Protein

Genbank accession
CCI88821.1 [GenBank]
Protein name
phage long tail fiber proximal subunit
RBP type
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,56
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,84
Protein sequence
MADLIKASFRATNGLDAAGEKVINVATADKTKLTDGVNVDFFFKENTIQLYDTTRGYDSGFAIIYNNRLWVSNRIIPEPAGAFQETFWTAIRTDPKWTYVDVGPVTMQSGDYISANTSVNDLVLTLPNTPNDGETIFVRDVGGNLGYKSLKINTSNQRINFRNSQITSFTATRPYSQLMFVFSNRLWQLYVGENESIGTIITPSTGMFRSQAGDIIIRRYTTSAPCQIGLPKNAVTGDIIRTIDLDGLSPQNHLIVTTFDNTSSIGTIGTHSAEFRTAGDGFLVYDASDSIWRVYDADLRTRISVVTETTDLSPNQSVIVFGDNNATSKDITLNLPTDVAFGDTVEICLSYIRHGQTVTIKANAPDLIASTKLLLQFPRRSDYPPDVSWYTSEELIFNGYDDYAPTLELAFLQDPITLDKYWVVSENIPTIERVDATNNTTRKRLGVIALASQEQANVDLENNPEKSLAITPELLANRTSTESRRGIARLASTAEVNQDSTSTFLDTVIVTPKKLNERTATETRRGLAEIATQAETNTGTDDTTIVTPKKFAARKATTSMNGIITLVSSGAIAASDRDNPGTLVYNYNDTVKAITPATLHEARATKTTLGQLYQATETEVISAPIENPLVPLAVSPEMLHKKTATTTRIGFTQTATQAEVNAGTDNFKYVTPNTLNGRNASEILTGIAKISTQNEFDAGLLDNVISTPLKIAAHFSDVNRTEVISSSGLTQSGNLWNHYTLNILEATNVQRGTARLATQSEVDAGVEAKSIVTAATLSSKKATETTEGIIRVATQAESVAGTSSILAISPKNLKYIAQTESTWESTPLRRGFVKMTEGALTWVGNNTVGNTQDVELYAKNGYAISPYELNLTLSHYLPIEATAVNSTKFDNLASTQFIRRDINQTVDGILTLTKQLNTSAPVLSSSTGTFVDVVGTNTVNAGNSLGTASISILGKANNWKFNAVADGTTLLINDVLTLNQNGNASVKQTFNIGNRADSVNGYSVGGVVVLQNNALTTEVGNIVRPLVLKSPDASNIIADDGTQYKVLTEKNAVSLIGTSFVKKIGDTMTGRLTVNSAITVQLSEASISVIPTETTRGMWTAEVTTPAQYNLLPGYAVPVFGTNQDGSDNAIIVSYNLIKGPGTLAQFGVGTNYSYQVWNPRPTAIVPNHFARTQWIRNFNPLINGWDEWARVFTSQTPPTASDIGAVSSTGSAFNNMTVRDWLQIGNVRITPNVATRTVEFDWID
Physico‐chemical
properties
protein length:1245 AA
molecular weight: 134999,41690 Da
isoelectric point:5,17845
aromaticity:0,07470
hydropathy:-0,18956

Domains

Domains [InterPro]
IPR048391
1091–1193
IPR048391
CCI88821.1
1 1245
Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Yersinia phage phiR1-RT
[NCBI] 		1206558 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host Yersinia enterocolitica
[NCBI] 		630 Bacteria > Proteobacteria > Gammaproteobacteria > Enterobacteriales > Enterobacteriaceae > Yersinia

