Protein

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Genbank accession
YP_004324704.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,93
Protein sequence
MANRIQLRRGGAQEWANSNPTLAQGELGIELDTGRFKIGDGVSAWNTLRYERPVESTSNTANTLVQRDADGNFSAGTITSTLIGNASTASRLASSRQIQLSNEITASGVFDGSANLNLSTELALVSTLPHYDGTATPTGVYNKVTVDAKGRIVNAQDFTASNNGTLADYGLDGTTEGQSAQAYDLDLVAISGLTTTGLISRTASNTMATRTITGTAQRISVNEGAGISGNPTIDLITTAVQAGNYNTESLTSVSGVGGNSEPFGTATVNATKFTVDAYGRLTSATNVPIATATEGSKYPNYDAGTTYSRYDIIQNASKVYQALGTIAAGAGAPTHSSGDTGSWRYLAAEATEQKGLASFAQEDFDVDANGHVTIAAAGVDNTQLQNNKLIFTDGSAVENFELDNELTTSTANTGFNRLNFVKINDTSGNLLFGANNTGDSGAGEIDVNVRSYFSDPDITLDGAAAQALDKSGDGNLTLSLTQNSSSARNLTVQSTNSGSGTSTVTITAEDVVDIDASDANGKVHVENARFQGDYIGSTGTLNLDPGDDRAVTGLVRVWGDLQVDGVTTTVNSTTLQVDDVIMTLGGDTAPSSDDNKDRGVEFRYYDSQARLGFYGWDTNYTDLAGHEGGFTFLHAATNTSEVFSGTASGITAGNVKLTTGTASSSNTTGDLVVAGGVGITGAVNIGGLLDVDGTFRANSTSRFDDNIVFQGASKTLELKNGSGTTKTTFHTTTGNAEIGGILTVTGVVDANSDVTIAGNIHSESTNDITVAKNGSTGVWEIQSNDYGSLRVDGGAYVAGDALIDGTLHVNGAIEVKDSATEAESRLNWLRVRYRGRFGDSYQATPSYASHNTTTIRAHGGAGVERTLHVGGTGSGEGLFVGKRYSGDTVKFSVLGASGNTDIQGTLDVAGASEFNGTVDVDADFAVRNGTTDKFFVDNVTGNTNIEGTLTADGHTELNSTLNVDNNTTLGAQLTVTGNSEFNGTVDVDANFAVRSGSTDKFTVASSSGNVVTDGTLDVAGATGIDGNFDVGTNKFTVAVASGNTVVAGTLRVDGQIDINDSVIIDEANEIFSIRNGSAVEKFGVDTDNGNTNIIGTLTVGDATQINNTLGVSNVTTITRNTQQTLTGSYAADGAFRLTGGAGIGKNLAVGGAARIYGATELTGALDLNNSADISGALVTHDDVTITADNKTFAIQNASAANKFTVDTDNGNTDIRGTLAVGGDLTAESDLTITGNLTVNGTTTTVNSTVTTIDDPIITVGGDTAPSSNDGKDRGVEFRYYDGSAKIGFFGFDRSTSQFAFLTSATNNAEVLSGTDGPLRAGSLNLTGAGTSLDVDANANIDGTLTVDGQIISQVSSGPALVIPTTDKINNLNADLLDGATTATANTASTVVLRDGSGNFAAGTITAALTGNASTATTLETARNIAVAGVVSGTVSFNGSADVSITTTFVDADITALAAMSGTGYVVRTAANTYAQRTLQVTASSGITLTNADGVSGNTTINVASTASNSANNLVLRDASGNFAAGTITATLTGNVTGNVTGTVSDISNHDTGDLTEGSNLYYTDERVDDRVNALIVAGTGITKVYDDSAGTYTLSVTQADVNTDTITEGSTNLFTTAARTRTHFTYGNGIALAGSGELSVTQSEINTDNVTEGSTNIFFTNARSDARFDTKLAAASTTNLSEGTNLYYTNARADARADLKVAAATGANLSLANKTTTDLAEGTNQYYTEARVQTKLDNAFEQLRAMLNNLATSTTLTLNLSGDPTPGAVVTTAVSNGGGGGFTAGTAVATSGGTGSGLTVDTTVVGGVITAAAVNAGGSGYLITDTVTIANANAGKVLSLNLATLAGGSGYTTGTALATTGGSGSASLTVDITASSGAITNVTINDGGTGYVVGETITIVQAGGSGGTVNIATVATNATLTLSDVTTMEVGATVTGATSGTTGVITALGTNQITVDTVDGFFKKGEVVSANDVTTLTISSFA
Physico‐chemical
properties
protein length:1982 AA
molecular weight: 201556,28120 Da
isoelectric point:4,29398
aromaticity:0,05600
hydropathy:-0,11882

Domains

Domains [InterPro]
DC_1619
ATT
1–470
DC_1619 DC_0029 DC_1607 DC_0029 DC_0029
SSF69349
STR
4–247
SSF69349 DC_1607 DC_0029
