Protein

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Genbank accession
YP_009289040.1 [GenBank]
Protein name
long tail fiber protein distal subunit
RBP type
TF
Evidence UniProt/TrEMBL
Probability 1,00
TF
Evidence GenBank
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,81
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MATLKQIQFKRSKVAGVNPTAAQLAEGELAINLKDRTLFTKDDLGNIISLGFAKGGDINGNVTQTGDYLQNGTYNLNGNQFVYAGKYIEFLPKTTGNGAWANQHSNKAPIFTDLSSTTSVSEYHPLIKQRYKDGTFSAGTLVNEGSFKFHYIDETGTSKYWTFNRNGNFQVDSGSLLVSNGYLVTQSNIETKAGSLIGPKVITKNINVSTKSWDTNIDTAYDLVSLPTWHYTPTETDLDTNGINYLRKFRGHVSSAIFHEVADARSGKPQNISYWTGRNAEVYQWSYTTDGRMSVANSIGIGLADVGDQGRYPLVSFGKGIAIGDNDTGIKWVRDGVIDLVANGISAGTILNNGINSTKKLMVGYSRDSGSTWDYPNNNQAMFTARTDVDGNNNGDGQTHIGYSSNAKMYHYFRGTGRMSVSMGDGLLVEPGILDIKTGSNSLNLRADGTIASVQTLKLNNGLYFNGDGTNASLVFKAASGIDGTKQILWEGGTRAGQNKSYVTVKAWGNSFNATGDKARETVFEVSDGQGYYFYSQRVAPTGSETTGPVVTQFNGQVNARGSLITDGSLRVNGLSTLVGNVTMNNGLFVQGGASITGQVKIGGTADAFRIYDAEYGAIFRRSEDKLYIIPTPQNVGESGGISNLRPFYITLSTGKVSMDHDVDIGGGRFKVEAAGTTAGQRITVNMASDAIRINAPTQESSNFIQGRKADVPKWYLGIGDGGNVVRMHSYTYSHGIALNSDSVDITKPLKVGNAQFGTDGNITGGSGNFANLNTTINNLKTDIVSSYPIGAPIPWPTDTPPEGYAIMEGQTFDTGLYPKLAAVYPSGALPDMRGQTIKGKPSGRAVLSTEADGVKSHSHSASASSTDLGTKTTSSFDYGSKTTSSFDYGTKTSNTTGNHNHTVSGNTSSAGAHQHARSGPQVTAAWANDLFRDGVTTIGANSYAKINSGITGSTLATKVGKTSNDGAHTHSWSGTTSSTGNHAHTVGIGAHTHSVGIGAHSHTVAIGSHGHTITVNATGNTENTVKNVAFNYIVRLA
Physico‐chemical
properties
protein length:1038 AA
molecular weight: 110236,38660 Da
isoelectric point:8,54150
aromaticity:0,08671
hydropathy:-0,38998

