Protein

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Genbank accession
YP_007001587.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,62
Protein sequence
MDTSLAIDEFKELYVTGGLRLKSDDTTRDSFWVGKIDTDGTFIWNYRYLAPTGGSITVTPSSAIDIFGDLNIAFTSFNNTNTLPTVDTVKIGYDGKIKNHTTNQFTQNNTEGITAYSVDVDNSGDINIVGQTQWNRNEFIFPFTGGSQVDTTSHYTLTSTSTSNSITYANDVAKIHGYADGQTTWTQGNLQITSAQLGARLNSDFTVEMMVYKDTNTSSLTGGSITQHTLLAIGDAEEATGALWLYYDVSSGYLELVVTNGSTKLNSASGAGQSSLNNMFADNTWQFIGLKREGNIFTVYVNGIQAIQSTVPSTALGSKHLYVGQIPGRSGSAGNFRINEQGQFHVDNFRLRNRAITPSVPSDVSAFPSAGGFGFQYTWTDTAWFTTNLNRYDLIDYDGFSLKIDKNADAARIGTVSTQTNTQLGFTRTAVTPVTGSTLTMQNTGYALSEAGFQSLDFDDATINMTPATETLTYTQDVWSSRTATVPSPGSQKLNVSAVVKDRYFFKVTPTTKIDNIQELTINQAFRFTVGSKLRLNNDSGSFVNSGYIVRVDDANNKVYLAVNNNTWTDDTATGNLVTEQFSEQSTYGIVGPIPNDINVIEGYTFPLVNNTTPGTFDIDLDKYNLDGTYNAAGSQNLDSFAKFKPFATIDYSVRIDEVSGSSPFIVGSVVQLTSSDISFNAAYSTTTITNLTGVTKITLVANLDKILQVSSVANSDEVYVITSTSHYLSVGDVIYVDGNPSQTVGSVVYDEYDGAFPVDRVISPLEFTYKLNQAAITSPATSAGSVNIFMKSPTLKMYYGHQYIFDLSHSSLVGGNLSFAKDSLYKLEYSFNSIERDGTPGVTGAGAPTPSVKLKVDPTIVTNISYYFDPSRTGSDSPVVPGSYLDVVDSPYKGNFEISSIAGQTITRGADIIKFPLLNEPEGAADINQASYATSSLRAVGSINAVRIVNPGGFYTRLPIVSSIQSTRQIERVQINDPGTEYAVGQYTSVPITGDGEGGFVTINVADGQDANGVTIPGQIQLVTVTSPGKGYTTASIDIESVSGILGSGLTGSGAEVVVVIPPFGSGASIFTQGSSVGKIKKLKNNNFGYDYPHDYTLRPEITFPINAQLTSTSILDSITVSDPGTGYSQAPAVVITGGGGSGAIAEATTKNGRLDTIIVKDPGAGYSSTPTVSLRSSFNYVVNLDLGLLQFAFPHGITNGSAVTLNVVDTGDGVAYPLSAGAVGRLNGTTTYYAIAGSANSLENDQLKLAITSANAALGDALAYVNAGTGRQQVLTESFGGAATANVVTSTFLEGELVYQGESLSTSTATGYVSTNAGWQVGPRVLKIVDYTGEFSTGQRITGVISKSSGIMTDIKVAKGVLEIGSVTKTTGQFIDDVGKPSEIIQKIQDSYYYQDFSYAVKSAVSIGEWKEILIKNVHPASFKVFGELDLNDYGFIPNKETFFQLTKSVELARDAIVPNIQNFALVEPVYSEMNNTEVLFRQKRLTSSENILTSVVQRLDDISSQFDGQKISFPLTVDGNNVVANANQLMIVLNGVVQTPGTAFEIQGDSVVFAEPPQPPASVKYVNVSINQIATVALTFNNISGIFPTAGMTVVGTSSQARLTVTTVVGNTINGFITQGTYTIGELVTVGATGFAANVATVTSISNIGLFVFGENITNLTGDTAKVEQINLASGAETPLAQLRYTIGAATTTIEMVAYKTDNTGTDYQVTAGVFVAATNYQLGSEIFRVDSVTQNTDSTTLVITRGQNGTTPVSHQEDAPSYSTDISITNALTLSKIAGTYQSTPGLFDIQLNDVIIGAQSGVVARVTQTSTYQDPTTQEFIGQVNISEGSSFFGLLFNRITSQTYPNVVLDDISKSQIGIVDFTDNSTAFDSSFPANEQINNYVIPYDNLTGTFQENEYIRNYKIEYGNNQGEFLPTESAKIRKLTFTDRIGSGFFQAGQIIRSRDTKAEVIGANSARSTIFLGKVGRSQRGGLDYNIPTSEREAQIDTSTKKFGTASHLLGRANHTHTFVSGVANGIQASNGATSTHTAVAGTTYDPEAGTLVINIGTHSLTTSNKVTIADGGLTFTCTADSNTTNHPYPRSTDPASGQALTISAVTSNTITVDVGVAQVSLDYLSVDSSSDFAWGTAGYTIELYIKAAASSISGIHSILDFRTASTDAAGHLYLNAGQVRYNVSNSDVVTSGATTIAQDTWTHIVVQRTSTTVKIFINGAEAGTGTDSTNYAAKPFVLGASYGLGNAFYGHIDELRLSATTRYSTIPFTPVNGIFQGDTNTKILWHFDGADKQVFLEDWSGTQDFTINEYINNDAIRATARLIGGVHKFVSASSNAVSVTGSSSFTPTAVDYDAITGSMEINIGSHSYTTSDTITIAANSLTFTCSKDNHATQHTYPRLTDPS