IPR041352
ATT
5–43
IPR041352
YP_004324704.1
1 1982
Architecture
ATT
STR
RBD
STR
RBD
ATT 1-470 | STR 471-915 | RBD 960-1031 | STR 1066-1538 | RBD 1631-1982
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-SSM5
[NCBI] 		445685 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Glaucusvirus > Glaucusvirus ssm5
Host Synechococcus sp. WH 8102
[NCBI] 		84588 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_004324704.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_015289 [NCBI]
CDS location
range 89821 -> 95769
strand +
CDS
ATGGCAAATAGAATTCAATTAAGAAGAGGTGGCGCTCAGGAATGGGCGAACTCTAACCCGACTCTTGCACAAGGTGAATTGGGTATCGAACTTGACACAGGTCGTTTTAAGATCGGTGACGGCGTTTCGGCATGGAACACGTTAAGATACGAACGTCCTGTAGAGTCCACCTCTAACACGGCAAATACTTTGGTTCAGCGTGACGCTGATGGTAACTTTTCTGCAGGTACAATCACTTCAACTCTGATTGGTAATGCTTCTACTGCGTCTAGACTTGCTTCATCTAGACAAATCCAACTCTCTAATGAGATTACTGCTTCTGGTGTATTTGATGGTTCTGCCAACCTCAATCTCTCCACTGAATTAGCACTCGTATCAACTCTCCCTCATTATGATGGTACAGCAACTCCTACAGGGGTTTACAACAAAGTTACTGTTGATGCTAAAGGTAGAATTGTAAATGCACAAGATTTTACTGCTTCCAACAACGGCACCCTTGCTGACTATGGTCTTGATGGAACAACTGAAGGACAGTCAGCACAAGCGTATGACTTAGATCTAGTTGCTATTTCTGGTCTGACTACTACTGGTCTCATTTCTAGAACTGCCAGTAACACCATGGCAACCAGAACAATTACTGGTACTGCTCAAAGAATTTCTGTTAATGAAGGTGCTGGTATTAGTGGTAACCCTACCATTGATCTGATTACGACCGCTGTTCAAGCAGGTAACTATAATACTGAATCCCTGACATCTGTATCAGGTGTAGGTGGAAATAGTGAACCCTTTGGCACAGCTACAGTTAACGCTACTAAGTTCACTGTTGATGCCTATGGTAGACTAACAAGTGCCACAAATGTGCCTATTGCTACTGCTACCGAGGGTAGTAAGTATCCTAACTATGATGCAGGAACAACTTATTCTAGATATGATATTATCCAGAATGCATCAAAAGTATACCAAGCACTTGGAACGATTGCTGCTGGTGCTGGTGCTCCTACTCATTCCAGTGGTGATACTGGATCATGGCGTTACCTCGCGGCTGAAGCCACGGAACAGAAGGGACTGGCTAGTTTTGCACAGGAAGATTTCGACGTTGACGCAAACGGGCACGTTACCATCGCCGCCGCAGGCGTAGATAATACACAACTTCAGAATAATAAACTTATCTTTACTGACGGTAGTGCAGTAGAGAATTTTGAACTTGATAATGAACTTACGACCTCTACAGCAAATACTGGTTTCAATCGCCTCAACTTTGTTAAGATTAACGATACAAGCGGCAACCTACTGTTTGGCGCTAACAATACAGGCGACAGTGGCGCTGGTGAGATTGATGTTAACGTCCGTTCCTATTTTTCTGATCCTGATATTACTCTTGATGGAGCAGCTGCTCAGGCATTGGATAAGTCTGGGGATGGTAACCTTACCCTCTCTCTGACACAAAATTCTTCTTCTGCTAGAAATCTTACAGTTCAGTCTACTAACTCTGGTTCTGGAACTAGCACAGTTACAATTACTGCAGAAGATGTTGTTGACATTGATGCATCAGATGCAAATGGTAAAGTACATGTAGAAAATGCAAGATTCCAAGGAGATTACATTGGTTCAACAGGAACACTTAATCTTGATCCTGGCGATGATCGTGCAGTAACTGGTCTGGTTCGTGTCTGGGGTGACCTCCAAGTTGATGGTGTAACAACAACTGTAAACAGCACAACTTTACAAGTTGATGATGTTATCATGACTCTGGGTGGTGATACTGCTCCTTCATCTGATGACAACAAAGATCGTGGTGTTGAGTTTAGATATTATGATTCTCAAGCACGCTTAGGTTTCTATGGTTGGGACACTAACTATACTGATTTGGCTGGTCATGAAGGTGGTTTTACTTTCCTTCATGCTGCTACAAATACTTCCGAAGTCTTTTCTGGCACTGCTTCTGGTATTACTGCTGGTAATGTAAAGTTAACGACTGGTACTGCATCTTCCTCTAATACAACTGGTGACTTAGTTGTTGCTGGTGGTGTTGGTATTACTGGTGCAGTTAACATTGGCGGATTATTGGATGTAGATGGCACTTTCCGTGCTAATTCTACAAGTAGATTTGATGATAATATTGTATTCCAAGGTGCTTCTAAGACTCTTGAACTTAAGAATGGTTCTGGTACAACTAAAACTACATTCCATACTACAACAGGTAATGCTGAGATTGGCGGTATCCTCACCGTAACTGGTGTTGTAGATGCTAACAGTGATGTTACTATCGCTGGTAACATTCACTCTGAAAGCACTAATGATATTACGGTTGCTAAGAATGGCAGCACTGGTGTATGGGAGATTCAATCTAACGACTATGGTTCTCTGAGAGTTGATGGTGGTGCGTATGTCGCTGGTGATGCACTGATTGATGGCACACTACACGTTAACGGTGCTATCGAAGTTAAGGATAGTGCGACAGAGGCAGAATCCAGACTGAACTGGTTGCGTGTCAGATACAGAGGTCGTTTCGGTGACTCTTATCAGGCAACTCCTTCCTATGCATCTCATAACACCACAACTATCAGAGCACATGGTGGTGCTGGTGTTGAAAGAACTCTCCACGTTGGTGGCACAGGATCTGGCGAAGGTCTTTTCGTTGGTAAGAGATATTCTGGTGATACCGTTAAGTTCTCTGTCCTTGGTGCATCTGGTAATACAGATATTCAAGGCACACTCGATGTTGCAGGTGCTTCTGAATTCAATGGCACTGTTGATGTTGATGCAGACTTTGCAGTCAGAAATGGAACGACTGATAAGTTCTTCGTTGATAACGTAACTGGTAATACTAATATTGAAGGCACGCTGACTGCCGATGGTCACACTGAGTTGAATTCTACTCTTAATGTTGATAACAATACAACACTGGGTGCTCAACTTACAGTAACTGGTAACTCTGAGTTTAACGGCACAGTTGATGTTGATGCTAACTTTGCAGTTAGAAGTGGCAGCACAGATAAGTTTACTGTTGCTTCTTCCTCTGGTAATGTCGTAACTGACGGTACATTAGATGTTGCTGGTGCTACTGGTATCGACGGAAACTTTGATGTCGGCACAAACAAGTTTACTGTTGCTGTTGCAAGTGGTAATACAGTTGTTGCTGGCACCTTAAGAGTTGATGGTCAGATTGATATTAATGATTCTGTTATCATCGACGAAGCAAATGAAATCTTCTCTATTAGAAACGGTTCTGCCGTCGAGAAGTTTGGTGTTGATACTGATAATGGTAATACAAATATTATCGGCACACTGACTGTTGGTGATGCAACTCAAATTAATAATACTCTTGGTGTTTCAAACGTAACAACAATTACAAGGAACACACAACAAACTCTTACTGGTTCTTATGCTGCTGATGGTGCATTCCGTCTGACTGGTGGTGCTGGTATTGGTAAGAACCTTGCCGTTGGCGGTGCTGCAAGAATCTATGGTGCTACAGAACTGACAGGTGCTCTTGATCTTAATAACTCTGCAGACATCTCTGGTGCTTTGGTAACTCATGATGACGTTACTATTACTGCAGATAACAAAACATTTGCTATTCAAAATGCATCTGCCGCTAACAAATTTACAGTAGATACTGACAATGGTAACACTGATATTCGTGGAACCTTGGCTGTTGGTGGTGATCTAACTGCCGAGTCGGATCTTACTATTACTGGAAATCTAACGGTCAATGGAACAACCACTACTGTCAACTCTACGGTCACAACTATCGATGACCCTATTATTACTGTGGGTGGTGACACAGCACCATCGTCTAACGACGGTAAGGATCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTACGACGGCTCTGCGAAAATTGGTTTCTTTGGATTCGACAGATCGACCTCCCAATTCGCATTCTTAACAAGTGCAACTAACAACGCTGAAGTTCTTTCTGGCACAGATGGTCCTCTTCGTGCTGGTTCTCTTAACCTTACTGGCGCTGGGACATCTCTTGATGTTGATGCCAATGCCAACATTGATGGTACGCTGACTGTTGATGGTCAGATCATTTCTCAAGTTTCTTCTGGTCCTGCTCTTGTCATTCCCACAACTGATAAGATTAACAACCTGAACGCAGATTTACTTGATGGTGCTACAACTGCAACCGCTAATACTGCATCTACAGTTGTTCTCCGTGATGGATCTGGTAACTTCGCTGCTGGAACTATTACTGCTGCCCTGACTGGCAACGCTTCCACAGCAACTACTCTGGAGACTGCAAGAAATATCGCAGTTGCTGGTGTTGTTTCTGGCACCGTATCCTTCAATGGATCTGCTGATGTAAGTATTACTACAACATTTGTTGACGCTGATATCACTGCACTTGCTGCAATGTCTGGCACAGGATATGTTGTTAGAACTGCTGCAAACACTTACGCACAACGCACCTTACAGGTCACAGCATCATCTGGTATTACATTAACAAATGCTGACGGTGTTTCTGGTAATACAACAATTAACGTTGCTTCTACAGCGAGCAACTCGGCAAACAACCTTGTTCTCCGTGATGCATCGGGCAACTTTGCTGCTGGAACTATCACTGCCACATTAACTGGTAACGTTACAGGTAATGTAACTGGTACAGTTTCTGACATTAGCAACCATGATACTGGAGATCTTACTGAAGGATCCAATCTTTATTACACTGATGAGCGTGTTGATGATAGAGTTAACGCTCTTATCGTTGCTGGCACAGGTATTACTAAAGTTTATGACGACTCAGCAGGCACTTACACACTGTCTGTAACTCAGGCAGATGTTAATACTGACACTATTACTGAAGGTTCTACAAACCTCTTTACAACTGCCGCTAGAACCAGAACTCATTTCACATATGGTAATGGTATTGCACTTGCAGGATCTGGTGAACTGTCTGTAACTCAGTCTGAAATCAACACTGATAACGTAACTGAAGGTAGCACTAATATCTTCTTCACCAATGCACGTTCTGATGCTCGTTTTGATACCAAACTGGCAGCAGCATCTACTACAAACCTCTCTGAGGGTACGAATCTTTATTACACCAATGCTCGTGCTGATGCAAGAGCAGATCTCAAAGTTGCTGCCGCAACTGGTGCAAACCTTAGTCTTGCTAATAAGACTACGACTGATCTTGCTGAAGGAACTAATCAGTATTACACCGAAGCAAGAGTTCAAACAAAACTTGATAATGCGTTTGAACAACTTAGAGCAATGCTCAACAACCTTGCAACTAGCACCACTCTGACTCTGAACTTGTCTGGTGATCCTACACCTGGCGCAGTTGTTACTACTGCCGTCAGCAATGGTGGTGGTGGTGGATTTACTGCTGGAACTGCCGTTGCTACCTCTGGTGGCACTGGTTCTGGATTGACAGTTGATACCACTGTTGTTGGTGGAGTAATCACTGCTGCTGCAGTTAATGCAGGTGGTTCTGGTTACTTGATTACTGATACTGTGACAATTGCTAACGCCAACGCTGGTAAGGTATTGTCACTGAACTTGGCAACCTTGGCAGGTGGTTCGGGATATACTACTGGAACCGCTCTGGCAACAACAGGTGGTTCTGGTTCTGCCTCTCTGACTGTTGATATTACTGCTTCTTCTGGTGCAATCACCAACGTTACAATTAATGATGGTGGCACTGGATATGTTGTTGGTGAAACAATTACTATTGTTCAGGCAGGTGGATCTGGTGGTACGGTTAACATTGCAACCGTCGCTACCAATGCAACCTTAACACTGAGTGATGTCACCACAATGGAAGTCGGTGCAACTGTCACTGGCGCAACCAGTGGAACTACAGGTGTTATCACTGCTCTGGGAACTAACCAGATCACTGTTGATACTGTTGACGGATTCTTCAAAAAAGGAGAAGTCGTCAGTGCTAATGATGTTACTACACTTACTATCTCCTCATTCGCTTGA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
bf23feb141a3f110b0d127579e4f9085196c02182075c372943a425a50afd55b
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5169
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Cyanophage 8102-12 Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Erlich,R., Young,S.K., Koehrsen,M., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Borenstein,D., Chen,Z., Engels,R., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heiman,D., Hepburn,T., Howarth,C., Jen,D., Larson,L., Lewis,B., Mehta,T., Park,D., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., Walk,T., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C., Galagan,J. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank