Protein

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Genbank accession
AIX38078.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,70
Protein sequence
MTINKVSQVSREQLPQFIDDGFPLFGKFIEYYYKSQEKTGLGQNILNNFLNYMDIDKLNVDILDGATTIVEDITTSSSTIVVENIDSFLENNGSVLVGDEVIFYERAVASPSIALSPGISFEEVQLKEITLAQIADLFDGSRQIFPLTTQNNPVSAPSPQHLQVTLYGELLVPLDDYNVDGTNITFVNPPRARTASDDISTIQIKYFNGFVESEIVRLDNISGGFNDETVSFPVTKDSIDYKPEIDEYILATYDGSRLIAKNDFTFDGNLITFNFTPLPGRKLTLYSIEAPIPSFGSGAIGFSRVNNNGELVSVAVGENGSNYRFEYPPKVSIKDNNGQGSGGSAVALINGVKSVSLLDGGFGYSDTNPPTVFVEAPTTVDSKLPKIKASVTNGSISSLEIEESGSGYTFTPRLSFVQPGGAKLATPTIISGSISGDIAITDGGSGYTTSPTVYVDFPTGEDSIRASLRANLVDGKVSSITVLNPGQGYETAPRVAIVDPVGAQVLETRVDADGRVISIELLDGGSGYEDVPSVYIVDDRQDPVTGNYSGGTGATAVCAIFNGQITDINITNFGTGYSADAPPSIVIQAPPKAEASVVVGLSEITGFEVINSGSNYSKCKLEGCARAVSGMVNYNQVGNAEFSNDTTAVAHQSGEVVKCLDALFIKRLLDKYIEQYLPDVPELDYKNIDVRSAIKNIKTFYSTKGTSFSIAYLFKLLYGENVSISYPKDQLIKPSASTWATNTILRAKLVSGNPQNIKDATLIQEADIADPNVQDASALVENFISIKTSEFDIYELILSQETIEGNFTVPYKSRLAEELVEGDLIITVDSTIGWPERNGELIINDTEIVRYKEKSLNQFIECTRDTNSSGETTWDAATEIRSIFRVYLNKGTLTEVVMDIVGIVDAQQTTLSDTGSYYLPGDKLTVSKLGGSSVDPQLTTWLYNVKKLIEVETITYGGINNSFATVTCSAPHGLLVGDQVTVYGANPIIYNGTFLVTSRDSTTIFQYNLPQPAVVEPQGNILISVDLNKGKSENDAIRKTIAPYTTNIQNTFFNAEHVYVASTGIPNYNIGPFLGSALLPGNQRKLNRFPLNVQTISTKSEITPGSIGTWVNGVSVWSYKSPQTKTFGAVTGVSILNSGSNYDAANPPTITIAGGGGSGASSTVVVDGSITAIEVDQGGSGYTSSPLVSIVGGNGSGASATAIITRGVVSRILVNNGGSGYTSQPEITIVGGDGSGAAATAQVRGPVESVNIIDGGASYTSMVVMDLVLLLQHK
Physico‐chemical
properties
protein length:1274 AA
molecular weight: 136017,45740 Da
isoelectric point:4,50292
aromaticity:0,08242
hydropathy:-0,06099

Domains

Domains [InterPro]
DC_0042
ATT
1–439
DC_0042 DC_1338 IPR023366 DC_1338
IPR001763
RBD
351–373
IPR001763 DC_0832 DC_1338
AIX38078.1
1 1274
Architecture
ATT
ATT 1-1268 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-MbCM6
[NCBI] 		3126011 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Namakavirus > Namakavirus smbcm6
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AIX38078.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
KJ019128 [NCBI]
CDS location
range 50778 -> 54602
strand +
CDS
