Protein

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Genbank accession
YP_009134169.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,77
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,97
Protein sequence
MADRFPLIVNAISKKIEEIVAGDNLELTGNGLIISGDTGAGKYLTSDGTTVFWGDPGNVYLTQSQTLTNKTLESSIISGSNNTITNIPNSALINSGITINGSTIALGGTVTTPDNNTTYTIAAVDGASAARKIIRLTSGGNAGSGIDDDITLIAGTNVTLDRSNDDITINSSYVDTDTITTLQSEVGGSAQSGAITIAASGSSTVSQNAGTKTITISSSYIDTITRLRATAGQVFSASDFTFLDGGATTVTQSVDGNGDPTITYSSVDTITRIKGGGAGSFVTGDTTFTGGTNVTVSQAGNIITVDSVDTNTVTRLSSGSNAVVSGDFNFTSSGATSLTQTTVGGVTTINISSANDDTGASLQASGGLILQGTNFRLKNYNTFSGNTLMKWDSGNDQLTDSIITDNGSTVTITGDLVVEGTQTILNVSTLQVEDNDIELRKGNNLTGTNGGITLNRTTDSSGNITSYVALQWNESVGYWRSWDGSVEKRFVTEGETQILTNKTLTSPTLTAPVLGSATATSINGLVISSTASATLDIASSKTLDVDRDLSLTSDNNSASINVNFRQGGNVAYTSDTLASFSSTTSTQIRGLITDTTGTGRLVFQDSPTFLTSLNTTSTGFTLFNSSVTNITAFGAAGIITMGQSGGTMTVNQSLVVNEDLTVGTGISDTITFNGTVNSENADILIRGTATDPMSVGRGGGAVNTNTRVGVSALQSNTSGSQNTALGYQALFTNNSGAANTAVGNRALRANGVGSNNIGIGRDVLLVNLEGSKNVAMGNNALESNTSGDSNVCIGHYAGFDVLGSGNVLIGPAYNENSGDVTFRPPSVSGDNQLVIGSGGQAWVRGDSNFDVTFNNDVTVDQDVIVKGNLTVNGIQTIVKSNIVQITDKNIELASIVSTQFVASATDGTADITSINPTAGLIPGMEVTTSTAGFTVPSNTIIVSISGNTATLSNNISGNGQITLTAIGPSDSAAEDGGIIVKGSTDKSILWKGSDAGVTYNSWVSSEHFDLASGKYLSLDAIRIADPNTSTIGPNNGTTTGLIDVTGGSNGYNLGSAVVGAAATSFNFTGTGEITLPNGDTAQRNSSPLNGMLRYNGQTNVFEGYSNGAWGSIGGNVAISSPAPSNSVEGDLWYDSDDGRLFVYYNDGVTTQWVDASPNGVPTDLIIEGTTELRGTATTRAILPDADDTYDLGSATKRWANIYSADLQLSNEGGANDVDGTWGQYTIQEGEHDLFLINRRSGKKYKFNLTEVN
Physico‐chemical
properties
protein length:1252 AA
molecular weight: 128860,08180 Da
isoelectric point:4,22458
aromaticity:0,05751
hydropathy:-0,13211

Domains

Domains [InterPro]

No domain annotations available.

Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Tail Spike Domain Segmentation

Tail Spike Domain Segmentation

This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.

Domain Layout
N-terminal
Central
C-terminal
YP_009134169.1
1 1252
Domain Start End Length (AA) Confidence
N-terminal 1 693 693 0,4979
Central domain 694 916 224 0,7438
C-terminal 917 1252 335 0,4027
Legend: N-terminal Central domain C-terminal
3D Structure with Domain Coloring

The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).

