Protein
View in Explore- Genbank accession
- AUO78257.1 [GenBank]
- Protein name
- RCC1 domain-containing protein
- RBP type
-
TSP
- Protein sequence
-
MKENKLIQRGRYFDTIYEIEDFEPEFDKYDFVKMFTSKYIDCTYGLKSDETLWVTGNNQVVGKYSPRNNNISRRVDTFTKIDGVSNIKDIAIGSEHTVILKKDGTLLGVGQNSNGALGLGGDITVATTFTKLPIEDVVKVVVGSGLTIALKSNGELYFTGYNGSQQFDNLENTNTFIKLSITDVKDIDCGDGFTFILKTNGELYSCGSNSYGQLGLGDNTNRNTFTKVNIDNVKEISCGRYNSFIIKNDDSLYGCGYNTEGQLGLGDITNRNVFTNMALNVKKVVYGINSTIILKNDDSLYGCGRNTYGQLGLRNVPNPKTFIKIGINNIKDIYCGNNHTIMIRNDNKLLFCGTNRESQIGNPNNINYPVDVFTEYKSAEVLGYNKSVTMNNKNYLIKENGDYICYGNIKKIVSVEGSTYALLENGELWVSGNNTDGQLGLNHKVTQNYFTRVPIDNIRDVVCGAYYAFIIKNDDTVWVTGLNNSGQLGTGNTSQLQKFTKISIDNVKKIACGRSHVLILKNDNSIWGAGAGYYLGIGTTSSTGITSFTKVPIDDVRDIACGYECSIILKNDNSIWGAGANHSGQLGKTSNNSVEKYFIELSINKAVKVKEIYCGIYHTLILKTNGELYGCGSNTQGQLGRRISTDKLEQFTLIETDTTHICNNHCESYNTLIIDSIGRLKATGQNNYNQLGLENNKTTLIESFTPTNIVIGQGNNRYIAGGSDCTFLVKTDGKVYGIGNRLNGRFGTGSDSVAASTFTRIGFEFNSTEIDYNNDFRIATTNVNDYMSVFLKKSNGELYGVGNNTYGQLGIGNNSTCHYFYPINIKNIKDVICGLNYTLILKKDGELLVTGNTSSQKALDTKTLLTSEPYRFNQVSTISNVEKVVCGSLIVFALLGDGRLYSTGTNTYGQLGLGDIANRDSFARVNINNVKEIACGISHTLILTSNGELYATGRNDEGQLGLGDNTNRNTFTKVNINNVRKVICGAYYTLVLTNDGELYATGRNKEGQLGLGDIVNRDTFTKVNIDNVKEISCGLDHTLVLKNNGELYGCGSNGQGQLGLGDNTGRNTFTKINIDNVKGINAGGRSSYIYKNDGSVFSTGQNTYGLLGLGDVTNRNIFTKVNIKIFDFEKITDCIVNNNFNLVNNKFLIPTKDTKYQHYVTSSDDFNYNEILGSQYPVSPYANEVLELPFNNIKEFWMSKTHSLIVNTDGELYGCGKNTYGQLLNPLTTTSLLEFTKLNFDNIKQASCGNGFSYFVRNDGALFSCGLNSNGQLGLGHNNDVSEPQLITTISNVKKVMCDNNFTLALLNNNELYAQGYNRFGNFGLGEEKKDTIIPLFTKIATNVEDVEIGTNYILLRKTDNTVYISGRIRDCYNIEENNIYVFNEIKTPSSIYKENLVWVNPVNDETVSLIYKVNSVNSTIEIIEKTISGIKLKINDDGNEIIKIEMYINNELITTMTEFTNKYSQFTIPLDKLVLGRNNIVFKGYDNFKGNIYTSLTINKENNSIYVSENSSLLINGKRYTVQSVSESEGKVTVNLDRGLEGNVNVGDIIYQLINRLNVQIKTNNTGMHKDAKLLEMKKVDTGYQEIYEFKENGIKEVEPKIIVNGNEDTAIKRPSMIFSIDETTL
- Physico‐chemical
properties -
protein length: 1627 AA molecular weight: 180287,49690 Da isoelectric point: 5,90423 aromaticity: 0,09342 hydropathy: -0,34087
Domains
Domains [InterPro]
IPR009091
STR
18–176
STR
18–176
IPR009091
STR
43–369
STR
43–369
IPR058923
STR
52–372
STR
52–372
IPR000408
STR
201–249
STR
201–249
IPR000408
STR
571–625
STR
571–625
IPR000408
STR
796–844
STR
796–844
1
1627
Architecture
STR 18-1404 | RBD 1405-1627
Legend:
ATT
STR
RBD
CBM
LEC
ENZ
CHP
LNK
TAS
TTP
UNK
Unmapped
Tail Spike Domain Segmentation
Tail Spike Domain Segmentation
This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.
