Protein

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Genbank accession
YP_004322768.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,93
Protein sequence
MANRIQLRRGGSQEWRNANPTLAQGEVGIDLDSGRIKIGDGSTAWNSLAYERPVESVANTANSLVQRDADGNFQAGTITGTVIGNASTASRLANVRQIQLTQDIVASGTFDGSQNLNLAAELQEIPTLPHFGADPAQGTYTSVTVDAKGRIINAANPSTIQDYNLDGVVEGQSAQPYDNDLSAVSGLTGTGISIRIGDGNWTTRSILSTAGQVVVSNGSGTAGNPQIDLATTTVVDGDYNTESLTSVIANGPAGEPFGTETVNAVKFTVDDRGRLQSATNVPIATATEGSKYANYDAGTAYSRYAIIQNASKVYQAYESVSAGAGAPAHTSGDSGGWRYLAAEATEQKGLASFAQEDFDVDSNGHVTIAALGVDNLQLQNNRVSFADGNTKEDFELDQELTATTGYRGFNYLNYIKVNDTSGNLLFGANNTGDSGAGELDVNVRSYFSDPNIDLDGAVDQIVSKYGDGHWTVSHVQNVATPRNLNILATNSGSGSANIVITSDDTVQISASDAAGKVWVEDYRFQENYIATTNATLNIDPGDDRAVTGTVRVWGDLQVDGTTTTVNSTTLQVDDPIITLGGDTDPVADDNLDRGIEFRYYDSQARRGFFGYDDSYTDLGGHSGGYAFYYNATNTAEVFSGTDAGVLAGNLKLTTNTNSTTNTTGDLVVAGGAGIGQDVNIGGSVDIDTNLTVHGTTLHDDNIVIQGASKVLQLNNGTGTTRVELQSTTGNASFYGVVDITNNLNINTNKFNVVAATGNTAIAGTLNVEGITTITDAVDLNSTLNVASSVHFEATDEPTFALNGGTGLWEIQSADYGSFRFDGGGYIAGDFMFDSDVVINGTILQRESSTEVFNEQNFLRVRRKFESGSVQVLTPSYASHSSSNARIFGGAGIGTSLHIGGTSASEGLFIGKKVNSDTVKFSVLGASGNTDIQGTLNVEGASVIDDTLNVTGAVDLDSTLNVDADATFQSNVTINGDNLLFTIEAQNGTDAFTVDSDNGNTIIAGTLDVDDATQITNTLNVTNGVDFDQTLNVDGAVDFNSTLVVDGQTTIYNSIYLNASNEEFAIQNGSGVDKFTVDSDNGNTIISGTVDISGATGITNSLTTSGVNTFTNSTQQTLTGSYSADGAFRLTGGAGIGKNLAVSGDTRVYGATELTGALDLNNSADISGIVTITNTSDITSYGDASVSLVTAGGLRVNKNAYVGGDFYVYDNGNSRAAFSVDNSTGNGEFHNNLIVGGDLTVNGTTTTVNSTTVTIDDPVFTLGGDTAPGSDDNKDRGIEFRYHTGSTAALGFFGYDDSASEFVFLTASTNSSEVFTGTDGNLRANQLHLTGSGTTLDVDADAIINGDLTVDDQIISTVTGKPPLVVASNSKVNNLNADLLDGLTTSSTDTTGTSVVSRSNGDFSANQITVNNGIGALAGIQGNATTADELRTARTVTIDGVVNATVSFDGSQNVTLTTTFDDADMDGLAAMAGTGFVSRTAANTYAQRTLITSPASGSGITVTQGDGVAGNPTINILSATTNAANNLVLRDGSGSFASNQITMVTSTVSGNATIGGTLGVTGITSLTDLLNADGGIAVDGTNFTVDGTTGAVSTASTLNADAAVTFGSTLGVTSNATIGGTLGVTGTVTASANLDVTVDATVGGTLGVTGITTLSNNLTVTGTSAFTGAITATNGVVGNITGQVSDISNHDTDALTEGSTNIYFTDERVDDRVAALISGGTGITATYNDAGNLLTLSATQADISTDLITEGSTNLFTTAARTRTHFTYGTGIEHDGSGALSVTQVDIDTDNVTEGSVNLFTTAARTRTHFTYGTGIEHDGSGALSVTQADIDTDNVTEGSTNIFYTEARFDASLAGKNTANLTEGTNLYYTDARAEASFDTKIAAADTDALSEGSTNLYYTDARADARVANATGAALDLSSKSTADLAEDTNLYFTDARADARVDVGFAAKSTTDLAEGTNQYYTEARVQDKLDNAFAQLQAMLTNLATTTTLTLNLSGDPTPGAVVTTGSISASGLGGFTAGTAVATTSDGAGTGLTVDTTVDASGAITAVAANAGGTDYLIGETITLTNPNLGGAATFDFASLVGGSNYVTATGLTTTSSGSGNNLTVDITASAGVITNITVNVAGDGYSIGDTITIVQPVGSDPLGPGAGGTIDLSTVFTNATFALSDITTMEVGATVTGSTSGTTGVITALAASAITVDTVDGFFKVGEVVSANDVTTLTVQSFA
