Protein

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Genbank accession
YP_003097382.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,88
Protein sequence
MPAIQVARTDTFEQQRQKINEIGTSLFNISSGGSDLSTGNLKLGDGLKTAPSLSFNNEATLGIYRPTTQTIGYVSSGKNILDINIDSLTLYKDEIIRKRSLPTSGGLTIVSGSGYEYGTYIDVPLNGGSGSNGEASIFVDYFSGTPGSGLGYQAGTFTFVPLIGGTGSGASVDFSVTGLNTVLNNGGSGYADGFYANVPLVNVSGSGNGSGATAIAEVVGTSITNISIATNGNNQYESGDILTISDSDLGSAGGAGLEIEVTQDAGVLNFSLINKAPGYTSGDVLSLPTEVSINGVDIPGNHIAPGCTLTAASTTVTLPVATNEVIPGMILAVDQGGSVGTFPGGSTVTVVSITNSTTVEVDTPADTSGAADIVFSSPLPTRITIPGGTSNLYPGFILSGSNYSGIDGSKITAIIDANTIEVDVAGSSSFYQANLTFTPEWGNGGSTLFTYTIDNVGGVETVSITNGGTGYVDGDILTVNASDLTNPIEYLISVQMVQKITFTTTVSSSVFNIGDSWEIDGGAEGGASFEVGFVKSTGGNVDYVFLIGASFSPGDAIREVGTTTTYTIDTAEIKNKYYIDTGSGPVLHPDLTFYVGETYRLNFDSSITGHDVKFSEIPDGAWNIVGPFTTTVSTSSDLVTVSSTSGISVGMDVEEAGNDPGGLAEGTTVAEVVDSTTIRLSENPSSSGAIQLNFSGSEFITGVTVSTAYLDIKITDSTPSTLYYYCLNHADMAGEDGEEAVITVDANNPRVFGSGFSATVDSVVVNDIITFDVETGAIQSESITAPQATFETASASISLNAPNILSATVTASTLRSSSTLELTAGTTITLDGDINLGSAASVGRISGDLLTSGEIKTTGSFNSNDALAITSEVIESINNYDVVLRPDSGRLVDVDATTALVIPVGTTNDRPVGLAQDGAIRFNTETNQYEGYSSQSSSWSSLGGVRDLDGNTYILAEETVGANDNTLWFINDNVKTQKFTPNWHEYVNVKKIRSLNVTAPAYGEWTANSPVNLGDYLKYRNNIYEVTVAGVTASSGSEPTHTSGAAANNTAELTWFASAVAPITYEEVSEVRISPLGFTPLVVSGDLRLFKNALSTDINDLVLRPNSGRRVDIDSTTTLTLPSGGTGDRGNPIQGGVRFNTTSSQFEGYDGTNWGSLGGVKDVDQNTYIIPETSPGANENILYFYNDNNNTARLTTTALEFHSVDTIISAISDELEVSASLITFDTAATTLDNTSITTTFLHSAKQYFDLGLSSGLFVEPVLRLDNQGDVYFNTTFGTGAFNGVKVFDGELKEFELADTKILTEKITLVKGTTNIGSSIIYDTAVSESSKTVVTAHNPTTGDKEMIEFGIIDNGIDVFVSEYGNVRTGLELIIPSFELTANNEVRINIELGADIGATQSINITFVSNITKK
Physico‐chemical
properties
protein length:1411 AA
molecular weight: 147413,36720 Da
isoelectric point:4,13068
aromaticity:0,07867
hydropathy:-0,01970

Domains

Domains [InterPro]
DC_0692
RBD
1–829
DC_0692 DC_0692
DC_0326
STR
752–1058
DC_0326
YP_003097382.1
1 1411
Architecture
RBD
STR
RBD
RBD 1-751 | STR 752-1058 | RBD 1059-1411
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-RSM4
[NCBI] 		555387 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Gibbetvirus > Gibbetvirus rsm4
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_003097382.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_013085 [NCBI]
CDS location
range 106198 -> 110433