Domain Coloring
N-terminal
1-693
Central
694-916
C-terminal
917-1252

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage ACG-2014j
[NCBI] 		1493514 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Potamoivirus > Potamoivirus tusconj
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_009134169.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_026926 [NCBI]
CDS location
range 166965 -> 170723
strand +
CDS
ATGGCTGACCGCTTTCCGTTAATTGTTAATGCAATTTCAAAGAAGATTGAAGAAATTGTAGCAGGAGACAATTTAGAACTAACTGGTAATGGTCTTATTATCAGTGGTGATACTGGTGCTGGCAAGTATTTAACGAGTGATGGAACTACCGTTTTCTGGGGAGATCCTGGCAATGTTTACCTTACACAATCACAAACATTAACTAATAAAACTCTTGAATCTAGTATTATTTCTGGATCGAATAATACTATTACAAACATTCCTAATAGTGCTCTTATTAATTCTGGAATTACGATTAACGGATCTACTATTGCTCTTGGTGGAACTGTAACAACTCCTGATAATAACACTACTTATACTATTGCTGCTGTAGATGGAGCTTCTGCTGCGAGAAAAATTATTCGTTTGACATCAGGTGGCAATGCTGGTTCTGGAATTGACGATGATATTACTTTAATTGCTGGAACTAATGTAACTTTAGATAGATCTAATGATGATATTACAATCAACTCCTCATATGTAGATACTGATACTATCACTACATTACAATCTGAAGTTGGTGGTTCTGCTCAAAGTGGAGCAATCACAATTGCTGCCAGTGGATCTTCCACAGTATCTCAAAATGCTGGAACAAAAACTATAACGATTAGTTCTTCGTACATTGATACTATTACAAGACTCAGAGCAACTGCAGGTCAAGTATTTTCTGCATCTGACTTTACCTTTCTTGATGGTGGCGCAACCACAGTAACTCAGAGTGTAGATGGTAATGGTGATCCTACTATTACGTATAGTTCTGTTGATACGATTACTCGAATTAAAGGTGGTGGTGCCGGATCATTTGTAACTGGCGACACTACATTTACTGGTGGAACAAATGTAACAGTATCTCAAGCAGGTAATATAATTACCGTTGATTCTGTAGACACAAACACTGTAACTAGATTGTCTAGTGGTAGCAATGCAGTTGTTTCTGGAGATTTTAACTTCACATCTTCTGGAGCAACATCACTAACTCAAACAACAGTAGGTGGTGTCACTACTATCAATATTAGTTCTGCTAACGATGACACGGGTGCATCTCTACAAGCATCGGGTGGTTTGATACTTCAAGGCACTAACTTTAGACTAAAGAACTACAATACTTTCAGTGGTAACACTTTAATGAAGTGGGACTCTGGTAATGACCAGTTAACAGATAGTATTATTACTGATAATGGATCTACTGTTACGATTACCGGCGATTTAGTTGTTGAAGGAACACAAACTATTTTAAACGTTTCTACCTTACAGGTTGAAGATAATGATATTGAACTTAGAAAGGGTAATAACTTAACTGGAACGAATGGTGGTATTACTCTTAATAGGACCACTGATTCGTCTGGAAATATAACTTCATACGTTGCTTTACAATGGAACGAGTCTGTTGGATACTGGAGATCATGGGATGGTTCAGTAGAGAAAAGATTTGTTACTGAAGGTGAGACGCAAATTCTAACTAACAAAACTCTTACATCTCCTACTTTAACTGCTCCTGTTCTTGGATCCGCAACAGCAACGTCAATTAATGGTCTTGTAATTTCTTCTACTGCATCAGCAACTTTAGATATTGCATCATCAAAAACTTTAGATGTTGATAGGGACCTGTCATTAACTTCTGATAATAATAGTGCATCTATCAACGTAAACTTTAGACAAGGTGGAAACGTTGCTTATACATCAGATACTCTAGCATCATTTTCTTCTACAACATCAACTCAAATACGTGGTCTGATTACTGACACTACAGGTACAGGACGTTTAGTATTTCAAGATTCTCCAACATTCTTAACATCATTAAACACTACATCTACTGGTTTCACACTGTTTAATTCTAGTGTTACTAATATAACAGCATTTGGTGCTGCTGGCATTATTACTATGGGTCAATCTGGCGGCACGATGACCGTCAATCAAAGTTTAGTGGTTAATGAAGATCTAACAGTCGGCACTGGTATTTCAGATACTATTACGTTTAACGGCACTGTTAATTCTGAAAATGCTGACATTTTAATTAGAGGAACTGCCACTGATCCTATGAGTGTTGGTCGTGGTGGTGGAGCAGTTAACACAAACACGAGAGTTGGTGTTAGTGCTTTACAAAGTAATACTTCTGGATCTCAAAATACTGCACTGGGATATCAAGCATTATTCACAAACAATTCTGGCGCAGCGAACACGGCTGTCGGTAATAGAGCACTTCGTGCGAATGGTGTTGGTAGTAATAATATTGGTATCGGTAGGGATGTATTACTGGTAAACTTAGAGGGAAGTAAGAATGTTGCCATGGGCAACAACGCACTTGAAAGTAATACTAGTGGAGATTCTAACGTTTGTATTGGACACTATGCTGGTTTTGATGTACTTGGAAGTGGAAACGTTTTAATTGGACCAGCTTATAACGAGAACTCTGGTGATGTAACCTTCCGTCCTCCTAGTGTCTCTGGAGATAATCAATTAGTAATTGGATCTGGTGGACAAGCATGGGTTCGTGGCGATTCTAATTTTGATGTCACGTTTAATAATGATGTGACTGTTGATCAAGATGTTATAGTTAAAGGAAACTTAACTGTTAATGGAATACAAACTATAGTTAAATCAAACATAGTACAAATAACTGATAAAAATATTGAACTTGCTTCCATTGTAAGTACTCAGTTTGTCGCATCTGCCACTGATGGAACTGCTGATATCACGTCAATCAATCCCACTGCTGGTTTGATTCCTGGAATGGAAGTCACAACTAGTACTGCTGGATTTACAGTTCCATCTAACACAATTATCGTTAGTATTTCTGGGAATACTGCTACTCTCTCAAATAATATTTCTGGTAATGGACAGATTACATTAACTGCTATTGGTCCTTCTGATTCTGCTGCAGAAGATGGTGGTATTATTGTTAAAGGATCTACTGATAAATCTATTCTTTGGAAAGGATCTGATGCTGGAGTAACATATAATAGTTGGGTATCTTCGGAGCACTTTGATCTTGCTAGTGGAAAGTATTTGTCATTGGACGCAATCAGAATTGCTGATCCAAATACATCAACAATTGGACCTAACAATGGAACTACTACAGGTCTTATTGATGTTACTGGTGGTAGCAACGGATATAATTTAGGTAGTGCAGTTGTTGGTGCTGCTGCTACATCATTTAACTTTACAGGAACGGGGGAAATTACGCTCCCTAATGGTGATACTGCTCAACGTAATAGCAGTCCTTTGAATGGTATGCTTAGATACAATGGTCAAACTAATGTATTTGAAGGATATTCAAACGGTGCATGGGGATCAATTGGTGGTAATGTAGCAATTTCAAGTCCTGCTCCTTCTAATTCTGTGGAAGGAGATCTCTGGTATGATTCTGATGATGGTCGTTTGTTTGTATACTATAACGACGGAGTTACAACTCAGTGGGTAGATGCTTCACCAAACGGAGTTCCTACTGATCTAATTATTGAGGGAACTACAGAACTTAGAGGAACTGCTACTACAAGAGCAATACTTCCCGATGCTGATGATACTTACGATCTAGGTTCAGCAACTAAGCGTTGGGCAAACATCTACTCTGCTGACCTTCAACTATCTAACGAGGGTGGTGCTAATGATGTTGATGGAACTTGGGGTCAGTACACAATTCAAGAAGGTGAGCATGACCTCTTCCTAATCAACAGAAGATCTGGTAAGAAGTATAAGTTCAACCTTACGGAGGTCAACTGA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
504f8dc82b978d7d82fb8e87659ad0be57759ef41cba2c3fb60da4008ff9e7e6
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,2731
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Ecological redundancy of diverse viral populations within a natural community Gregory,A.C., LaButti,K., Copeland,A., Woyke,T. and Sullivan,M.B. 2015-03-20 — GenBank