Domain Layout
1
1627
| Domain | Start | End | Length (AA) | Confidence |
|---|---|---|---|---|
| N-terminal | 1 | 10 | 10 | 0,1910 |
| Central domain | 11 | 279 | 270 | 0,7206 |
| C-terminal | 280 | 1627 | 1347 | 0,1816 |
Note: Constraints were applied during segmentation.
Sequence started with non-N-terminal domain
Sequence started with non-N-terminal domain
Legend:
N-terminal
Central domain
C-terminal
3D Structure with Domain Coloring
The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).
Domain Coloring
N-terminal
1-10
1-10
Central
11-279
11-279
C-terminal
280-1627
280-1627
Taxonomy
| Name | Taxonomy ID | Lineage | |
|---|---|---|---|
| Phage |
Clostridioides phage LIBA6276 [NCBI] |
2069614 | Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes |
| Host |
Clostridioides difficile [NCBI] |
1496 | cellular organisms > Bacteria > Bacillati > Bacillota > Clostridia > Peptostreptococcales |
Coding sequence (CDS)
Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AUO78257.1
[NCBI]
Genbank nucleotide accession
MF547662
[NCBI]
CDS location
range 43489 -> 48372
strand +
strand +
CDS
TTGAAAGAAAATAAATTAATACAGCGTGGAAGATATTTTGATACTATTTATGAGATTGAGGATTTTGAACCAGAATTTGATAAATATGATTTTGTTAAAATGTTTACTTCAAAATATATAGACTGTACATATGGTTTGAAATCTGATGAAACATTGTGGGTAACAGGAAATAATCAAGTGGTTGGAAAATATAGTCCAAGAAATAATAACATTTCACGTAGAGTAGATACATTTACAAAAATTGATGGGGTATCCAATATAAAAGATATTGCAATAGGAAGTGAGCATACTGTAATTTTAAAAAAAGATGGAACTTTATTAGGTGTTGGTCAAAATTCAAATGGAGCATTAGGGCTTGGGGGAGATATTACAGTAGCAACAACTTTTACTAAACTACCTATAGAAGATGTTGTGAAAGTTGTTGTTGGAAGTGGACTTACTATAGCATTAAAATCTAATGGAGAGTTGTATTTTACTGGTTATAATGGTAGTCAACAATTTGATAACTTAGAGAATACAAATACTTTTATTAAATTATCAATAACAGATGTAAAGGATATAGATTGTGGTGATGGTTTTACTTTTATATTAAAAACTAATGGGGAATTATATTCATGTGGTAGTAATTCATATGGACAATTAGGACTAGGAGACAATACTAATAGAAATACTTTTACTAAAGTTAATATAGATAATGTAAAAGAAATATCTTGTGGTAGATACAATTCATTTATAATAAAAAATGATGATTCTTTATATGGATGTGGATACAATACAGAAGGTCAATTAGGATTAGGTGATATTACCAATAGAAATGTATTTACCAACATGGCTCTTAATGTAAAAAAAGTTGTATATGGAATAAATTCTACTATAATTCTAAAAAATGATGATTCTTTATATGGATGTGGACGAAATACATATGGACAATTAGGTTTGAGAAATGTTCCTAATCCTAAAACATTCATTAAAATTGGTATAAATAATATAAAGGACATATATTGCGGAAATAATCATACGATTATGATAAGAAATGATAATAAACTTTTATTCTGTGGAACTAATAGAGAATCACAAATAGGCAATCCAAATAATATAAATTATCCTGTAGACGTATTTACAGAATATAAAAGTGCTGAGGTGTTGGGATATAATAAATCTGTTACCATGAACAATAAAAACTATCTTATAAAAGAAAATGGGGATTATATTTGTTATGGAAACATAAAAAAAATTGTATCTGTTGAAGGTTCGACTTATGCATTACTAGAAAATGGTGAACTATGGGTATCTGGGAATAATACAGATGGACAATTAGGATTAAATCATAAAGTAACTCAAAATTATTTTACTAGAGTTCCAATAGATAATATAAGAGATGTTGTTTGTGGTGCTTACTATGCTTTTATAATAAAAAACGATGATACTGTATGGGTGACTGGACTTAATAATTCTGGGCAATTAGGAACTGGCAATACTTCTCAACTACAAAAATTTACAAAAATCTCCATAGATAATGTAAAAAAAATTGCATGTGGTCGTTCTCATGTTTTAATATTAAAAAATGATAATAGTATATGGGGTGCAGGAGCAGGTTATTATTTAGGAATAGGTACTACTAGTAGTACAGGTATAACATCCTTTACAAAAGTTCCTATAGATGATGTAAGAGATATAGCATGTGGATATGAATGCTCTATAATATTAAAAAATGATAATAGTATATGGGGTGCAGGAGCAAATCATAGTGGTCAATTAGGGAAAACCTCAAATAATAGTGTGGAAAAATATTTTATAGAATTATCTATAAATAAAGCAGTAAAGGTGAAAGAAATATATTGTGGGATTTATCATACATTAATATTGAAAACTAATGGAGAATTATATGGATGTGGTAGTAATACACAAGGACAATTAGGAAGAAGGATTTCTACAGACAAATTAGAACAATTTACTTTAATAGAAACTGATACCACTCATATATGTAACAATCATTGCGAATCATATAATACACTTATAATAGATTCTATCGGAAGGTTAAAAGCTACTGGTCAAAATAATTATAATCAATTAGGTTTAGAAAATAATAAAACTACACTAATAGAAAGTTTTACTCCTACAAATATTGTAATCGGACAAGGTAATAATAGATATATTGCTGGTGGTAGTGATTGTACATTTTTAGTAAAAACTGATGGTAAAGTGTATGGTATAGGAAATAGACTTAATGGAAGGTTTGGTACAGGTTCAGATAGTGTAGCAGCATCTACATTTACAAGAATTGGTTTTGAATTTAATAGTACAGAAATAGACTATAATAATGATTTTAGGATAGCAACTACTAATGTAAATGATTATATGAGTGTCTTTTTAAAAAAAAGTAATGGAGAATTATATGGTGTGGGGAATAACACATATGGTCAATTAGGTATCGGAAACAATTCTACATGTCATTACTTTTATCCAATAAATATAAAAAATATAAAAGATGTGATATGTGGATTAAATTATACCTTAATATTAAAAAAAGATGGAGAGTTATTAGTTACAGGTAATACTTCAAGTCAAAAAGCATTAGACACCAAAACCTTGTTAACTAGTGAACCGTATAGATTTAATCAAGTGAGTACTATAAGTAATGTAGAAAAGGTTGTATGTGGTTCACTAATTGTTTTTGCGTTACTTGGTGATGGAAGATTATATAGTACAGGAACTAATACATATGGTCAATTAGGATTAGGTGATATTGCCAATAGAGATAGTTTTGCAAGGGTCAATATAAATAATGTAAAAGAAATTGCGTGTGGGATAAGTCATACATTAATATTAACAAGTAATGGAGAATTATATGCCACAGGGAGAAATGATGAAGGTCAATTAGGACTAGGAGACAATACTAATAGAAATACTTTTACTAAAGTTAATATAAATAATGTAAGAAAAGTAATATGTGGTGCTTATTACACATTGGTGTTAACAAATGATGGAGAATTATATGCTACTGGAAGAAATAAAGAGGGGCAGTTGGGACTAGGTGATATTGTTAATAGAGATACTTTTACTAAAGTTAATATAGATAATGTGAAGGAAATATCCTGTGGTCTTGACCATACATTAGTATTGAAAAATAATGGAGAATTATATGGATGTGGGAGTAATGGACAGGGGCAATTAGGATTAGGAGATAACACTGGCAGAAATACTTTTACTAAGATTAATATAGATAATGTTAAAGGTATTAATGCAGGTGGTCGTTCATCTTATATTTATAAAAACGATGGAAGTGTTTTTTCTACTGGACAAAATACATATGGATTATTAGGATTGGGTGATGTTACTAACAGAAATATTTTTACTAAGGTTAATATTAAAATTTTTGACTTTGAAAAAATAACAGATTGTATAGTCAATAATAATTTTAATTTAGTAAATAATAAATTTTTAATACCTACAAAAGATACTAAATATCAACATTATGTAACTTCGTCTGATGATTTTAATTACAACGAAATACTAGGCTCTCAATATCCTGTTTCACCTTATGCTAATGAAGTATTAGAATTGCCTTTCAATAATATAAAAGAATTTTGGATGTCTAAAACACATTCTTTAATTGTTAATACTGATGGAGAATTATATGGATGTGGTAAAAATACTTATGGACAATTATTAAATCCATTAACAACAACTTCTTTGCTAGAGTTTACTAAGTTAAACTTTGATAATATTAAACAAGCTTCATGTGGAAATGGATTTTCATATTTTGTTAGAAATGATGGAGCTTTATTTTCTTGTGGTTTAAATTCAAATGGTCAATTAGGACTGGGTCATAATAATGATGTTTCTGAACCTCAACTGATTACAACAATATCTAATGTAAAAAAAGTAATGTGTGATAATAATTTTACATTAGCTTTATTAAATAACAATGAATTGTATGCACAAGGATACAATAGATTTGGTAACTTTGGTTTAGGTGAAGAGAAAAAAGATACTATAATACCTTTATTCACTAAAATTGCTACAAATGTGGAAGATGTAGAAATAGGCACTAATTATATTTTACTTAGAAAAACAGATAATACAGTTTATATTAGTGGTAGAATAAGAGATTGTTATAATATAGAAGAAAACAATATATATGTTTTTAATGAAATTAAAACACCTTCTAGTATATACAAAGAAAATTTAGTATGGGTTAATCCTGTAAATGATGAAACTGTATCTTTAATTTATAAAGTAAATTCAGTTAATTCAACTATTGAAATTATTGAAAAAACAATCTCTGGAATAAAGTTAAAAATAAATGATGATGGTAATGAAATTATAAAAATAGAAATGTATATAAATAATGAGTTGATTACTACTATGACAGAATTTACAAATAAATATTCTCAATTTACCATACCATTAGATAAATTAGTTCTTGGGAGAAATAATATTGTATTTAAAGGATATGATAATTTTAAAGGAAATATATATACTTCTTTGACAATAAATAAAGAAAATAATTCTATATATGTATCTGAAAATTCAAGTTTATTAATTAATGGAAAAAGATATACTGTTCAATCTGTTTCAGAATCTGAGGGTAAGGTCACAGTAAATTTAGATAGAGGTTTAGAAGGAAATGTTAATGTGGGTGATATAATATATCAATTAATCAATAGGTTAAATGTTCAAATAAAAACTAATAACACTGGTATGCATAAAGATGCTAAATTGCTAGAAATGAAAAAAGTTGACACAGGTTATCAAGAAATATATGAGTTTAAAGAAAATGGAATTAAAGAAGTAGAACCTAAAATTATTGTAAATGGAAATGAAGATACAGCAATAAAAAGACCATCTATGATATTTTCTATAGATGAGACTACACTTTAG
Genome Context
Genome Context
Tertiary structure
PDB ID
8775e13228eac161341cc6b464d6c8981d7bcef507112601666e71ca05e1cd09
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50
pLDDT < 50