Protein

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Genbank accession
QNR52053.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein
RBP type
TF
Evidence Phold
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,91
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,96
Protein sequence
MADYKLSQLNSIDTIRSEDLLHIRVKKRPEMLGDEDRRMTYQDFLASFKLERFVQIAGSTMVGDLGIVKLLYGGKAVFDPTDSSEITIGDILKTFKINSNGLKLTIADASRSATVYHTLNKPSPNELGMRTNEENDARYARLAVTNNFSIRQAIVTDGEQLTLKKATNAGASYIQGRDANNQQTWYVGQGNANSTNVYLYNHATGAMLTLDATAAFNKSLRITGQVQPSDFSNLDARYFTQTVANQRFAQLAGNNTFTGANTFRTMSIISNAAAITLQCASANESLYLLAKDYQGGNLWYVGKGSSGDGVTIYNYTTNTSLVLDAAGVSANKNVRITGQVQPSDWANIDSRYIPAGTLSNLAKLSDVNTFRSAQVIKQNGPVLQLRNTIQDRELYISAHNADDVRKWYIGNGDANPARLIIHNDRTATTIYMQDDFLLNKTVRITGQVQPSDFSNLDARYYTQSVANSRYMLAVSTGSGTEVGDGDGIAWNARTGLYNVTGKSGGSTQLVYQMFIGGGSTPTAQLKFSYGNGGISYRTARDGYGFEKAWAKIYTDQDKPTPSDIGAYTKAETDQKIAEAISDSTDLNKIYPVGIVTWFNSNVNPNTALPGLTWTYLNNGVGRTIRIAAANGSDVATTGGSDSVTLSVGNLPSHTHSFSATTSSFDYGTKTTNTTGNHAHNRGNMEISGVVGWFRSDSSAFYTASGAFQMGSSQASHGFTGSNFTYGAAADFHASRTWTGVTNTTGNHSHTVGIGAHSHTVSGNTGGTGSGSAFSVTNQFYKLMAWVRTA
Physico‐chemical
properties
protein length:789 AA
molecular weight: 85133,10030 Da
isoelectric point:8,64284
aromaticity:0,09506
hydropathy:-0,37541

Domains

Domains [InterPro]
DC_0032
ATT
1–264
DC_0032 G3DSA:6.20.80.10 DC_1993
G3DSA:6.20.80.10
STR
157–218
G3DSA:6.20.80.10 DC_1993 G3DSA:6.20.80.10 IPR022246
IPR048388
ATT
158–247
IPR048388 IPR048388 IPR048388
QNR52053.1
1 789
Architecture
ATT
STR
ATT
STR
ATT
STR
ATT 1-264 | STR 265-274 | ATT 275-358 | STR 359-381 | ATT 382-473 | STR 474-785 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Escherichia coli phage vB_EcoM_Shy
[NCBI] 		2769805 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
QNR52053.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
MT833282.1 [NCBI]
CDS location
range 53060 -> 55429
strand +
CDS
ATGGCAGATTACAAATTGAGTCAATTAAACTCAATCGACACAATTCGTTCAGAAGACCTATTGCACATCAGAGTTAAGAAAAGACCTGAAATGTTGGGTGACGAAGACCGTAGAATGACCTATCAAGACTTCTTAGCTTCCTTCAAACTAGAAAGGTTTGTTCAGATTGCTGGGAGTACTATGGTTGGGGATTTAGGTATTGTCAAGTTACTTTACGGTGGCAAGGCTGTATTTGACCCAACAGATTCTTCTGAGATTACTATTGGGGATATTTTAAAGACTTTTAAAATTAACTCAAATGGTCTTAAACTCACTATTGCAGATGCTTCAAGGTCGGCAACTGTTTATCATACTTTGAATAAACCAAGCCCTAATGAACTTGGTATGAGAACTAATGAAGAGAATGATGCAAGATATGCAAGGCTTGCTGTCACAAATAACTTCAGCATTAGGCAAGCAATCGTAACTGATGGTGAGCAGTTAACTCTTAAGAAGGCAACCAATGCAGGTGCTTCATATATTCAAGGTAGAGATGCTAATAACCAGCAAACTTGGTATGTTGGACAGGGAAATGCAAACAGCACTAATGTTTATTTGTACAATCATGCTACTGGTGCAATGTTAACCCTTGATGCAACAGCAGCATTTAATAAGTCACTTAGAATCACTGGACAAGTTCAACCTTCAGATTTCTCTAACTTAGATGCTAGATACTTCACTCAGACAGTTGCTAATCAGAGATTTGCACAGTTAGCTGGTAATAACACTTTTACAGGTGCTAATACATTTAGGACTATGAGTATTATCTCAAATGCTGCTGCTATCACACTACAATGTGCATCAGCAAATGAATCCCTGTATCTACTTGCAAAAGATTATCAAGGTGGTAACTTATGGTATGTTGGTAAAGGTAGCTCAGGTGATGGTGTAACTATCTACAACTATACCACTAACACCTCTTTGGTCTTAGATGCTGCTGGAGTATCAGCAAATAAAAATGTCAGAATCACTGGTCAAGTTCAACCTTCTGATTGGGCTAATATTGACTCTAGATACATTCCAGCAGGGACTTTGAGTAACCTTGCTAAACTGAGTGATGTGAATACTTTTAGGTCTGCGCAAGTTATTAAACAGAATGGTCCAGTGTTGCAGCTAAGGAATACTATTCAGGACAGGGAGCTATATATCTCTGCTCATAATGCTGATGATGTTAGAAAGTGGTACATCGGTAACGGGGATGCTAACCCAGCAAGGCTTATTATCCACAACGACAGAACTGCAACTACGATTTATATGCAAGACGATTTCTTGCTGAATAAAACAGTTAGAATCACTGGTCAAGTTCAACCTTCAGATTTCTCTAACTTAGATGCTAGATATTATACGCAATCTGTTGCGAACTCTAGGTACATGCTTGCTGTATCTACTGGTTCTGGTACAGAGGTTGGTGATGGAGATGGTATTGCTTGGAATGCTAGAACTGGTTTGTATAATGTTACAGGGAAATCTGGCGGTTCAACACAACTGGTTTATCAGATGTTTATCGGTGGTGGTTCAACACCAACTGCACAGTTGAAGTTTAGCTACGGGAATGGTGGTATTTCGTACAGGACAGCACGAGATGGGTATGGTTTTGAGAAGGCATGGGCTAAAATCTATACAGACCAAGATAAACCAACACCTTCAGATATTGGTGCATACACTAAAGCAGAAACTGACCAGAAGATTGCAGAAGCAATTAGTGACTCTACAGACCTGAATAAAATCTATCCAGTAGGTATTGTAACGTGGTTTAACAGTAATGTTAACCCTAATACAGCACTTCCTGGGTTAACTTGGACGTACCTGAACAATGGTGTTGGCAGAACTATTAGAATTGCAGCAGCAAATGGTTCAGATGTTGCTACAACTGGTGGTTCAGACTCTGTAACGTTATCTGTTGGTAACTTACCTTCACACACGCATAGTTTCTCTGCTACCACTTCATCATTTGATTATGGTACTAAGACGACAAATACGACTGGCAACCATGCTCACAATAGAGGTAACATGGAAATTTCTGGTGTGGTTGGTTGGTTCAGAAGTGATAGCAGTGCATTCTACACTGCGAGCGGTGCGTTTCAGATGGGTAGTTCTCAGGCTTCACATGGCTTCACAGGCTCTAACTTCACTTACGGTGCTGCTGCTGATTTCCACGCGTCAAGAACTTGGACAGGTGTAACCAACACAACAGGTAACCACAGCCACACTGTTGGTATTGGTGCTCACAGCCACACAGTTAGCGGTAACACTGGTGGTACAGGTTCTGGTTCAGCATTTAGTGTTACTAACCAGTTCTACAAGTTAATGGCTTGGGTAAGGACTGCTTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
fb32f709fb64de7f9b358ff76c56dd21402905365b9e76a2b53da8658fac9317
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,2984
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Bacteriophage control of Shiga toxin-producing E. coli from an in vitro safety perspective Pinto,G., Minnich,S.A., Hovde,C.J., Smidt,H., Almeida,C. and Azeredo,J. 2020-08-18 — GenBank