Physico‐chemical
properties
protein length:2400 AA
molecular weight: 256053,33810 Da
isoelectric point:4,73295
aromaticity:0,09333
hydropathy:-0,11713

Domains

Domains [InterPro]
G3DSA:2.60.120.200
STR
139–366
G3DSA:2.60.120.200 DC_1553 DC_2085
IPR013320
STR
201–359
IPR013320 G3DSA:2.60.120.200
IPR001791
LEC
201–354
IPR001791 IPR013320
DC_0155
STR
221–865
DC_0155 PF13385
IPR001791
LEC
239–326
IPR001791 IPR001791
DC_1871
RBD
2213–2400
DC_1871
YP_007001587.1
1 2400
Architecture
STR
STR
STR
RBD
STR 139-865 | STR 1040-1911 | STR 2007-2259 | RBD 2260-2400
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage metaG-MbCM1
[NCBI] 		1079999 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Galenevirus > Galenevirus mbcm1
Host Synechococcus
[NCBI] 		1129 cellular organisms > Bacteria > Bacillati > Cyanobacteriota/Melainabacteria group > Cyanobacteriota > Cyanophyceae

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_007001587.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_019443 [NCBI]
CDS location
range 60364 -> 67566
strand +
CDS
ATGGATACTAGTCTTGCTATTGATGAATTCAAAGAACTTTATGTTACTGGTGGTCTAAGACTTAAGTCAGACGATACTACTAGAGATAGTTTCTGGGTTGGTAAGATTGATACAGATGGCACATTTATCTGGAACTATCGCTATCTTGCTCCAACTGGAGGATCTATTACTGTTACTCCTAGTTCTGCAATTGATATCTTTGGTGATTTAAACATTGCGTTTACTAGCTTCAATAATACCAATACTTTACCTACAGTTGATACTGTTAAGATTGGTTATGACGGAAAAATTAAAAATCATACGACTAACCAATTTACACAAAACAATACTGAGGGTATTACTGCTTACTCTGTTGATGTTGATAACTCTGGTGATATTAATATTGTTGGACAAACTCAATGGAATAGAAACGAGTTTATCTTCCCCTTCACTGGAGGATCTCAAGTTGATACAACCAGTCACTACACATTAACTTCTACATCAACAAGCAACTCTATCACTTATGCCAATGATGTTGCTAAGATCCATGGTTATGCAGATGGTCAAACTACTTGGACTCAAGGTAATCTTCAAATTACTTCTGCTCAATTAGGAGCAAGACTTAATAGTGACTTCACTGTTGAGATGATGGTTTATAAAGATACTAATACATCAAGTTTAACTGGTGGTAGTATCACTCAACATACTCTTCTTGCTATCGGTGATGCTGAAGAGGCAACTGGTGCTCTTTGGTTATATTATGACGTAAGTAGCGGATACTTAGAACTTGTTGTAACTAACGGATCTACTAAACTCAATAGTGCATCTGGTGCAGGACAGTCCTCCCTCAACAATATGTTTGCCGACAACACTTGGCAATTCATTGGATTGAAGAGAGAAGGTAATATCTTTACTGTTTATGTGAATGGAATTCAAGCGATTCAATCTACAGTTCCTTCTACTGCTCTTGGTAGTAAGCATCTTTATGTTGGTCAGATCCCTGGTAGATCTGGTAGTGCAGGTAACTTTAGAATCAATGAGCAAGGTCAGTTCCATGTTGATAACTTTAGATTAAGAAACAGAGCGATTACTCCTTCTGTTCCTTCTGATGTTAGTGCATTCCCATCTGCAGGTGGATTTGGTTTCCAATACACTTGGACTGATACTGCATGGTTCACTACTAACCTTAACAGATATGATCTGATTGATTATGATGGATTCTCACTTAAAATTGATAAGAATGCTGATGCTGCAAGAATCGGTACAGTTTCTACTCAAACTAATACTCAACTAGGATTTACTAGAACTGCTGTTACTCCTGTAACTGGTAGTACTCTTACAATGCAGAATACTGGTTATGCTTTATCTGAGGCAGGATTCCAATCTCTTGACTTTGATGATGCTACAATCAATATGACTCCTGCAACTGAGACTCTTACTTATACTCAGGATGTTTGGAGTTCTAGAACTGCAACTGTTCCTTCTCCTGGATCTCAGAAACTTAATGTATCTGCTGTTGTTAAAGACAGATATTTCTTCAAGGTTACTCCTACAACTAAGATTGATAACATTCAAGAGTTAACGATAAATCAGGCATTTAGGTTTACTGTTGGTAGTAAGTTACGTCTAAACAACGATTCTGGGTCATTTGTCAACAGCGGTTATATCGTAAGAGTTGATGATGCAAATAATAAAGTATATCTTGCTGTAAACAATAATACATGGACAGATGATACTGCTACTGGAAACTTAGTAACTGAACAGTTTAGTGAGCAATCAACTTATGGTATTGTTGGACCTATTCCAAATGATATCAACGTTATTGAGGGTTATACATTCCCATTAGTTAATAATACAACTCCAGGAACTTTTGATATTGATCTTGACAAGTATAACTTAGATGGTACTTACAACGCAGCAGGTAGTCAAAATCTTGACTCATTTGCTAAATTCAAACCATTTGCAACTATTGATTACTCTGTAAGAATCGATGAAGTATCTGGTTCTTCCCCATTCATTGTTGGTTCTGTTGTACAACTGACTTCTAGTGATATCTCATTCAATGCAGCATATAGCACAACAACGATAACAAACTTAACTGGCGTAACCAAAATTACATTAGTTGCTAATCTTGATAAGATCTTGCAAGTTTCTTCTGTTGCAAACAGTGATGAAGTTTACGTTATTACAAGTACTAGTCATTACCTTTCTGTAGGAGACGTAATTTATGTTGATGGTAACCCATCTCAGACTGTAGGTAGTGTTGTATACGATGAATATGATGGTGCGTTCCCTGTTGATCGTGTTATCAGTCCTCTTGAATTCACTTATAAGTTAAATCAAGCAGCAATTACTTCACCTGCCACATCTGCAGGTAGTGTAAACATCTTTATGAAGTCTCCGACTTTGAAGATGTACTATGGTCACCAATATATCTTTGACTTAAGTCATTCTTCACTTGTTGGTGGTAACCTTTCCTTTGCTAAGGATAGTCTATACAAACTTGAATATTCATTCAACTCTATTGAAAGGGATGGAACCCCTGGTGTCACTGGAGCAGGAGCACCTACTCCATCTGTGAAACTAAAAGTTGACCCAACAATTGTTACTAATATTTCTTACTACTTTGACCCTTCTAGAACTGGTTCTGATTCTCCTGTTGTGCCTGGTAGTTACCTCGATGTTGTAGACTCTCCATATAAGGGAAACTTTGAGATTTCCTCTATTGCAGGTCAGACTATTACTCGTGGTGCTGATATTATCAAGTTCCCTCTTCTTAACGAACCAGAGGGTGCTGCTGATATCAACCAAGCAAGTTATGCAACTTCTTCCTTAAGAGCAGTTGGATCAATTAACGCTGTTCGTATTGTAAACCCAGGTGGTTTCTATACTAGATTACCTATCGTTTCTAGCATTCAATCAACTAGACAGATTGAAAGAGTTCAAATTAATGATCCTGGAACTGAATATGCTGTTGGACAATACACCAGTGTACCTATTACAGGTGACGGTGAAGGTGGATTTGTTACTATTAATGTTGCTGATGGACAAGATGCCAATGGCGTAACTATCCCTGGTCAGATTCAACTAGTAACTGTTACATCTCCTGGTAAAGGATACACTACAGCAAGTATTGATATTGAGTCAGTGTCTGGTATCTTAGGATCTGGTTTGACTGGATCTGGTGCTGAAGTTGTAGTTGTTATCCCACCATTCGGTTCTGGTGCATCTATCTTCACTCAAGGATCTAGTGTTGGTAAGATTAAGAAACTTAAAAATAATAACTTTGGTTATGACTATCCTCATGACTACACATTACGTCCTGAGATTACATTCCCAATCAATGCTCAGTTAACATCTACAAGTATTCTCGATAGTATTACAGTTAGCGATCCTGGTACTGGATATTCTCAAGCACCTGCTGTTGTCATCACTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGCTATTGCAGAAGCAACAACTAAGAACGGTCGTCTTGATACTATTATTGTTAAAGATCCTGGTGCAGGATATTCTTCAACTCCTACTGTATCACTAAGATCTTCATTCAACTATGTTGTTAACCTTGACTTGGGACTCTTACAGTTCGCTTTCCCACATGGTATTACAAACGGATCTGCTGTCACACTGAATGTTGTTGACACTGGAGACGGTGTTGCATATCCTCTATCTGCAGGTGCTGTTGGTAGATTGAATGGAACTACTACTTACTATGCTATTGCAGGTTCTGCTAACTCTCTTGAAAATGATCAATTAAAACTCGCGATTACTTCTGCTAACGCTGCACTTGGTGATGCATTGGCATATGTAAACGCAGGTACAGGTCGTCAACAGGTTCTTACCGAATCATTTGGTGGTGCTGCTACAGCAAACGTTGTTACATCTACTTTCTTAGAAGGAGAACTTGTATATCAAGGTGAATCTTTATCTACTTCAACTGCAACTGGATATGTTTCTACTAACGCAGGTTGGCAAGTTGGACCTAGAGTTCTTAAGATTGTTGACTATACTGGAGAGTTCTCTACTGGTCAAAGAATCACTGGTGTGATTTCTAAGTCTTCTGGTATCATGACTGATATCAAAGTTGCTAAAGGTGTTCTTGAGATTGGTTCTGTCACTAAAACTACAGGTCAGTTTATCGATGACGTTGGTAAACCATCTGAGATTATTCAGAAGATTCAAGATAGTTACTATTATCAAGACTTCTCATATGCTGTTAAGTCTGCTGTTTCTATTGGTGAATGGAAAGAGATTCTTATCAAGAACGTTCACCCCGCATCATTCAAAGTATTTGGTGAGTTAGATCTCAATGATTATGGATTTATTCCTAATAAAGAGACATTCTTCCAGTTAACTAAGTCTGTTGAACTTGCAAGAGATGCAATTGTTCCTAATATTCAAAACTTTGCTCTTGTTGAACCTGTTTACTCTGAGATGAATAATACTGAAGTACTATTCAGACAAAAACGACTAACTTCTTCTGAGAACATTCTAACTTCTGTTGTACAGAGACTTGATGATATTTCTAGTCAGTTTGATGGTCAAAAGATTTCCTTCCCTCTAACTGTTGATGGTAACAACGTTGTTGCGAATGCTAACCAGTTGATGATTGTTCTTAATGGTGTTGTTCAAACTCCAGGAACTGCATTTGAGATTCAAGGTGATTCAGTTGTCTTTGCAGAACCACCTCAACCTCCTGCAAGTGTTAAGTATGTAAACGTTTCTATCAATCAGATTGCAACTGTTGCTCTAACATTCAATAATATCAGTGGTATTTTCCCAACTGCAGGTATGACCGTAGTTGGCACATCGTCTCAGGCAAGATTGACTGTTACCACTGTTGTTGGTAATACTATCAATGGTTTCATCACTCAAGGAACATACACTATCGGTGAACTAGTAACTGTTGGTGCAACTGGTTTTGCTGCTAACGTTGCTACTGTAACTAGCATTTCTAATATCGGTCTGTTTGTCTTCGGTGAAAACATTACGAACCTTACAGGCGATAC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Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
452a117d149468f95ba98323cba6e03b37cb3ad444a884182246f55f3460d85d
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,7159
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Viral Tagging: a high-throughput approach to explore virus-host interactions Deng,L., Sullivan,M.B., Poulos,B. and Ignacio Espinoza,J.C. 2019-08-05 — GenBank