIQDGTNTLKFTPNYVEFIGVKKLKSLNINAPAFEEWRANTSVDVGDYLKYGNDVYEVTGAGTTATSGNEPNDTSGNPFTNGSATLVYNTTAVAPITIEETSEFRIAPQGGTDFVVNGELRFSGNKFSSDVSDIEIAPNSGQKVFINATTSLVIPVGDNNSKGNPAQGAIRYNTDDTTFEGYDGVQWGSLGGVKDIDGDTLIKPESVPNADEDTLFFVNANSESMRLTTNELQFDSVSTITSTTSNSLNITAGTLFLGNNTDTTLDNTSSTSTFLHTSKEFFDIGLSVGLNVDPLLRLNDNGDILYNLGFGTASFSGVTLLDTDLRSFELAHTRQFTTKYSLTKGTINQGAAILYNPTTDEAAKVTITAHDINSTHKEILEFTVIDRGSDIFYTEIGNIKTGQEIISAEFDFNASGEVRVTTTLDSALINTNLINVTVVSQIIKK
Physico‐chemical
properties
protein length:1618 AA
molecular weight: 165520,93780 Da
isoelectric point:4,05003
aromaticity:0,07726
hydropathy:0,02756

Domains

Domains [InterPro]

No domain annotations available.

Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Cyanophage S-RIM44
[NCBI] 		1278485 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Vellamovirus > Vellamovirus rhodeisland44
Host Synechococcus
[NCBI] 		1129 cellular organisms > Bacteria > Bacillati > Cyanobacteriota/Melainabacteria group > Cyanobacteriota > Cyanophyceae
Host Synechococcus sp.
[NCBI] 		1131 cellular organisms > Bacteria > Bacillati > Cyanobacteriota/Melainabacteria group > Cyanobacteriota > Cyanophyceae