strand -
CDS
ATGCCAGCAATTCAAGTCGCTAGAACAGACACCTTTGAGCAGCAAAGGCAAAAAATTAACGAGATTGGAACATCTCTATTCAATATCAGTTCGGGTGGTTCTGACCTATCGACTGGCAATTTGAAGTTAGGAGATGGTTTAAAAACAGCACCTTCACTGTCGTTTAATAACGAAGCGACTTTAGGAATTTACAGACCAACAACTCAAACGATTGGTTATGTATCTTCTGGAAAAAATATTTTAGACATTAATATTGATAGTCTCACTCTTTACAAAGATGAGATAATTAGAAAAAGATCTCTACCAACTTCTGGTGGGTTAACTATTGTTTCTGGTTCTGGATATGAGTATGGTACTTATATTGATGTTCCATTAAACGGTGGTTCTGGATCTAACGGAGAAGCTTCGATTTTTGTAGATTATTTTTCAGGAACTCCTGGATCTGGTCTTGGTTATCAAGCAGGCACATTTACTTTTGTTCCATTGATTGGAGGAACAGGATCTGGAGCTTCTGTAGATTTTTCAGTAACTGGATTGAATACTGTTTTAAATAATGGTGGTAGTGGATATGCAGATGGATTCTATGCGAATGTTCCTTTAGTTAATGTTTCTGGATCTGGAAATGGATCTGGAGCTACAGCAATTGCAGAAGTTGTTGGAACTTCAATCACAAACATTTCTATTGCTACGAATGGTAATAACCAGTATGAATCTGGAGACATTCTAACAATTTCTGATAGTGATTTGGGATCTGCTGGTGGTGCTGGTCTTGAAATTGAAGTAACACAAGACGCAGGTGTTTTAAATTTTTCTCTTATCAATAAAGCACCTGGATATACATCTGGTGATGTATTAAGTCTTCCAACAGAAGTATCAATTAATGGAGTAGATATACCAGGAAATCATATCGCTCCAGGATGTACACTCACTGCCGCAAGCACAACTGTTACTCTTCCAGTAGCAACTAATGAAGTTATTCCTGGTATGATTCTAGCTGTAGATCAAGGAGGATCCGTAGGAACATTCCCAGGTGGATCTACAGTAACAGTTGTTAGTATTACAAATTCTACAACTGTAGAGGTAGATACTCCAGCAGATACAAGTGGTGCTGCTGATATTGTTTTCTCTAGTCCATTACCAACACGCATAACAATTCCTGGCGGAACATCAAATTTGTATCCAGGATTTATTTTGTCAGGATCCAATTATTCAGGAATTGATGGATCTAAAATTACCGCTATTATTGATGCTAATACAATCGAGGTTGATGTAGCTGGATCAAGTTCATTCTATCAGGCAAATTTAACCTTTACTCCAGAATGGGGAAATGGTGGATCTACATTATTTACATATACAATCGACAATGTTGGCGGGGTTGAAACTGTAAGTATTACCAATGGTGGTACTGGTTATGTTGATGGTGATATTTTAACTGTAAATGCTTCTGATTTAACCAATCCCATTGAATATCTTATTTCTGTACAAATGGTACAGAAAATTACTTTCACAACTACTGTTTCAAGCAGTGTATTCAATATTGGGGATAGTTGGGAAATTGATGGAGGAGCAGAAGGCGGAGCATCTTTTGAAGTAGGTTTTGTTAAGTCCACTGGTGGAAATGTAGATTATGTCTTTCTTATCGGAGCATCTTTTTCTCCAGGAGATGCTATTAGAGAAGTAGGTACAACAACCACATATACTATTGATACTGCAGAAATAAAAAACAAATATTACATCGATACTGGTAGTGGTCCTGTATTACATCCAGATCTCACGTTTTATGTTGGAGAAACATATAGATTAAATTTTGACTCTTCTATTACTGGACACGATGTAAAGTTTAGCGAAATTCCAGACGGTGCTTGGAATATTGTCGGACCATTTACAACAACAGTTTCTACATCTTCAGATTTAGTAACAGTTTCGAGCACATCTGGAATTTCCGTTGGCATGGATGTAGAAGAGGCTGGTAATGATCCAGGTGGTCTTGCCGAGGGAACAACTGTTGCCGAAGTCGTTGATTCTACAACTATTAGATTAAGCGAAAATCCATCCTCAAGTGGTGCTATTCAATTAAATTTCTCTGGATCCGAATTCATAACTGGTGTTACAGTATCAACAGCATATCTAGATATTAAAATTACAGATTCAACACCATCTACATTATATTATTACTGTCTAAACCATGCTGATATGGCTGGTGAAGATGGAGAAGAGGCAGTAATTACAGTTGATGCAAATAATCCAAGAGTATTTGGTTCTGGATTTAGTGCAACTGTTGATTCTGTTGTAGTAAACGATATCATTACTTTTGATGTTGAAACTGGTGCAATTCAATCCGAAAGTATTACTGCACCACAAGCAACTTTTGAAACAGCATCTGCATCAATTTCATTAAATGCTCCAAACATTCTAAGTGCAACTGTCACAGCATCTACGTTAAGATCCAGCAGTACATTAGAATTGACAGCGGGAACTACTATTACCCTGGATGGAGATATTAATTTAGGTTCTGCGGCATCAGTTGGAAGAATTAGTGGAGATTTGCTGACTTCTGGAGAAATTAAAACTACAGGATCTTTCAATTCAAATGATGCACTAGCAATTACATCTGAAGTAATCGAATCTATTAACAACTATGATGTTGTATTGAGACCAGATTCTGGAAGATTGGTCGATGTTGATGCAACAACTGCTCTTGTGATTCCAGTCGGTACTACTAATGACAGACCCGTTGGTTTAGCACAAGATGGAGCAATTCGATTTAATACCGAAACCAATCAATATGAAGGATACAGTTCACAGAGTTCTTCTTGGTCATCTTTAGGAGGAGTTAGAGACCTAGACGGTAATACATATATTCTAGCTGAAGAAACCGTTGGTGCTAATGACAATACGCTATGGTTTATTAATGATAATGTAAAGACTCAAAAATTTACCCCTAATTGGCACGAGTATGTAAATGTAAAGAAAATTAGATCTCTCAATGTTACAGCTCCAGCATATGGAGAGTGGACTGCAAATAGTCCAGTAAATCTTGGTGATTACTTAAAGTACAGAAATAATATTTACGAAGTAACTGTTGCTGGTGTGACTGCTAGTTCGGGTAGCGAACCAACACACACTTCTGGTGCTGCTGCAAATAACACAGCAGAACTCACTTGGTTTGCTTCCGCAGTTGCTCCAATCACATATGAAGAAGTATCGGAAGTTCGCATTTCTCCATTGGGATTTACACCACTTGTAGTTAGTGGCGATCTTAGACTGTTTAAGAATGCTTTATCTACTGATATTAACGATCTTGTACTAAGACCAAACAGTGGAAGAAGAGTTGATATTGATTCAACAACAACTCTTACCCTCCCATCTGGAGGAACAGGAGACAGAGGAAATCCAATTCAAGGTGGCGTGAGATTTAACACCACCTCAAGTCAGTTTGAAGGTTATGATGGTACAAACTGGGGATCTCTTGGTGGTGTCAAAGACGTAGATCAGAATACTTATATTATTCCAGAAACTTCACCTGGAGCAAATGAAAATATTCTATACTTCTACAACGACAATAACAATACTGCTCGTTTAACAACGACAGCATTAGAATTCCACTCGGTAGATACTATCATTTCTGCTATTTCTGATGAATTAGAAGTATCAGCATCATTAATTACTTTTGATACTGCAGCAACAACCTTAGACAATACTTCAATTACTACAACATTCTTACATTCTGCAAAACAATATTTTGATCTTGGATTATCATCTGGTCTTTTTGTAGAACCAGTGTTGAGACTTGATAATCAAGGTGATGTGTATTTCAACACAACTTTTGGTACAGGTGCTTTCAATGGCGTGAAAGTATTTGATGGAGAACTGAAAGAGTTTGAATTAGCAGATACAAAAATTCTAACTGAAAAAATAACTCTAGTTAAAGGAACAACCAATATTGGTTCAAGTATTATCTATGATACCGCAGTGAGTGAAAGTTCGAAGACAGTAGTAACCGCACATAATCCAACTACTGGCGACAAAGAGATGATTGAGTTTGGAATTATAGATAATGGTATTGATGTGTTTGTTAGTGAGTATGGTAATGTTAGAACTGGATTAGAACTAATCATTCCATCATTTGAACTCACAGCAAATAATGAGGTTCGTATTAACATTGAGTTGGGAGCAGATATAGGTGCTACTCAATCGATCAACATCACTTTCGTTTCAAACATTACTAAGAAATAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
08cedf8123e559dbbca0250e771c3b5958a20ab6fda586b243e1d2e31a22b381
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,8571
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50