Protein

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Genbank accession
YP_009289043.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein proximal subunit
RBP type
TF
Evidence UniProt/TrEMBL
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,69
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MADIKRKFRAEDGLDAGGDKIVNVALADRTVGTDGVNVDFLVQENTVQVYDSTRGYNKGFVVLYDNRLYQAINDIVSPSGAFNLLQWRAVRTDAQWITVASGTYQLSSGESISVNTGAGNDMVFTLPNTPVDGDTVVLADIGGRTGTVKVQINASVQSILNFRGEQVRTVLMTRPRSQLLFVFSNRLWQMYITDYGKESITVTPATPYQAQANDFIVRRFTSAAPINITLPRNANNGDIISLVDLDRLNPLYHTIVKTFDDTTSIGEVGTHIAEGRNDSDAFFVFDAANSLWRIWEGDQKSRLRIIRADSNIRPNEEVLIFGTNNATTGTINLTLPTGILSGDTVKISMNYMRKGQTVKIKAAEGDTIASTVALLQFPKRSEYPPDAQWVSVTELEFNGTTSYVPVLELAYIEDTVAGTRYWVVQQNVPTVERVDAGTDATRARLGVIALATQAQANVDLENTPAKEVAITPETLANRTATEARRGIAKIATTAQVNQNSTAAFVDDTIVTPKKLNERTATETRRGLAEIATQAETDAGLDDTTIITPKKLQARQGSETLSGIVKYVSTTSATPAETRGAAGTNVYNKTVNNLTISPKALDQYKATYAQQGAVILAVDSEVIAGQSQAGYSHAVVTPETLHKKTSTDGRIGLIEIATQAETNAGTDYTRAVTPKTLNDRKATEGLSGIAELATQVEFDTGTDDTRISTPLKIKTHFDSSDRTSVNSDSGLIEEGTLWNHYTLDISKANETQRGTLRVATQAESNAGTLDDVLITPKKLLGTKSTETSEGVIKVATQAETVTGTSANTAVSPKNLKWIVQNEPTWAATTAIRGFVKTSSGSITFVGDDTQGSTQDLNLYEKNSYAISPYELNRVLANYLPLKAKAADANLLDGLDSSQFIRRDIAQTVNGSLTLTQQTNLSAPLVSSSTATFGGSVSANSTLTISNTGTATRLIFEKGPQTGTNPAQTMTIRVWGNQFGGGSDTTRSTVFEVGDETSNHFYSQRNKDGNIAFSINGTVMPININASGLMNVNGVATFGRSVTANGEFISKSANAFRAISGDYGFFIRNDAANTYFMLTASGDQTGGFNGLRPLAINNASGQVTIGEGLIIAKGATINSGGLTVNSRIRSQGSKTSDLYTRAPTSDTVGFWSIDINDSATYNQFPGYFKMVEKTNEVTGLPYLERGEEVKSPGTLTQFGNTLDSLYQDWITYPTTPEARTTRWTRTWQKTKNSWSSFVQVFDGGNPPQPSDIGALPSDNATIGNLTIRDFLRIGNVRIIPDPVNKSVKFEWIE
Physico‐chemical
properties
protein length:1291 AA
molecular weight: 139465,61690 Da
isoelectric point:5,34567
aromaticity:0,07359
hydropathy:-0,30596

Domains

Domains [InterPro]
DC_1986
ATT
15–140
DC_1986 DC_1209 IPR048391
IPR048390
ATT
981–1094
IPR048390
DC_1209
STR
995–1275
DC_1209
YP_009289043.1
1 1291
Architecture
ATT
STR
ATT
STR
ATT
STR
ATT 15-140 | STR 343-980 | ATT 981-1094 | STR 1095-1140 | ATT 1141-1239 | STR 1240-1275 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Shigella phage SHSML-52-1
[NCBI] 		1863011 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Tevenvirinae > Mosigvirus