Physico‐chemical
properties
protein length:2228 AA
molecular weight: 228218,16390 Da
isoelectric point:4,05003
aromaticity:0,06373
hydropathy:-0,10539

Domains

Domains [InterPro]
DC_1619
ATT
1–464
DC_1619 DC_1617 DC_1607 DC_0029 DC_0029
SSF69349
STR
4–241
SSF69349 DC_1607 DC_0029 DC_0029
IPR041352
ATT
5–43
IPR041352
YP_004322768.1
1 2228
Architecture
ATT
STR
STR
RBD
ATT 1-464 | STR 465-1052 | STR 1097-1567 | RBD 1805-2228
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-ShM2
[NCBI] 		445683 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Ahtivirus > Ahtivirus sagseatwo
Host Synechococcus sp. WH 8102
[NCBI] 		84588 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_004322768.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_015281 [NCBI]
CDS location
range 96015 -> 102701
strand +
CDS
ATGGCAAATAGAATCCAACTTAGAAGAGGCGGTTCACAGGAATGGAGAAACGCTAACCCAACACTAGCGCAAGGTGAGGTAGGTATTGACCTAGACTCTGGTCGTATCAAAATTGGTGATGGTTCCACTGCATGGAACTCACTGGCGTATGAACGTCCTGTAGAATCTGTTGCTAACACTGCAAATTCCCTCGTACAAAGAGACGCTGATGGTAACTTCCAAGCGGGTACGATTACAGGAACTGTTATTGGTAATGCCTCTACTGCATCTCGTCTAGCAAATGTTAGACAGATTCAACTTACTCAAGATATTGTTGCCTCTGGTACTTTTGACGGTTCTCAAAACCTCAACCTTGCTGCAGAACTGCAAGAGATCCCCACGCTGCCTCACTTTGGTGCGGATCCTGCACAAGGTACATACACCAGCGTTACTGTGGACGCAAAGGGTAGAATTATCAATGCCGCAAACCCATCTACTATTCAAGACTATAACTTAGATGGTGTTGTAGAAGGTCAGTCTGCACAACCTTATGACAATGACCTCAGTGCAGTTTCAGGTCTGACTGGTACTGGTATCAGTATTCGTATTGGTGATGGTAACTGGACTACTAGGAGTATTCTATCTACTGCTGGTCAAGTTGTTGTCAGTAATGGTTCTGGTACTGCAGGTAACCCACAAATTGACTTAGCAACTACAACAGTTGTTGACGGTGATTACAACACAGAATCCCTAACGTCAGTAATTGCTAACGGTCCAGCAGGTGAACCTTTCGGTACAGAGACCGTAAACGCAGTCAAATTTACTGTTGACGACAGGGGTCGTCTTCAAAGCGCAACAAATGTGCCTATTGCTACTGCTACTGAGGGTAGTAAGTATGCTAACTATGATGCAGGCACTGCTTACTCTAGATATGCAATCATTCAGAATGCATCAAAGGTTTATCAAGCGTATGAATCAGTTAGTGCTGGTGCTGGTGCTCCTGCTCATACCAGTGGCGATTCTGGAGGATGGCGCTACCTCGCGGCTGAAGCGACAGAGCAGAAGGGACTGGCTAGTTTTGCACAAGAGGATTTCGATGTTGACAGTAACGGGCATGTAACTATTGCTGCCCTAGGCGTAGATAATTTACAATTACAAAATAATAGAGTTTCTTTTGCGGATGGAAATACAAAAGAAGATTTTGAACTGGATCAAGAACTCACTGCAACCACTGGATACCGAGGATTCAATTACCTCAACTATATCAAAGTCAATGATACAAGCGGCAATTTACTTTTTGGCGCTAATAATACAGGCGATAGTGGCGCTGGTGAACTTGATGTCAACGTCCGTTCCTATTTTTCTGATCCTAATATTGATCTTGATGGAGCAGTCGATCAGATCGTTAGTAAGTATGGCGATGGTCACTGGACCGTAAGTCATGTTCAAAATGTCGCGACTCCCAGAAACCTCAATATTCTTGCAACGAACTCTGGTTCAGGAAGTGCAAATATTGTAATTACATCTGATGACACTGTACAGATTAGTGCATCAGATGCAGCAGGTAAAGTTTGGGTAGAAGACTATAGATTCCAAGAAAATTATATTGCTACAACCAATGCCACTCTCAACATTGATCCTGGTGATGATAGGGCGGTTACTGGAACCGTCAGAGTTTGGGGTGATCTTCAGGTTGACGGCACCACGACGACAGTCAACTCTACTACCCTTCAAGTTGACGACCCAATCATTACTCTTGGTGGTGATACTGATCCAGTTGCTGACGATAATCTTGATCGTGGTATTGAGTTTAGATACTATGATTCTCAAGCGCGTCGAGGCTTCTTTGGTTACGATGATTCGTATACTGATCTCGGAGGACACTCTGGTGGATATGCATTCTACTACAATGCTACCAACACTGCAGAAGTCTTTAGCGGTACTGATGCAGGTGTCTTAGCAGGTAACCTAAAACTTACTACTAATACTAACTCCACTACTAATACAACGGGTGACCTTGTGGTTGCTGGTGGTGCTGGTATTGGACAAGATGTGAATATTGGTGGTAGCGTTGATATCGATACCAACCTGACTGTTCATGGCACGACTCTCCATGATGACAACATTGTCATCCAAGGTGCTTCTAAGGTTCTGCAACTGAACAATGGCACTGGTACAACTCGTGTTGAACTGCAGAGCACTACAGGTAATGCATCATTCTATGGTGTTGTTGATATTACTAACAACCTGAACATCAACACTAATAAGTTCAACGTTGTTGCTGCTACTGGTAATACTGCTATTGCAGGTACGCTGAATGTTGAAGGTATCACTACAATTACTGATGCTGTTGATCTCAATAGCACACTAAATGTTGCTAGTTCTGTGCATTTTGAAGCAACTGATGAACCCACATTTGCATTGAATGGTGGCACTGGTCTTTGGGAAATTCAATCCGCTGACTATGGTTCATTCCGATTTGATGGTGGTGGATATATTGCTGGCGACTTTATGTTCGACAGCGACGTTGTTATCAACGGTACTATTCTCCAGAGAGAATCATCTACTGAGGTCTTCAACGAGCAAAACTTCCTGAGAGTTCGTCGTAAGTTTGAATCTGGATCTGTTCAGGTTCTAACCCCTAGTTATGCTTCACATTCTAGCTCAAACGCTAGAATCTTTGGTGGTGCTGGTATCGGCACTAGTCTCCACATCGGGGGCACAAGTGCTAGCGAAGGTCTGTTTATTGGTAAGAAAGTCAATAGCGATACTGTCAAGTTCTCTGTCTTAGGTGCATCTGGTAATACTGATATTCAAGGCACACTGAATGTTGAGGGTGCATCTGTTATTGATGATACTCTGAATGTAACTGGTGCAGTTGATCTTGACAGCACTCTGAACGTTGATGCTGATGCAACATTCCAAAGCAATGTTACAATCAATGGTGACAATTTACTGTTTACCATTGAGGCACAGAATGGCACTGATGCATTTACAGTAGACTCTGACAATGGCAATACAATCATTGCTGGTACATTAGATGTAGATGATGCAACACAAATCACAAACACCCTCAACGTCACTAACGGCGTTGACTTTGATCAAACTCTCAATGTTGATGGTGCCGTTGACTTCAATAGCACTTTGGTTGTGGATGGTCAAACAACAATTTACAACTCCATTTACCTGAATGCTTCCAATGAGGAGTTTGCTATTCAGAACGGTTCTGGTGTAGACAAGTTCACTGTAGATAGTGACAATGGCAATACTATAATCTCTGGCACTGTTGATATTAGTGGTGCTACAGGTATTACAAATAGCCTGACTACATCAGGTGTCAATACATTTACAAATTCTACTCAACAAACCCTCACTGGTTCATACAGTGCAGATGGTGCATTCCGTTTGACAGGTGGTGCTGGTATTGGCAAGAATCTTGCAGTTAGTGGTGACACTAGAGTCTATGGTGCTACCGAACTTACAGGTGCTCTTGATCTCAATAACTCTGCAGATATTTCTGGTATTGTTACTATTACTAATACCAGTGACATTACCTCTTATGGTGATGCATCTGTCTCTCTAGTCACCGCTGGTGGTCTAAGAGTCAACAAGAATGCATACGTTGGTGGTGACTTCTACGTCTATGACAACGGAAATTCTCGTGCTGCATTTAGTGTAGACAACAGCACTGGTAATGGCGAGTTTCATAACAATCTAATTGTTGGTGGTGATCTAACGGTCAACGGTACAACTACTACCGTCAACAGCACTACCGTCACAATTGATGACCCCGTATTTACTCTTGGTGGTGACACTGCTCCTGGTTCCGATGACAACAAAGATCGTGGTATTGAGTTCCGTTATCACACGGGTTCTACCGCTGCTCTTGGTTTCTTCGGTTATGACGATTCTGCTTCGGAGTTTGTCTTCCTTACTGCATCTACAAATTCAAGTGAAGTATTCACTGGTACAGATGGAAACCTGAGAGCAAATCAGTTACATCTGACAGGTAGTGGAACAACTCTCGATGTTGATGCTGATGCAATTATCAATGGTGATCTGACTGTTGATGATCAAATTATTTCTACCGTAACTGGTAAACCACCTTTGGTTGTTGCATCAAACTCTAAGGTCAATAACCTGAATGCTGACTTGCTAGATGGTCTGACCACAAGCAGCACTGATACAACTGGTACTTCTGTTGTTAGTAGAAGTAATGGTGACTTCTCTGCTAATCAGATCACTGTAAACAATGGTATCGGTGCTCTTGCTGGTATCCAAGGTAACGCAACAACTGCGGATGAACTTCGCACTGCTCGTACCGTCACAATTGATGGTGTCGTCAATGCAACAGTCTCCTTTGATGGTTCTCAGAACGTAACTCTGACAACTACATTTGATGATGCAGACATGGATGGTCTGGCAGCGATGGCAGGAACAGGTTTCGTCAGCAGAACTGCTGCCAATACCTATGCTCAGCGTACGCTGATTACTTCTCCTGCATCTGGATCTGGTATTACTGTCACTCAAGGTGATGGTGTTGCTGGTAATCCAACGATCAATATTCTGTCTGCTACTACCAACGCTGCAAACAACTTGGTCCTGAGAGATGGAAGCGGTAGTTTTGCTTCTAATCAGATCACTATGGTGACCTCCACAGTGAGCGGAAACGCTACGATTGGTGGAACACTCGGTGTAACTGGTATAACGTCCCTCACAGACCTCCTGAACGCCGATGGTGGCATTGCAGTTGACGGTACTAACTTCACTGTAGATGGTACAACAGGTGCCGTTTCTACTGCTAGCACACTGAATGCTGATGCTGCAGTAACTTTCGGTAGCACACTGGGAGTTACTTCTAACGCAACTATCGGTGGCACACTGGGTGTTACTGGAACTGTAACTGCTAGCGCAAACCTAGATGTAACAGTCGATGCAACTGTCGGCGGTACTCTGGGTGTCACGGGTATTACAACTCTAAGTAACAACCTGACAGTAACTGGAACCTCTGCATTCACTGG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Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
e73b250b1034c224f0916c8d7472ff4554a74988da873848c2c2b5e4e317bed4
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,4969
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Cyanophage 8102-4 Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Erlich,R., Young,S.K., Koehrsen,M., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Borenstein,D., Chen,Z., Engels,R., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heiman,D., Hepburn,T., Howarth,C., Jen,D., Larson,L., Lewis,B., Mehta,T., Park,D., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., Walk,T., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C., Galagan,J. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank