Protein

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Genbank accession
XYM57674.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TSP
Evidence DepoScope
Probability 1,00
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,81
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,96
Protein sequence
MADRFPLIVNAVSKKIEEIVSGDNLELTGNGIVISGDLGAGKYLYSDGSTVFWNSPGDVYLTQTQTLTNKTIESSIISGSSNTITNIPNSALVNSGISVNGVTIPLGGSVSTPDNNTTYTISAQDGVAATEKIIRLADNAGVNAEVTLAVGPPASIPAGQKAVSLSIDRTGNLVTLSATAEDDDTITTLQAATGGTAQTGAMIIAASGSSTVSQDAATRTITIDSSYVDTITRLRATTGQVFSSGDFTFLATGASTVTQGVDGNGDATITVDSTDTITSIKGGSTGVATTGAVTFLGGTNVTVSQSGTDVTIDSVDTNTVTRLASGSNSVQAGDFLFTSSGATNITQSTNAGVTTIEISSTNTDTGASLTAGSGLTLTSGTEYSIKNASNLTGNTLVKWDSGNSQLADSIITDDGSSVTIGGDLIVQGTQTVLETTVLQVADNEIELRKGNGLVGSDGGIRLNRTSNPGNGNITSYTSLQWYESGGYWRVFDGSVDRRLVTESETQILTNKTLNSPTLNNPSIGAATATSINGLDITSTASATLTVASAKTLEIQRDLILTSDNSASSITTNLRQGGNVAYTSDTLASFAATTATQIRGVITETTGTGDLVFGTNPIIDTGLRTTSSGFNLLNSGATNIQFGGVATQIDIGADTGTTTIRHDLVVEDDLTVGTTSGDNFVCNATFNSANADILIRGGATDPMRVGRGVGAVNTNTVLGVRGLNSVTSGSQNTSIGFESLLTVNAGAANTAIGNRVLRATGVGDKNVGIGSDVMLVNLSGSKNVGIGNNSLETLSTGDANVCIGHYAGYGALGTGNVIIGPADDENSTNATFQPPNVSGNRQLVIGSGTEYWIQGDSTFNVTLNNDVTVNNDMTVKGDLTVEGVTTSVESNIVQIADKNIELASVVSTTFSAVCVDGTPNLTGVTPTSGLIPGMEVTTGQVGITIPANTVIDSITGNTIVLSANIVGSGTVTFNGIGPSDLSADGGGLTVKGGTDKTFQWRGIDGGVTYNAWTSSENMDLATGKKFRIGSTDIASETQIGPATGTLSLGAGVTTSSLTSLGTLTALTVNGIGTFGGDPLSAAGIQLNGSVGRIRVGRSGNVFEAYNGSDNTVRASITGAGAADFTSLTVSGDANFDSGSLFVDASTNNIGIGTTLPVYALTIERDTPYFRVNNTNASVPADESVWDYNAGTDGILRFRCVDDAQSSATNWLTVDRNGATPTSANFNLNVLPSSNESKDLGSNTARWNNVISKNFRFNALGLITYNTVANTMEFEVNGGQVAEFTSGGAFVPNADNTRNLGAASRRWANIYSADLQLSNEGAANEVDGTWGQYTIQEGEEDLFLINRRSGKKYKFMLQEVQ
Physico‐chemical
properties
protein length:1359 AA
molecular weight: 139220,02360 Da
isoelectric point:4,29040
aromaticity:0,05224
hydropathy:-0,06534

Domains

Domains [InterPro]
DC_1617
STR
175–701
DC_1617 IPR044914
DC_1988
STR
645–924
DC_1988 DC_0783
XYM57674.1
1 1359
Architecture
STR
STR
STR 175-924 | STR 1256-1339 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Tail Spike Domain Segmentation

Tail Spike Domain Segmentation

This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.

Domain Layout
N-terminal
Central
C-terminal
XYM57674.1
1 1359
Domain Start End Length (AA) Confidence
N-terminal 1 679 679 0,5538
Central domain 680 889 211 0,7541
C-terminal 890 1359 469 0,6200
Legend: N-terminal Central domain C-terminal
3D Structure with Domain Coloring

The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).