Domains

Domains [InterPro]
DC_0538
STR
1–1036
DC_0538
G3DSA:6.20.80.10
STR
689–748
G3DSA:6.20.80.10 IPR051934
IPR048388
ATT
691–765
IPR048388 SSF88874 SSF88874
IPR037053
ATT
786–839
IPR037053
IPR011083
ATT
791–838
IPR011083
YP_009289040.1
1 1038
Architecture
STR
ATT
STR
ATT
STR
STR 1-690 | ATT 691-765 | STR 766-785 | ATT 786-839 | STR 840-1037 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Shigella phage SHSML-52-1
[NCBI] 		1863011 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Tevenvirinae > Mosigvirus
Host Shigella sonnei
[NCBI] 		624 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_009289040.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_031090 [NCBI]
CDS location
range 45467 -> 48583
strand -
CDS
ATGGCTACATTAAAACAGATACAATTTAAAAGAAGCAAAGTGGCAGGAGTTAATCCTACTGCAGCACAATTAGCCGAAGGCGAATTAGCGATAAACTTAAAAGACCGAACTCTTTTTACTAAAGATGACCTCGGTAATATTATTAGCCTAGGCTTTGCTAAGGGTGGGGATATTAACGGTAATGTAACTCAAACTGGCGATTATTTACAAAACGGCACGTATAATCTCAATGGAAATCAGTTTGTTTATGCAGGAAAATACATTGAATTTTTACCTAAAACCACTGGAAATGGCGCTTGGGCTAACCAACATTCGAATAAAGCCCCTATCTTTACAGATTTAAGTTCAACTACTTCTGTTTCAGAATACCATCCACTGATTAAACAACGCTATAAAGATGGAACTTTTTCTGCTGGTACATTAGTAAACGAAGGTAGTTTTAAATTCCATTATATTGATGAAACCGGGACTTCAAAATACTGGACTTTTAATCGAAACGGTAATTTTCAAGTTGATTCCGGAAGTTTATTAGTATCTAATGGATATTTAGTTACTCAAAGTAATATTGAAACTAAAGCTGGTTCTTTAATTGGTCCTAAAGTTATTACCAAAAATATCAATGTGAGCACTAAATCTTGGGACACTAATATTGATACTGCATATGATTTAGTTTCATTACCGACTTGGCACTATACTCCAACCGAAACAGATTTGGATACTAATGGTATAAACTACCTTCGTAAATTCCGCGGACATGTTTCTTCTGCTATTTTCCATGAAGTTGCCGATGCTCGTTCAGGTAAACCACAGAATATTTCGTATTGGACGGGACGTAATGCTGAAGTTTATCAATGGTCTTATACCACAGATGGGCGTATGTCTGTTGCTAATTCGATAGGTATAGGTCTTGCTGATGTTGGTGACCAAGGACGTTATCCATTGGTTTCGTTTGGTAAAGGTATTGCAATTGGTGACAATGATACTGGTATTAAATGGGTTCGTGACGGGGTTATCGATTTAGTTGCGAATGGTATTTCTGCCGGCACTATTCTTAATAACGGTATTAACAGTACTAAAAAATTGATGGTTGGTTATAGTCGAGATTCTGGTTCTACTTGGGATTACCCAAATAACAACCAAGCAATGTTTACTGCGCGTACCGATGTTGATGGTAATAATAACGGTGACGGTCAGACTCATATTGGTTATAGCAGCAATGCCAAGATGTATCACTATTTCCGTGGCACTGGTCGTATGTCCGTTAGTATGGGTGATGGGCTTCTTGTTGAGCCTGGCATTTTAGATATTAAAACTGGTTCAAATTCGTTAAATTTGCGTGCTGATGGTACCATCGCTTCTGTTCAAACGTTAAAACTTAATAATGGATTATATTTTAATGGTGATGGAACTAATGCTTCTCTAGTTTTTAAAGCGGCTTCAGGTATTGATGGCACCAAACAAATCCTTTGGGAAGGCGGTACTCGTGCAGGTCAGAACAAAAGTTATGTGACCGTGAAAGCATGGGGTAACTCATTTAATGCTACTGGTGATAAAGCTCGAGAAACCGTATTTGAGGTTTCTGATGGCCAAGGTTATTATTTCTATTCTCAACGCGTAGCTCCGACCGGTTCTGAAACTACAGGCCCTGTTGTAACTCAGTTCAATGGACAGGTTAATGCTAGAGGAAGCTTAATAACCGACGGAAGTCTTAGAGTTAACGGATTAAGCACTCTAGTTGGCAACGTTACAATGAATAATGGATTGTTTGTTCAAGGTGGTGCCTCAATTACTGGACAGGTTAAAATTGGCGGGACTGCTGATGCTTTCCGTATTTACGATGCTGAATACGGGGCTATTTTCCGTCGTTCTGAAGATAAGCTTTATATTATTCCAACTCCACAGAATGTTGGTGAATCAGGTGGTATTTCTAATTTACGTCCGTTCTATATTACATTAAGTACTGGTAAAGTTTCCATGGATCATGATGTAGATATCGGCGGCGGTAGATTTAAAGTAGAAGCGGCTGGAACTACGGCTGGTCAACGCATAACAGTAAATATGGCATCAGATGCTATTAGAATAAATGCTCCAACACAAGAGTCTTCTAACTTCATTCAAGGACGTAAAGCAGATGTTCCGAAATGGTATTTAGGTATTGGAGATGGCGGCAACGTCGTTCGTATGCACAGCTACACATATTCACATGGTATTGCATTAAACTCTGATTCTGTCGATATTACTAAACCATTAAAAGTTGGTAATGCTCAATTCGGTACTGATGGTAATATTACTGGTGGTTCTGGCAACTTTGCTAACTTGAATACCACAATAAATAACCTTAAGACGGATATTGTCTCGAGTTACCCAATTGGTGCTCCGATTCCTTGGCCTACTGATACACCTCCTGAAGGTTATGCCATAATGGAAGGCCAAACATTTGATACTGGCTTGTATCCTAAGTTAGCTGCGGTGTATCCTTCTGGCGCTCTGCCTGATATGCGTGGTCAAACTATCAAGGGTAAACCATCTGGGCGCGCTGTATTAAGTACAGAAGCAGATGGTGTTAAGTCACATAGCCATAGTGCAAGTGCATCAAGCACAGATTTGGGTACTAAGACCACTTCTAGTTTTGATTACGGTAGCAAAACGACTTCAAGCTTTGATTATGGTACTAAGACCAGTAATACCACTGGTAACCATAACCATACAGTGAGTGGTAATACTAGTTCCGCAGGAGCTCACCAACACGCGCGTTCAGGTCCACAGGTCACTGCTGCATGGGCAAACGATTTGTTTAGAGACGGGGTTACTACGATAGGTGCAAACTCATATGCTAAAATTAACTCAGGTATCACTGGTTCGACTTTAGCAACTAAGGTCGGTAAAACATCAAATGACGGTGCCCACACCCATAGTTGGTCAGGAACTACTAGCTCTACGGGTAACCATGCTCATACGGTAGGTATTGGTGCTCATACCCATTCGGTGGGTATTGGTGCTCATTCTCATACTGTTGCAATTGGTTCCCATGGACATACAATAACTGTAAATGCCACAGGAAATACAGAAAACACTGTTAAAAACGTTGCTTTTAACTATATCGTTCGTTTAGCATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
4aa1ef94845475a3a5d7e90471e50f2638a71dc6b0fabd7b6384ea75e78bebf5
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5293
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Genetic characterization of ShigActive phages Das,C.R., Woolston,J., Li,M., Sulakvelidze,A. and Soffer,N. 2013-11-08 — GenBank