Host Shigella sonnei
[NCBI] 		624 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_009289043.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_031090 [NCBI]
CDS location
range 50453 -> 54328
strand -
CDS
ATGGCCGACATCAAACGTAAGTTCAGAGCCGAAGACGGTCTGGACGCCGGTGGCGACAAGATTGTTAACGTAGCATTAGCCGACCGTACAGTAGGTACTGATGGCGTAAACGTTGACTTCCTGGTACAAGAAAACACCGTTCAAGTATATGATTCTACGCGTGGATATAACAAAGGATTTGTTGTTCTTTATGACAACCGTTTATATCAAGCAATAAATGATATCGTGTCTCCTTCCGGGGCATTTAACCTTTTACAATGGCGTGCAGTTCGTACTGATGCACAATGGATAACTGTCGCTTCTGGGACTTATCAACTTTCTTCAGGTGAATCGATTTCGGTTAACACTGGTGCCGGCAATGATATGGTTTTTACATTGCCAAATACTCCAGTTGATGGTGATACTGTTGTTTTGGCTGATATTGGTGGACGAACCGGGACAGTTAAAGTACAGATTAACGCGTCTGTACAGAGTATTTTAAACTTTAGAGGTGAACAAGTTCGTACGGTTTTAATGACGCGCCCACGTTCACAACTATTGTTTGTGTTTAGTAATCGTTTGTGGCAGATGTATATTACCGATTATGGTAAAGAATCAATCACTGTTACACCTGCGACACCATATCAAGCACAAGCAAATGATTTTATCGTTCGTCGTTTTACTAGTGCAGCACCAATCAACATTACACTTCCACGTAATGCTAACAATGGTGATATAATCAGCCTAGTCGATTTAGATAGATTAAACCCACTGTATCATACAATTGTTAAAACATTTGATGATACAACGTCTATTGGTGAAGTCGGGACTCATATTGCTGAAGGCAGAAATGACTCTGACGCGTTTTTTGTTTTTGATGCTGCAAATAGTTTATGGCGTATATGGGAAGGCGACCAGAAATCGCGTCTTCGTATTATCCGTGCGGATTCAAATATTCGTCCAAATGAAGAAGTTCTTATCTTTGGCACAAATAACGCTACAACCGGAACTATTAATCTTACGCTGCCTACCGGAATTTTGAGTGGTGACACTGTTAAAATTTCAATGAACTACATGCGTAAAGGTCAAACAGTAAAAATTAAAGCTGCCGAAGGTGATACAATTGCTTCCACTGTTGCATTGCTTCAGTTCCCTAAACGTTCTGAATATCCACCTGATGCTCAATGGGTCTCTGTTACTGAACTAGAATTCAATGGCACTACTTCATATGTTCCTGTATTAGAATTAGCGTATATCGAAGACACCGTTGCTGGTACACGTTATTGGGTTGTGCAACAGAATGTCCCTACGGTAGAACGTGTTGATGCTGGAACTGATGCTACACGAGCTCGTTTAGGTGTTATTGCTCTTGCTACTCAAGCGCAAGCAAATGTTGATTTAGAGAATACTCCAGCTAAAGAAGTGGCTATTACTCCTGAAACGTTGGCAAATCGTACAGCAACTGAAGCTCGACGTGGTATCGCTAAAATTGCTACAACAGCACAAGTTAACCAGAATTCCACAGCAGCATTTGTGGACGATACTATTGTTACGCCTAAAAAATTAAATGAGCGTACAGCAACTGAAACTCGTCGTGGTCTTGCTGAAATTGCTACTCAGGCTGAAACTGATGCCGGTCTTGATGACACAACGATTATTACACCTAAGAAATTGCAGGCACGTCAGGGTTCTGAAACACTATCTGGTATAGTTAAATATGTATCAACTACTTCTGCTACTCCTGCTGAAACTCGTGGGGCCGCAGGCACTAACGTTTATAATAAAACCGTAAATAATTTAACTATTTCTCCTAAAGCCCTTGACCAATATAAAGCAACTTATGCTCAACAAGGTGCAGTAATTTTAGCTGTTGATAGTGAAGTAATTGCTGGTCAATCACAAGCAGGTTATTCTCACGCTGTAGTAACTCCTGAAACACTACATAAGAAAACTTCTACTGATGGACGTATTGGTTTAATTGAAATTGCTACGCAAGCAGAAACTAATGCTGGGACTGATTATACACGTGCAGTAACGCCTAAGACGTTAAATGATAGGAAAGCTACGGAAGGATTATCCGGCATAGCCGAACTTGCTACGCAAGTTGAATTTGATACTGGAACTGATGATACTCGTATCTCGACTCCACTGAAAATTAAAACTCATTTTGATTCTTCTGACCGTACCAGTGTTAATTCTGATTCCGGACTTATTGAAGAAGGAACCTTGTGGAACCATTATACTCTTGATATTTCTAAAGCAAATGAAACACAACGTGGTACACTTCGAGTAGCGACCCAGGCAGAATCTAATGCAGGAACTTTAGATGATGTTCTTATTACTCCTAAAAAGCTTTTAGGGACTAAGTCCACTGAAACGTCTGAAGGCGTAATTAAGGTTGCTACTCAGGCTGAAACTGTAACAGGAACTTCTGCTAATACTGCTGTATCTCCTAAGAATTTAAAATGGATTGTCCAGAATGAACCAACATGGGCTGCTACTACAGCAATTCGCGGATTCGTTAAAACTTCATCCGGTTCTATTACATTCGTTGGTGACGATACTCAAGGTAGTACCCAGGATCTGAATCTTTACGAGAAAAATAGTTATGCTATTTCTCCATATGAATTAAACCGTGTATTAGCAAATTATTTGCCATTAAAAGCAAAAGCTGCTGATGCAAATTTATTGGATGGTCTAGATTCATCTCAGTTCATTCGTAGGGATATTGCACAGACGGTTAATGGTTCACTAACCTTAACCCAACAAACGAATCTGAGTGCCCCTCTTGTATCATCTAGTACTGCTACGTTTGGTGGTTCAGTTTCGGCAAATAGTACATTAACTATTTCTAATACTGGAACAGCAACTCGTCTGATTTTTGAAAAAGGACCTCAAACTGGAACTAACCCAGCACAGACGATGACTATCAGAGTATGGGGAAATCAGTTTGGTGGCGGATCAGATACAACACGTTCTACTGTATTTGAAGTTGGTGATGAAACGTCTAATCATTTTTATTCTCAACGTAATAAAGATGGGAATATAGCGTTTAGCATTAATGGTACTGTAATGCCAATAAACATTAATGCTTCCGGTTTGATGAATGTTAATGGCGTTGCAACATTTGGTCGTTCAGTCACAGCCAATGGTGAATTCATTAGCAAGTCTGCAAATGCTTTCAGAGCAATTAGCGGTGATTACGGATTCTTTATTCGTAATGATGCTGCTAATACCTATTTTATGCTTACTGCATCCGGTGATCAGACCGGTGGATTTAATGGATTACGTCCTTTGGCTATTAATAATGCATCTGGCCAAGTAACGATTGGTGAAGGCTTAATCATTGCCAAAGGTGCTACTATAAATTCAGGTGGTTTAACTGTTAACTCGAGAATTCGTTCTCAGGGTTCTAAAACATCTGATTTATATACCCGGGCGCCAACATCTGATACCGTAGGATTCTGGTCAATCGATATTAACGATTCAGCCACTTATAACCAGTTCCCGGGTTATTTTAAAATGGTTGAAAAAACTAATGAAGTGACTGGGCTTCCATACTTAGAACGTGGCGAAGAAGTTAAATCTCCTGGTACATTGACTCAGTTTGGTAATACACTTGATTCGCTTTACCAAGATTGGATTACTTATCCAACAACTCCAGAGGCACGTACAACCCGTTGGACACGTACATGGCAGAAAACTAAAAATTCTTGGTCAAGTTTTGTTCAGGTATTTGATGGCGGAAACCCTCCTCAACCTTCTGATATTGGTGCTTTACCTTCTGATAATGCAACAATCGGAAACTTGACAATAAGGGATTTCTTAAGGATTGGTAATGTCCGCATTATTCCAGACCCTGTGAATAAATCTGTTAAATTCGAGTGGATTGAATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
c24e194200ffea2ed656dd24633832b204dd0f14b358c8c8daf90744bdb0e7bf
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5575
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Genetic characterization of ShigActive phages Das,C.R., Woolston,J., Li,M., Sulakvelidze,A. and Soffer,N. 2013-11-08 — GenBank