Domain Coloring
N-terminal
1-679
Central
680-889
C-terminal
890-1359

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage Sf-CH1b
[NCBI] 		3413213 Viruses >
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
XYM57674.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
PV340850 [NCBI]
CDS location
range 176777 -> 180856
strand +
CDS
ATGGCTGATCGTTTTCCGTTAATTGTTAACGCCGTATCAAAAAAGATTGAAGAAATTGTCTCGGGTGACAATTTAGAACTCACGGGCAATGGTATTGTCATCAGTGGTGACCTAGGTGCTGGTAAGTATTTGTATAGTGATGGATCAACTGTATTCTGGAATTCTCCTGGTGATGTCTACCTAACACAAACACAGACATTAACAAATAAAACCATTGAGAGTTCTATAATCTCTGGTTCTAGTAATACTATTACTAATATCCCAAACAGTGCTCTTGTTAACTCTGGTATTAGTGTAAACGGTGTAACAATTCCTCTTGGTGGATCTGTTAGCACTCCAGATAACAATACTACTTACACTATCTCTGCTCAAGATGGTGTAGCAGCAACAGAAAAAATTATTAGACTTGCTGATAATGCTGGAGTAAATGCGGAAGTTACTCTTGCAGTCGGACCTCCTGCATCTATTCCAGCAGGACAAAAAGCAGTCAGTCTCTCCATCGACAGGACTGGTAATCTTGTAACTCTATCTGCAACAGCAGAAGATGATGATACGATTACTACATTGCAAGCAGCAACTGGTGGTACAGCACAGACAGGTGCTATGATTATTGCTGCATCTGGATCATCTACTGTTTCTCAAGATGCTGCAACCAGAACTATTACGATCGATTCCTCCTATGTAGATACGATTACTAGACTTAGAGCAACTACAGGTCAGGTATTCTCCTCTGGAGATTTCACATTCTTAGCTACTGGTGCTAGTACAGTAACTCAAGGTGTTGACGGAAATGGTGATGCTACAATTACTGTAGATTCTACTGACACTATTACCAGTATCAAAGGCGGCAGCACTGGTGTTGCAACAACTGGAGCGGTAACTTTCCTTGGTGGAACTAATGTAACTGTATCTCAGTCTGGAACAGATGTAACTATCGATAGTGTTGACACAAACACAGTAACTAGACTTGCGTCAGGATCTAATAGTGTTCAGGCAGGTGACTTCTTATTTACTTCATCTGGCGCTACAAATATTACACAGTCTACCAATGCTGGTGTAACTACTATTGAAATTAGTTCTACAAATACTGATACTGGTGCATCTCTTACTGCTGGATCTGGTTTAACACTAACAAGTGGAACAGAATATTCAATCAAGAATGCTTCTAACCTAACAGGAAATACCCTTGTTAAATGGGACTCTGGTAACTCGCAACTAGCAGATAGTATTATTACTGATGATGGATCTTCTGTAACGATTGGCGGTGACTTGATTGTTCAGGGAACACAAACTGTTCTGGAAACAACGGTACTACAAGTTGCTGATAATGAAATTGAACTTAGAAAGGGTAATGGACTAGTAGGTTCTGACGGTGGCATTAGACTTAACAGAACATCCAATCCTGGTAATGGAAACATCACTTCATATACTTCTCTGCAATGGTATGAGTCTGGTGGTTACTGGAGAGTCTTTGATGGTTCTGTTGATAGAAGACTTGTAACAGAATCTGAGACTCAGATTCTTACCAACAAAACTCTAAACTCTCCAACACTTAATAATCCTAGTATTGGTGCAGCAACTGCAACCAGTATCAATGGTCTTGATATTACCAGCACTGCATCTGCAACACTTACTGTTGCTTCTGCAAAAACATTAGAAATTCAAAGAGATCTGATTCTTACATCAGATAATAGTGCTTCATCTATTACTACAAACCTTAGACAGGGTGGTAATGTAGCATATACATCTGATACTCTTGCATCATTTGCTGCTACTACCGCAACACAGATTCGTGGTGTCATTACAGAGACTACTGGTACTGGAGATCTTGTTTTTGGAACTAATCCGATTATTGATACAGGATTGAGAACGACTTCTAGTGGTTTCAATCTACTGAACTCTGGTGCAACAAACATTCAATTTGGTGGTGTAGCAACACAGATTGATATTGGTGCTGATACTGGTACTACAACAATCAGACACGATTTAGTTGTAGAAGATGACTTGACTGTTGGTACTACATCGGGTGATAACTTTGTATGTAATGCCACATTCAACTCTGCTAATGCTGACATCTTAATTCGCGGCGGTGCAACTGACCCAATGCGAGTTGGTAGAGGTGTTGGTGCAGTTAATACTAATACTGTCCTGGGTGTTCGTGGATTAAACAGTGTTACTTCTGGATCTCAAAATACCTCTATTGGATTTGAATCTCTGTTAACAGTAAATGCGGGTGCAGCGAATACCGCAATTGGTAATAGAGTATTGAGAGCAACTGGTGTTGGTGACAAGAATGTTGGCATCGGTAGTGATGTCATGCTGGTCAACCTTTCTGGTTCTAAGAATGTTGGCATCGGTAACAATTCTCTGGAGACATTATCTACTGGAGATGCCAATGTTTGTATTGGACACTATGCAGGTTATGGTGCTCTTGGAACAGGTAATGTTATCATCGGTCCTGCGGATGATGAGAACTCTACAAACGCAACATTCCAACCACCTAATGTATCTGGTAATAGACAACTAGTCATTGGTTCTGGTACTGAGTATTGGATTCAAGGTGACTCTACATTCAATGTTACATTGAACAATGATGTAACAGTAAACAATGACATGACTGTCAAGGGTGACTTGACAGTTGAGGGTGTCACTACCAGTGTTGAGTCAAACATTGTTCAAATTGCTGACAAGAACATTGAACTTGCTTCTGTTGTTAGTACAACATTCAGTGCAGTTTGTGTTGATGGAACTCCTAACCTAACTGGTGTTACTCCTACATCTGGATTGATTCCTGGAATGGAAGTCACCACTGGTCAGGTTGGTATTACTATCCCAGCAAATACTGTAATTGATAGTATTACTGGTAACACAATTGTTCTTAGTGCTAATATTGTTGGTAGTGGTACTGTTACATTTAATGGTATTGGTCCTAGTGATCTCTCAGCTGATGGAGGTGGACTTACCGTTAAGGGTGGCACAGACAAGACCTTCCAGTGGAGAGGTATTGATGGTGGTGTTACTTACAATGCTTGGACATCATCTGAGAATATGGATCTTGCCACTGGTAAGAAATTTAGAATTGGTAGTACAGACATTGCAAGTGAGACACAGATTGGTCCAGCAACAGGAACACTTTCTCTTGGTGCTGGTGTAACAACATCTTCATTGACTTCACTTGGAACTCTTACTGCACTTACTGTTAATGGTATTGGAACTTTTGGTGGTGATCCTCTTAGTGCTGCTGGCATCCAACTAAACGGAAGTGTAGGAAGGATTAGAGTTGGTAGAAGTGGTAATGTATTTGAAGCATATAATGGAAGTGATAACACAGTAAGAGCATCTATTACTGGTGCTGGTGCGGCAGATTTTACATCACTCACAGTATCTGGTGATGCTAATTTTGATAGTGGATCATTGTTTGTTGATGCCTCTACAAATAATATTGGTATTGGTACAACTCTTCCTGTATATGCTCTAACAATTGAAAGAGACACACCATACTTTAGAGTAAACAATACTAATGCTAGTGTTCCAGCGGATGAGAGTGTTTGGGATTACAATGCTGGCACCGATGGTATCCTTAGATTCCGCTGTGTAGATGATGCCCAATCATCAGCAACAAATTGGCTCACTGTAGATAGAAATGGAGCAACTCCAACTTCTGCTAACTTCAACCTTAATGTATTGCCATCATCCAATGAGAGTAAAGATCTCGGATCAAACACTGCTCGCTGGAATAATGTTATCTCTAAAAACTTCCGTTTTAATGCATTAGGATTGATTACATACAACACCGTTGCCAATACAATGGAGTTTGAAGTTAATGGTGGTCAGGTAGCAGAATTTACTTCTGGTGGTGCTTTTGTTCCTAATGCAGACAACACAAGAAATCTTGGTGCTGCTTCTCGTCGTTGGGCAAACATCTACTCTGCTGACCTTCAACTATCTAACGAAGGTGCTGCTAACGAGGTAGATGGAACTTGGGGTCAATACACAATTCAAGAGGGTGAGGAAGACCTCTTCCTAATAAATAGAAGGAGCGGTAAGAAGTACAAGTTCATGCTTCAGGAGGTTCAGTGA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
d94b232c78928500484de501d8fc8d791ea907d64f530f68e3887d976c6839f4
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,6374
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50