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
CCI88821.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
HE956709 [NCBI]
CDS location
range 155079 -> 158816
strand +
CDS
ATGGCTGATTTGATAAAAGCCAGTTTTCGAGCTACAAATGGTCTCGATGCAGCTGGTGAAAAAGTAATTAACGTGGCAACAGCCGATAAGACCAAATTAACTGATGGCGTTAACGTTGATTTCTTCTTTAAAGAAAATACTATTCAACTTTATGATACAACTCGTGGATATGATTCAGGATTTGCTATCATTTATAATAACCGTTTATGGGTTTCTAACCGTATTATTCCTGAACCTGCTGGTGCCTTCCAGGAAACTTTTTGGACTGCTATAAGAACAGACCCAAAATGGACTTATGTTGATGTAGGTCCTGTTACAATGCAATCGGGTGATTATATTAGTGCAAATACCTCAGTTAATGATTTAGTATTAACTTTGCCTAATACGCCAAATGATGGGGAAACAATTTTTGTTCGAGATGTTGGCGGTAATTTAGGATATAAATCACTAAAAATTAATACATCTAACCAACGAATCAATTTCCGTAATAGCCAAATAACATCATTTACCGCAACTCGCCCTTATTCACAATTGATGTTTGTTTTCAGTAATAGATTATGGCAGCTTTATGTCGGTGAAAATGAATCGATTGGAACAATTATCACTCCTTCAACAGGCATGTTTCGTTCTCAAGCCGGTGATATAATTATTCGTCGTTACACAACGAGTGCGCCATGTCAGATAGGTTTGCCAAAGAATGCTGTAACAGGTGATATAATTCGTACAATAGATTTAGATGGATTAAGCCCTCAAAACCATTTAATTGTTACTACATTTGACAATACATCATCTATAGGAACAATTGGAACTCATAGCGCTGAATTCAGAACAGCCGGCGACGGTTTCTTAGTATATGATGCTTCTGATTCTATCTGGCGTGTATATGATGCAGATTTAAGAACACGCATCAGTGTAGTAACTGAAACTACCGATTTATCTCCGAACCAATCAGTTATAGTTTTTGGCGATAATAATGCTACATCTAAAGATATAACATTAAATCTTCCAACTGATGTTGCATTTGGCGATACAGTTGAAATTTGTTTAAGTTATATTCGCCATGGCCAAACTGTTACTATTAAGGCTAATGCTCCTGATTTAATAGCTTCTACTAAATTATTACTTCAGTTCCCACGTCGTTCAGATTATCCACCAGATGTTAGTTGGTATACTTCTGAAGAATTGATATTCAATGGGTATGATGATTATGCTCCGACTTTAGAATTAGCTTTCTTACAAGACCCTATTACTTTAGATAAGTATTGGGTAGTTTCAGAAAATATTCCTACAATTGAACGTGTTGATGCTACTAATAATACAACACGTAAACGTTTAGGTGTTATTGCACTAGCTTCTCAAGAACAAGCAAACGTTGATTTGGAAAATAACCCAGAAAAATCTTTGGCTATTACACCTGAATTGTTAGCTAATAGAACTTCGACTGAATCTCGACGTGGTATTGCTCGTTTAGCATCTACCGCTGAAGTTAACCAAGATTCTACTTCTACTTTCTTAGATACAGTTATTGTTACGCCTAAGAAATTAAATGAAAGAACCGCAACTGAAACACGTCGTGGTTTGGCTGAAATCGCTACCCAAGCAGAAACAAATACTGGAACTGACGATACAACAATTGTAACTCCTAAGAAATTTGCTGCTCGTAAAGCGACAACTTCTATGAATGGTATTATTACGTTAGTTAGTTCAGGCGCTATTGCTGCTTCTGATCGTGATAATCCAGGTACATTAGTTTATAATTATAACGATACTGTTAAAGCTATTACTCCAGCTACGCTTCACGAAGCGCGTGCAACGAAAACTACTTTAGGCCAATTGTATCAAGCAACTGAAACTGAAGTTATAAGTGCTCCAATAGAGAATCCACTAGTTCCATTAGCGGTTTCTCCTGAAATGCTTCATAAGAAAACTGCAACTACAACTCGTATTGGTTTTACTCAAACCGCTACTCAAGCTGAAGTTAATGCAGGAACTGATAATTTTAAGTATGTTACTCCAAATACTTTGAATGGCCGAAATGCCTCAGAGATATTAACCGGTATTGCTAAAATTTCTACACAGAATGAATTTGATGCAGGTTTATTAGATAATGTTATTTCAACTCCGTTGAAAATTGCTGCGCATTTCTCAGATGTTAACCGTACTGAAGTAATATCATCTTCCGGCCTGACCCAAAGTGGAAATCTCTGGAACCATTATACACTGAATATTCTTGAAGCAACAAATGTTCAACGTGGCACGGCAAGATTAGCTACACAATCAGAAGTTGACGCAGGCGTAGAAGCTAAATCTATTGTAACAGCAGCTACTTTGTCAAGTAAAAAAGCGACTGAAACCACCGAAGGTATAATTCGTGTGGCAACACAAGCTGAATCGGTTGCAGGCACTTCAAGTATATTAGCGATTTCTCCTAAGAACTTGAAATATATTGCTCAAACAGAATCTACTTGGGAATCAACTCCACTTCGTCGCGGTTTTGTTAAAATGACTGAAGGCGCTTTAACATGGGTTGGTAATAATACTGTAGGTAATACTCAAGATGTAGAATTATATGCAAAAAATGGTTACGCTATTTCACCGTATGAATTGAACTTGACTTTATCTCATTATTTACCTATTGAAGCTACAGCTGTCAATAGTACTAAATTTGATAACCTAGCCTCCACTCAGTTCATACGTAGGGACATTAATCAAACGGTTGATGGAATACTAACCCTTACTAAACAATTGAATACGAGTGCTCCTGTGCTCTCCAGTTCAACTGGTACTTTTGTTGATGTTGTTGGAACTAACACAGTTAATGCTGGTAATTCTTTAGGCACTGCTTCTATTTCTATTCTCGGCAAAGCCAATAATTGGAAATTTAATGCTGTTGCCGATGGCACAACTTTATTGATCAATGACGTATTAACTTTGAATCAAAATGGTAATGCTTCTGTCAAGCAAACATTTAATATTGGCAACCGTGCAGATTCAGTTAATGGCTATTCTGTTGGTGGTGTTGTTGTCTTGCAGAATAATGCTTTAACTACTGAAGTTGGTAACATTGTTCGTCCATTAGTATTGAAATCTCCCGATGCAAGTAATATTATAGCTGACGACGGAACTCAATATAAAGTATTAACAGAAAAAAATGCTGTTTCATTAATTGGCACTTCATTTGTTAAAAAAATTGGCGATACTATGACAGGACGTTTAACTGTTAATAGTGCAATAACTGTTCAGTTATCAGAAGCTTCTATAAGTGTTATTCCTACTGAAACCACACGAGGTATGTGGACTGCTGAAGTTACTACGCCGGCACAATATAATTTACTTCCTGGCTATGCTGTTCCGGTATTTGGAACCAATCAAGATGGCAGCGATAATGCTATTATTGTAAGTTATAATCTGATTAAAGGCCCTGGTACATTAGCACAGTTTGGTGTTGGAACTAATTATTCATACCAAGTATGGAACCCACGTCCAACTGCCATTGTTCCTAACCACTTTGCTCGTACTCAATGGATAAGAAACTTTAACCCGTTGATTAATGGCTGGGATGAATGGGCCCGTGTATTTACAAGTCAAACACCTCCTACTGCTTCTGATATTGGTGCTGTATCTTCTACAGGTTCTGCATTTAACAACATGACAGTTAGAGATTGGCTACAGATTGGTAATGTTCGTATTACTCCTAATGTAGCAACGCGTACTGTTGAATTTGATTGGATTGATTAA

Gene Ontology

No Gene Ontology terms available.

Enzymatic activity

No enzymatic activity data available.

Tertiary structure

PDB ID
6fa2925d73f829f5e7cfb6d0d7fa03ab56ff92288338aec78997483e8116e69f
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5751
Evidence 0,5751
Download PDB

Literature

Title Authors Date PMID Source
Genomic characterization of five bacteriophages specific for Yersinia species Skurnik,M., Nawaz,A., Happonen,L., Butcher,S. and Mattinen,L. 2012 — GenBank