ATGACAATCAATAAGGTTTCCCAAGTATCTAGAGAGCAACTACCTCAGTTTATCGATGATGGATTTCCACTATTTGGAAAATTCATTGAGTATTACTACAAATCGCAGGAGAAGACAGGTTTAGGACAAAATATCCTAAACAATTTTCTAAACTACATGGATATCGACAAATTAAATGTCGATATTCTTGACGGTGCAACAACAATTGTAGAAGACATCACTACATCATCTTCTACGATTGTTGTTGAAAACATAGACTCTTTCTTAGAAAATAACGGAAGTGTTTTAGTTGGTGATGAAGTCATTTTTTATGAAAGAGCAGTTGCTTCACCAAGTATTGCTTTAAGTCCTGGTATTTCTTTTGAGGAAGTACAATTAAAGGAAATCACCCTTGCTCAAATTGCAGATCTTTTTGATGGATCAAGGCAAATCTTTCCTCTTACAACTCAAAATAATCCTGTCTCTGCCCCTTCGCCTCAACATTTACAAGTCACCTTATATGGTGAATTATTAGTACCTTTAGATGATTACAATGTAGACGGTACAAATATTACCTTTGTAAATCCACCTAGAGCAAGAACTGCATCTGACGATATTTCTACGATTCAAATTAAATATTTCAACGGATTTGTTGAAAGTGAAATTGTAAGGCTGGATAATATTTCTGGCGGTTTTAATGATGAGACCGTATCATTTCCTGTTACTAAAGATTCTATTGATTACAAACCAGAAATTGACGAGTATATTCTTGCGACTTATGATGGAAGTCGCTTAATTGCTAAAAATGACTTTACATTTGATGGAAATTTAATTACATTTAATTTTACTCCACTTCCAGGAAGAAAGTTAACTTTATATTCTATTGAAGCTCCTATTCCAAGTTTTGGTAGTGGTGCCATTGGATTTTCTAGGGTTAATAATAACGGTGAATTAGTATCAGTTGCAGTTGGTGAAAACGGGTCAAATTATAGATTTGAATATCCTCCTAAAGTTTCTATCAAAGATAATAACGGACAAGGGTCTGGCGGATCTGCTGTAGCACTAATTAATGGTGTTAAATCAGTTTCTCTTCTTGATGGGGGATTTGGTTACAGTGATACCAATCCACCTACAGTTTTTGTTGAAGCACCAACAACAGTTGATTCAAAATTACCAAAAATTAAAGCATCAGTTACAAATGGATCTATTTCTTCTTTAGAGATTGAAGAATCTGGAAGTGGATATACTTTCACACCAAGACTGTCGTTTGTCCAACCTGGAGGAGCAAAACTTGCTACTCCGACGATTATATCTGGATCTATTAGTGGTGATATTGCTATAACTGATGGTGGATCAGGATATACAACTTCTCCGACTGTTTATGTTGATTTTCCTACTGGCGAAGATTCAATTAGAGCAAGTTTGAGAGCAAACTTAGTGGATGGAAAAGTTTCCTCCATTACAGTTTTGAATCCAGGACAAGGATATGAAACTGCACCAAGAGTTGCAATTGTTGATCCTGTAGGAGCACAAGTTTTAGAAACTAGAGTTGATGCAGATGGAAGAGTAATCTCCATTGAATTGCTGGATGGTGGATCTGGTTATGAGGATGTGCCATCGGTATATATTGTTGATGATAGGCAAGATCCAGTTACAGGTAACTACTCTGGTGGCACAGGTGCAACTGCAGTATGTGCTATTTTCAATGGTCAAATCACCGATATCAATATTACCAATTTTGGCACTGGATACAGCGCCGATGCACCTCCATCTATTGTAATTCAAGCACCACCCAAAGCAGAAGCTTCTGTTGTTGTTGGTTTAAGTGAAATTACGGGTTTTGAGGTAATCAATTCTGGTAGCAATTATAGTAAGTGTAAATTAGAAGGATGTGCCAGAGCCGTAAGTGGCATGGTAAATTACAATCAAGTTGGTAATGCTGAATTTTCCAATGATACTACTGCAGTAGCACACCAATCAGGTGAAGTAGTTAAGTGTTTGGATGCTTTGTTTATTAAGAGACTTCTAGACAAGTATATTGAGCAGTATCTTCCTGATGTCCCAGAATTAGACTACAAAAATATTGATGTAAGATCTGCAATTAAAAATATCAAGACCTTTTATTCTACAAAAGGCACTTCATTTAGTATTGCATACTTATTCAAACTTCTTTATGGTGAAAATGTAAGTATTAGTTATCCAAAAGATCAATTAATCAAACCATCTGCATCTACTTGGGCAACAAATACAATCCTTAGAGCAAAACTTGTATCTGGCAACCCTCAAAACATTAAAGATGCAACATTAATCCAAGAAGCAGATATTGCAGATCCAAATGTGCAAGATGCTTCTGCTCTTGTGGAAAACTTCATTTCTATCAAAACTTCCGAGTTTGATATTTACGAATTGATTCTTTCCCAAGAAACAATTGAAGGAAATTTCACAGTTCCTTACAAATCCAGACTTGCAGAAGAATTGGTAGAAGGAGATCTAATCATCACCGTTGACTCCACTATTGGATGGCCAGAAAGAAACGGCGAACTCATTATTAATGATACTGAAATTGTAAGATATAAGGAAAAATCTTTAAACCAGTTTATTGAATGCACTAGAGACACAAATAGCAGTGGTGAGACTACCTGGGACGCTGCTACAGAGATCAGATCTATCTTTAGAGTATATCTAAACAAAGGGACCTTAACAGAGGTCGTAATGGATATTGTGGGCATTGTTGATGCTCAACAAACTACACTGTCTGACACAGGATCTTACTATCTTCCTGGAGACAAACTTACTGTATCTAAGTTAGGAGGATCTTCAGTAGATCCTCAACTAACAACTTGGTTATATAACGTTAAAAAACTAATTGAAGTTGAAACTATCACTTATGGTGGTATTAATAACAGTTTTGCAACAGTTACCTGCTCTGCACCTCATGGTCTTCTGGTTGGTGATCAAGTAACTGTTTATGGTGCAAATCCAATCATCTATAACGGCACATTTTTAGTTACATCTAGAGATTCCACAACGATATTCCAATATAACTTGCCTCAACCTGCTGTGGTTGAGCCTCAAGGCAATATCTTGATTTCGGTCGATCTAAACAAAGGTAAATCTGAAAATGATGCAATTAGAAAGACAATTGCGCCATATACAACCAATATTCAGAATACCTTCTTCAATGCAGAGCATGTTTATGTAGCATCTACAGGTATTCCAAACTATAATATTGGTCCTTTCCTGGGATCTGCACTTTTACCTGGCAACCAAAGAAAATTAAATCGTTTCCCATTAAATGTCCAAACAATTTCAACTAAGAGTGAAATTACACCTGGATCTATTGGCACATGGGTTAACGGCGTTTCTGTATGGTCTTATAAATCACCACAAACAAAAACCTTTGGTGCTGTAACGGGTGTTAGCATTTTAAATTCAGGATCTAATTATGATGCAGCAAATCCACCAACAATTACGATTGCTGGCGGTGGTGGTAGTGGAGCATCTTCAACTGTAGTTGTTGATGGATCAATTACAGCAATTGAGGTAGATCAAGGTGGATCTGGGTATACATCCTCTCCACTTGTTTCTATTGTTGGTGGTAATGGATCTGGTGCATCTGCTACTGCAATTATCACTAGAGGTGTTGTATCTAGAATTCTTGTCAATAATGGAGGGTCTGGATATACTTCTCAACCCGAAATTACTATTGTTGGTGGTGATGGATCTGGTGCTGCTGCTACAGCACAAGTAAGAGGTCCAGTCGAGTCTGTTAATATTATCGATGGTGGAGCATCTTATACTTCTATGGTGGTGATGGATCTGGTGCTGCTGCTACAGCACAAGTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
30e1557325be08c27803c5afe62b0320970c61ef104af78d961af08fe705a604
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,2698
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Ecological redundancy of diverse viral populations within a natural community Gregory,A.C., LaButti,K., Copeland,A., Woyke,T. and Sullivan,M.B. 2015-03-20 — GenBank