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AMO43342.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
KU594607 [NCBI]
CDS location
range 88805 -> 93661
strand +
CDS
ATGCCAGCAGTTAACGTCGCTAAATCGGACACCTTTGAAATTCAAAGGCAAAAAATCAATACTATTGGATCGCAGATCTTTTCTATCTCCGCTGGTGGAAGTGACCTATCGACTGGTATTCTAAAGTTAGGTGATGGAACTAAAGATGCTCCGTCACTAGCATTTACTAATGATGCTTCTCTTGGTTTCTTCAAGTCGAATCTTGGAGAATTGGCATTTGTTTCCACTAGCAAAAAAGTTTTTGGATTTGACTCATCTAGTCAAGTTGCATTTCAAGATTTTATTGTCAGAAAGAAAAGTCTAGAAACTACTGGTATTTCGATCTCAAATACTGGTGCTGGGTATGATGAAGGAACTTATACAGGTGTAACTTTTATTGGTGGCACAGGTTCTAATGGAGTTGTCACTATTGTTGTAACTGGATTTGTAGGAACTGTTACTACAGAAGGTGATAATTATAATCCAGGAGCATATAATGGAGTCATTCTTGAAGGAGGAACAGGATCAGGAGCAACTTTCTCTTTTAATGTTAATGCTACCCTTGGTTCTATTACAGATGGAGGATCATCTTTATCACCAGGAATTTATGCAAATGTTCCTCTAACAAATGTTTCTAGTAGCGGATCTGGCGCAGAAGCAACCGTTACTGTTACTGGAACTACTGATTTAACAATTGGTATTACTACATCAGGATCTGGTTTAAGTGATGAAACTTACACAGATATTCCTCTACTCAATACTCCAGATCAGACATTTGTTGTAACATCTATTGCTAATCCTGGAACCCCTCCTCCAGACAACGTATTTTCAATTGACGGAACTCAGCAAGCAACACTTTCTGTTGTAGAAGGAAGAACATATTGGTTTAATACTAGTGATTCTAGTGTAGAGACTCATCCTCTTGGTTTTAGAGATAGCGATGAAAATGAGTTGCCATCTACTTACTTTTCTGTAACTCAGTATGGTGCTGCTGGTAATGCAGGATCTTTCACTCAATTGGTAATTAAACCAGGCGCAACAAATGTAGTTACAGGACTGACATACTATTGCGCTTCCCATGCAGGTATGGGCGGAACTATTAACTTGACTTCAGTTGGAGGTGCAACTAACTATGGAACTGATGGATTGGCAACTGTTGTAGTTGCTACGAATGCAGTTTCTACTGTCACTGTAACTACTGGTGGATCTGGATATCAGCAAGGAGATTCTTTGACCTTTGCTGGTATTCAACTTGGTGGTGACGGTGCTGTTCTATCTGGTGGTGTTGCTCTAACAGTTAGTGCTGCTACTTACAATGGTGTGGTAACTGATGTCACTGTTACTGACAATGGAACTGGATATGAGGATGGTGATGTTCTTACTGCCAGCACTGCATCCATTGGAGGAACAGGATCTAGTTTCCAATACACACTGTCTCAGGACTCAGGAGCAATTTCTGGTGTAGCTATAAGTGCATATGGTTCTGGATATACATCTGGAGATGTTTTGACACTTCCAGGTTCACTTACTGCAAGCACCACGGTTGCACTAGTAGATGATGAACCTGTAATTACTGTTTCAAACTTAGCATCTAGTGGAATTCAAGTTGGTTATACAATCACAGGTGCAACAGGAATTCCAAACGGAGCAGTTATTCAGGGAGTGGATACCGATACCAATACTATCGCAATTGATGTTGATACTACTGGAACTGGAACTAGTAACGCAACATATACTCCACCTTGGGGAGCACAAACTGGTGCAACTGAATTCCAATACACTATTGGAAATATCGGTCCAGTAAATTCAGTAACTATTACTGATGGTGGTGCGGGTTATGACGTTTCAGATGTTCTGACTGTTTCTCCATCTGAACTATCTGCAAGTATTAATTACGCAGTTACTGTTGGTCTTGTTCAAACACTAACATTTAGCGGAACCGTCGCTGATAGCGCAATTAGTGTAGGAGATAATCTAAAGGTTCCTGATGGTGCTGTCACTTCAGTTACTCCAGCTGGTAATGCAGGAACTCCTGATGGTTCATACACAGCTATTGCTGCTACTGGTGGATCTGGTAGTGGAGCAACATTTGATGTCACTAGAGATGGTCTTGGCGCTATCGATAGCGTAACTGCATCAGATGGTGGCGGTGGACTAGGATATACATCTGGTAATACCTTAACCCTTGCTGGTGCTTTGGTTGGTGGTGCTGATATTACTCTAACTGTTGATGAAGTAACTGTATCAACTCTGCTTCCTGTATATAAAGTAGCGTCAACTGGTGGAAATATTGACAGTGTTACTATTCTTGCTGGTGGTCTTGCTGCAGCTGCTGTTCTTCAAAAAGATGGAACCAACAATACATATACAGTTGCTACCGCTACTGCAGACTCGAATGGATTCTTTTTGAATGGAGACTTTACACCAGAGTTTACTATTTACGAAGGTAACGCATATGTCTTTGACTATACTTCTATTGTAGAAGAATATGACTTTGCTCTATCCGAATCTCCAGATGGATCTAATACTACAGTTACTGGTATTACTTCAGTTGCAACACTAGGAAGCACTACTCTTACAGTATCCAGCACAGCAGGTATTATTCCAGGAATGGGAGTTTCGGTTACTGCTGGTGATGGAGCATTCCCGATTGGAACAATAGTTGAGTCTATCAATGGAAGTGATATTACTGTATCTGCTAATCCATCACTAGGTGGTGCTGTAACACTAACATTCACTGGATCATCATTCCTAGAGGGCGTCACGACAGTCAATGGTATTTTGACTCTTAATGTAAATGCAAATACTCCAGATCTATATTACTTCTCACCACTCAACCCTGGATTTGGTGGCAATGCTCTTCTGACGTTTGACGCAAACAATCCAAGAGTATTCGGTGATGGAGCAGAATTTACAGTAACTAGTGTTCTCACTCAAGATCTAATCAAGGGAGAAGTAGCATCAGGGAATCTGCTAGCAGAAAGTGCAACTATTACTACTAATCTCAATGCTGTAAACCTTGCTGCATCAGAATCAGTAACTGCGTTAACAGCAACACTAACTACCCTGAACGCAACAAACATTCAAGGTAGTATTATTAGTTTGTCATCTTCACAGACTAATATCAATTCTATTTTTAACTTTGGAAATGGTCAACTGACAATTGAATCTGCAACTGGAGATTTTACAACTGCAGGAGAACTTAAAACATCTGGTCAACTGAATGTAAATGATTCTCTGCTTGTAAATTCAAATGTAATCAGTGCAGCTGCTGGTCTTGATATTGAATTTGCACCGCCAGTAAACCAAGTTGCAAAGGTTGATGCATCAACAGCATTTGGTATTGCTTCTGGTTCTGAATCAGATAAACCTGTTACTTCATACAATGGTTACATTAGATTTAATACTGATAGCAATCAGTATGAAGGTTATAGTGAATCAAATAGTTCTTGGTCTTCTCTTGGTGGTGTTCGTGACCTTGATGGAAACACGACTATTCTTGCTGAAGAAACTGTAGGTGCTGATGATAACACTCTATGGTTTATTCAAGATGGCACGAATACTCTCAAGTTTACTCCGAACTATGTTGAGTTTATTGGTGTCAAGAAACTAAAATCATTGAATATTAATGCTCCTGCTTTTGAAGAATGGAGAGCAAATACTAGTGTAGATGTTGGTGATTATCTGAAGTATGGTAACGATGTTTATGAAGTTACTGGAGCAGGAACGACAGCAACATCTGGAAACGAACCAAATGATACTAGTGGCAATCCATTTACTAATGGAAGTGCAACTCTTGTATATAACACAACTGCTGTTGCCCCAATTACCATTGAAGAAACTTCGGAATTTAGAATTGCTCCACAAGGTGGAACTGATTTTGTAGTTAATGGAGAACTAAGATTCTCTGGTAATAAATTCTCGTCAGATGTTTCTGATATTGAAATTGCACCTAACTCTGGTCAAAAGGTATTCATTAATGCAACAACATCTCTCGTAATTCCTGTTGGTGATAATAATTCTAAAGGAAATCCTGCTCAAGGTGCTATCAGATATAACACTGATGATACTACATTTGAAGGATACGATGGTGTTCAATGGGGTTCTCTGGGAGGAGTTAAGGATATTGATGGAGACACTCTAATCAAACCAGAGAGTGTTCCAAATGCTGATGAAGATACTCTATTTTTCGTCAATGCAAATTCTGAGTCTATGAGACTCACTACAAATGAACTACAATTTGATTCTGTAAGCACTATTACATCTACTACATCAAATAGTTTGAACATTACTGCAGGAACTTTGTTCCTAGGTAATAATACAGATACAACCCTAGACAATACTTCATCAACTTCAACTTTCCTACATACATCTAAAGAATTCTTTGACATTGGTCTATCTGTTGGTTTAAACGTAGATCCTTTGTTGAGACTAAATGATAATGGCGATATTCTTTATAACCTAGGATTCGGAACAGCATCATTTAGTGGAGTAACTTTATTAGATACAGATCTGAGATCATTTGAACTAGCACACACTAGACAGTTTACTACCAAATATAGTCTGACTAAAGGAACTATTAATCAAGGTGCAGCGATTCTATATAATCCAACTACTGATGAAGCTGCAAAAGTTACTATTACTGCACATGATATAAACAGCACACACAAAGAGATTCTTGAATTTACTGTTATAGATAGAGGATCTGACATCTTCTATACAGAAATTGGTAATATCAAAACTGGTCAAGAAATTATCAGTGCTGAGTTTGACTTTAACGCTAGCGGTGAGGTTCGCGTTACCACAACTCTAGATTCTGCTTTAATCAATACCAACTTAATCAATGTAACTGTGGTTTCGCAAATCATCAAAAAATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
029ea9028530d04d6a72237e0e763efa96e8b226b4f8aec8a9ac62a4c630126c
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,7803
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The genomic content and context of auxiliary metabolic genes in marine cyanophages Marston,M.F., Martiny,J.B.H. and Crummett,L.T. 2016-12 — GenBank